1906 год броненосец «Император Александр II» провел на паровом отоплении в Кронштадте, продолжая ремонт и проводя возможную модернизацию различных корабельных систем.

На флоте царило погребальное уныние. Небывалая в истории военно-морская катастрофа русско-японской войны, фактически лишившая Россию всего флота и бесценных кадров опытных специалистов, вызвала временный шок под-аккомпанемент неизбежных в подобной обстановке вопросов: «А нужен ли России флот вообще?»

В 1906 году ставился вопрос о разборке «Императора Александра II» на металл для экономии тех жалких средств, которые выделяла тогда флоту опозоренная им страна.

На Балтике стало пусто, как в чистом поле. Из семнадцати броненосцев, отправленных на Дальний Восток, вернулся один «Цесаревич». Вместе со «Славой», которую тоже, к счастью, не успели достроить во время войны, из двух броненосцев организовали учебный отряд для подготовки ошеломленного и деморализованного личного состава.

В 1906 году в Кронштадте вспыхнул мятеж матросов, в котором активное участие приняли и моряки с «Императора Александра II». Народ в России никогда не прощал правительству проигранных войн. Более того, экипаж броненосца пытался не допустить высадки в Кронштадте правительственных войск для подавления мятежа.

Между тем, необходимо было возрождать флот уже не для выполнения методик адмирала Мэхэна о мировом господстве, а для защиты Петербурга со стороны моря на случай войны с Германией, морские силы которой уже примерно раз в двадцать превосходили русские и продолжали стремительно увеличиваться. В подобных условиях драгоценным становился каждый корабль, на котором можно было бы подготовить личный состав для будущего флота.

В 1907 году «Император Александр II» был снова включен в состав Учебно-артиллерийского отряда. Впрочем, отряда как такового не было. Кроме самого «Александра», в отряд входил транспорт «Рига» и несколько миноносцев. Все корабли, с которыми «Император Александр II» плавал до капитального ремонта в Учебно-артиллерийском отряде, разметали бурные события последних трех лет.

Из трех броненосцев береговой обороны один погиб, а два — попали в плен. Крейсер «Память Азова» после вспыхнувшего на нем мятежа был переименован в «Двину» и обращен в плавбазу. Крейсер «Минин» перестраивался в минный заградитель. Таким образом, один «Император Александр II» и составил весь Учебно-артиллерийский отряд.

На нем поднял флаг контр-адмирал Н. К. Рейценштейн — участник минувшей войны, прорвавшийся на крейсере «Аскольд» в Шанхай.

8 мая «Император Александр II» начал кампанию и 13 мая пришел в Ревель, где начал подготовку к стрельбам. Проведя всю летнюю кампанию в районе Ревельского рейда, «Император Александр II», получив 29 августа сообщение о посадке на камни в шхерах царской яхты «Штандарт», отправился в Ганнэ, где простоял до 3 сентября, оказывая «Штандарту» содействие своими катерами и баркасами.

4 сентября броненосец перешел в Кронштадт, где 7 сентября закончил кампанию.

10 октября 1907 года эскадренный броненосец «Император Александр II» был переклассифицирован в учебный линейный корабль.

Зиму 1907-1908 годов корабль простоял в вооруженном резерве и 8 мая 1908 года начал кампанию.

В 1908 году в состав Учебно-артиллерийского отряда вошел первый русский броненосец «Петр Великий», вступивший в строй в качестве учебного судна после долгого периода капитального ремонта и перестройки. Два первых русских броненосца, один из которых был произведен в линкоры, а второй — разжалован в учебные суда, встретились в Учебно-артиллерийском отряде.

8 мая оба корабля вышли из Кронштадта в Ревель. На борту «Петра Великого» находились специалисты Балтийского завода, которые на переходе в Ревель должны были устранить дефекты, обнаруженные в его машине на испытаниях. Увеличив ход, «Петр Великий» около десяти часов утра скрылся из вида «Александра II» в дымке на горизонте. С мостика линкора «Петр Великий» обнаружили снова лишь около полуночи у Ревельстейна. При подходе «Императора Александра II», «Петр Великий» дал свои позывные и сообщил сигналом, что сидит на мели. Выяснив, что «Петр Великий» сам сойти с мели не может, контр-адмирал Рейценштейн запросил Ревельский порт прислать средства для снятия учебного корабля с мели. Вместе с тем, адмирал приказал начать разгрузку аварийного корабля. Всю ночь с «Петра Великого» на подошедшие баржи выгружали боеприпасы и уголь. Наконец около семи часов утра корабль снялся с мели и был отправлен обратно в Кронштадт для докового ремонта. «Император Александр II» снова остался один. Находившиеся на «Петре Великом» ученики-комендоры 152-мм орудий были переведены на «Александра II».

С 27 июля по 6 августа «Император Александр II» принимал вместе с транспортом «Рига» участие в общефлотских маневрах, а 19 сентября в мест с окончившим ремонт «Петром Великим» направился в Биорке, где намечался Высочайший смотр.

Утром 23 сентября к кораблям отряда прибыл Император Николай II на яхте «Штандарт», которую конвоировал крейсер «Адмирал Макаров». «Император Александр II» возглавлял колонну кораблей. За ним стояли линкор «Цесаревич», затем — недавно построенный в Англии — броненосный крейсер «Рюрик» и крейсер «Богатырь».

Над рейдом гремело тысячеголосое «Ура!», легкий ветерок стелил по воде дым салютов, оркестры играли марши, сменившиеся гимном.

Первым Император посетил «Александра II». Николай II знал и любил флот, зная в лицо и по фамилии практически всех строевых офицеров.

Цусимский разгром он считал «победой русского духа» и был в чем-то прав. Пробыв на эскадре еще несколько часов, наблюдая шлюпочные гонки, Император вскоре отбыл обратно в Кронштадт, а корабли стали готовиться к зачетным артиллерийским стрельбам, которые начались 29 сентября у острова Нарген.

3 ноября «Император Александр II» и «Петр Великий» вернулись в Кронштадт, списали в экипаж учеников и, закончив кампанию, вступили в вооруженный резерв.

В конце года «Император Александр II» передал для ремонта на Обуховский завод 152-мм орудия. В апреле их установили на место. 3 мая старый линкор, подняв флаг и вымпел, вышел из Кронштадта в Ревель. Увеличивающаяся потребность в комендорах для орудий разных калибров предполагала проведение в начавшемся учебном году 122 различных стрельбы.

На корабль было отпущено семьсот пятьдесят 305-мм и тысяча семьсот 203-мм снарядов и зарядов. Напряженный учебный год прошел почти в непрерывных тренировках. Линкор проводил стрельбы, включая и главный калибр, стоя на якоре, на ходу при скорости десять узлов и ночью с подсветкой цели прожекторами. 10 августа отряд провел офицерскую состязательную стрельбу на Императорский приз, который достался лейтенанту Оленеву с «Петра Великого». 22 октября «Император Александр II» вернулся в Кронштадт.

Кампания 1910 года началась 4 мая. «Император Александр II», «Петр Великий» и включенный в Учебно-артиллерийский отряд крейсер «Россия» (вместо отчисленной «Риги») пошли в Ревель, где к отряду присоединился «Кореец». Предстояло провести комплекс учебных стрельб в условиях сильной качки.

10 июля линкор вместе со всем отрядом провел учебные стрельбы в бухте Монвик, с 3 по 17 июля провел в Риге, затем перешел в Ганге.

С 16 по 20 августа «Император Александр II» участвовал во флотских маневрах, а затем до 26 октября оперировал в Ревельском рейде, ведя тренировки по плану боевой подготовки учеников и слушателей.

27 октября линкор вернулся в Кронштадт и был выведен в резерв.

Всю кампанию 1911 года «Император Александр II» фактически провел на Ревельском рейде вместе с «Петром Великим» и «Россией», а на зиму вернулся в Кронштадт, где ему наконец качественно отремонтировали котлы.

Так же прошла и кампания 1912 года: эволюции и стрельбы на Ревельском рейде, зимовка в Кронштадте.

Кампания 1913 года прошла в сплошных парадах, сменяемых показательными учениями. Гремели салюты по случаю 300-летия дома Романовых, по случаю торжественного освящения Морского собора на Якорной площади в Кронштадте, по случаю визита французского Президента.