16 февраля на борту «Императора Александра II» собрался под председательством контр-адмирала Андреева совет адмиралов международной эскадры, объявившей блокаду побережья Крита в районе Канеи. В результате этого решения греческие войска оказались отрезанными на острове, не имея боеприпасов и продовольствия. Между тем, десанты с кораблей, включая и роту с «Императора Александра II», на этот раз взяли под покровительство мусульманское население региона. Совет адмиралов составил воззвание к повстанцам, обещая им автономию под суверенитетом Турции. Командиры повстанческих отрядов были собраны на борту «Императора Александра II», где капитан 1 ранга Никонов зачитал им это воззвание. Однако, это воззвание не произвело на повстанческих командиров особого впечатления. Они ответили, что намерены добиваться окончательного присоединения острова к Греции и готовы погибнуть за это дело. Им все равно, кто их будет убивать: турки или снаряды с кораблей международной эскадры.

Весь 1897 год эскадренный броненосец «Император Александр II», действуя совместно с броненосцем «Наварин», продолжал поддерживать хоть какую-то видимость порядка на острове. Время от времени корабли уходили в Пирей, Порос или Смирну для пополнения запасов и профилактического ремонта.

В начале 1897 года к «Александру II» и «На- варину» присоединился пришедший с Балтики новый броненосец «Сисой Великий». Однако, в середине марта, из-за затяжного выстрела в кормовой башне, при производстве учебных стрельб, корабль получил тяжелые повреждения и надолго ушел в Тулон для ремонта. В конце 1897 года с Дальнего Востока в Средиземное море вернулся броненосец «Император Николай I», но вскоре был отозван в Кронштадт. В декабре 1897 года закончивший ремонт «Сисой Великий» и «Наварин» были срочно отправлены на Дальний Восток, и в результате «Император Александр II» остался единственным русским броненосцем, представляющим интересы России в Средиземном море. В 1898 году сменилось командование эскадрой и кораблем. На «Императоре Александре II» снова поднял свой флаг адмирал Скрыдлов, а командиром броненосца стал капитан 1 ранга Хмелевский.

«Император Александр II» продолжал нести свою нелегкую службу в водах острова Крит, отвечая за Ретимский округ, оккупированный десантными отрядами моряков с броненосца и канонерской лодки «Гремящий».

В марте 1898 года из Одессы пришел пароход РОПита, доставивший голодающему от не прекращающихся кровавых беспорядков населению острова триста пятьдесят тонн пшеничной муки. Название парохода было «Император Александр II». Два «Александра II» — броненосец и пароход — стали рядом на рейде. Экипажи перегружали муку на подошедшие баржи для пропорционального распределения между христианским и мусульманским населением района. Часть муки на отдаленные пункты побережья доставляла канонерская лодка «Гремящий». Адмирал Скрыдлов, будучи начальником всех русских сухопутных и морских сил на острове, в октябре 1898 года телеграфировал в Петербург, что ему удалось добиться умиротворения и добровольной сдачи оружия русским экспедиционным войскам как христианского, так и мусульманского населения подведомственного ему Ретимского округа. Адмирал Скрыдлов получил благодарность самого царя, а позднее в числе других адмиралов международного отряда он получил почетное гражданство города Афины. В 1899 году в Пирее адмирал Скрыдлов сдал командование эскадрой, и на «Императоре Александре II» поднял свой флаг адмирал Вальронд. Почти все лето 1899 года броненосец провел в водах острова Крит, базируясь главным образом на Пирей.

В ноябре 1899 года броненосец пришел в Смирну, куда затем пришли другие корабли эскадры: минный крейсер «Абрек», канонерская лодка «Запорожец» и миноносец №119. Проведя строевой осмотр, корабли вернулись в Пирей, куда вскоре прибыл и второй миноносец эскадры — №120.

Вскоре, по пути на Дальний Восток, в Пирей зашли эскадренный броненосец «Петропавловск», на котором в будущие было суждено погибнуть адмиралу С. О. Макарову, и канонерская лодка «Гиляк».

В Пирее корабли обоих отрядов встретили новый 1900-й год и начало нового века.

В январе под брейд-вымпелом капитана 1 ранга Хмелевского «Император Александр II» нанес визит в австро-венгерский порт Полу, доставив туда русского посланника из Афин, а затем вернулся в воды острова Крит, где 26 февраля 1900 года на броненосце поднял флаг новый командующий Средиземноморской эскадрой контр-адмирал Бирилев, прибывший в Судо на канонерской лодке «Запорожец».

В марте 1900 года в сопровождении минного крейсера «Арбек» броненосец посетил французскую военно-морскую базу Вильфранш, откуда под эскортом миноносцев №№ 119 и 120 вышел в Бриндизи, а затем — на Корфу. В мае 1900 года «Император Александр II», выполняя свою задачу демонстрации русского флага, посетил с «Абреком» Гравозу и Бизерту, в июне пришел в Воло, в июле — Еврипо-Халкис, а затем вернулся в греческие воды, где участвовал в морском параде по случаю освящения нового храма в Афоне.

В сентябре на рейде Смирны на броненосце произошла смена командиров. Капитан 1 ранга Хмелевский выехал в Россию, а командование кораблем принял капитан 1 ранга Броницкий.

28 ноября 1900 года броненосец «Император Александр II» в сопровождении канонерской лодки «Кубанец» и минного крейсера «Абрек» прибыл в Бейрут. Командование организовало экскурсию экипажей по святым местам в Иерусалиме с посещением русской православной общины и церкви Гроба Господня.

Новый 1901 год корабль встретил в Пирее, откуда в феврале вышел в Геную под эскортом канонерской лодки «Храбрый», минного крейсера «Абрек» и миноносцев №№ 119 и 120.

В марте «Император Александр II» посетил Барселону.

Первый океанский русский эскадренный броненосец продолжал вспарывать своим тараном воды Средиземного моря, демонстрируя русский флаг, а мимо него белыми призраками проходили отправляющиеся на Дальний Восток навстречу своей страшной судьбе корабли Русского Флота: «Полтава», «Севастополь», «Петропавловск», «Россия», «Амур», «Енисей», заказанные на заводах Франции миноносцы. Подавляющему большинству их них уже никогда не суждено было вернуться...

В апреле 1901 года эскадренный броненосец «Император Александр II» пришел в Тулон, где стал на длительный ремонт и докование.

Завершив в июле ремонт, «Император Александр II» стал готовиться к возвращению на родину, получил сообщение, что в сентябре на смену ему в Средиземное море прибывает его собрат-броненосец «Император Николай I».

4 августа 1901 года, выйдя из Алжира, «Император Александр II» взял курс на Балтику. Посетив по пути Кадис, Портленд и Копенгаген, корабль 2 сентября 1901 года прибыл в Кронштадт после пятилетнего нахождения в заграничном плавании.

По прибытии в Кронштадт, броненосец был осмотрен комиссией. Пятилетнее плавание подтвердило хорошее качество его постройки. Однако, за это время военно-морская техника уже шагнула так далеко (вперед), что броненосец не мог действовать вместе с новыми кораблями, из-за малой скорости хода, недостаточного бронирования и устаревшей артиллерии.

На кампанию 1902 года «Император Александр II» был включен в состав Учебно-артиллерийского отряда Балтийского флота. Учебно-артиллерийский отряд Балтийского флота имел большую историю и в 1902 году отметил свой столетний юбилей. Поскольку главным оружием флота являлась артиллерия, на отряде проходили подготовку практически все артиллерийские офицеры и комендоры, которые затем пополняли экипажи новейших кораблей. К 1900 году, в связи с ростом флота, число обучающихся достигло тысячи человек, а в отряд входило пятнадцать кораблей. В 1902 году Учебно-артиллерийским отрядом командовал капитан 1 ранга 3. П. Рожественский, которому всего через три года предстояло обессмертить свое имя Цусимской катастрофой. Но никто еще не знал этого...

Кроме «Императора Александра II», в Учебно-артиллерийский отряд входили броненосцы береговой обороны «Адмирал Ушаков» и «Адмирал Синявин», крейсер «Память Азова», броненосный крейсер «Минин», броненосная батарея «Кремль» и другие корабли. На их фоне «Император Александр II» выглядел столь же импозантно и величественно, как и в былые времена.