Боярский упорно утверждал, что за сионистским сговором должна была стоять более мощная фигура, чем Шлинг. К лету 1951 года его выбор пришелся на Генерального секретаря компартии Чехословакии Рудольфа Сланского, как на главного заговорщика, хотя на самом деле тот был убежденным сталинистом. По словам подполковника Богумила Доубека, начальника отдела расследований СТБ, Боярский и советники из МГБ подчеркивали «растущее влияние иудаизма на международной политической арене; они приводили в пример Рокфеллера, Ротшильда и других, связывая их имена с деятельностью Сланского, движимого евреями». В июне 1951 года Доубек и его помощник составили полный отчет по шпионажу и подрывной деятельности со стороны «еврейских буржуазных националистов», назвав Сланского и Бедржиха Геминдера, главу международного управления секретариата партии, как зачинщиков. После того, как Боярский и советники МГБ внесли свои поправки, отчет был направлен президенту Готвальду и министру безопасности Ладиславу Копржива.

Сталин однако решил, что доклад не годится для удачного показательного антисионистского процесса. В письме Готвальду от 20 июля Сталин сообщал, что собранные на тот момент доказательства недостаточны для того, чтобы предъявить обвинения Сланскому и Геминдеру, и потребовал отозвать Боярского за неудовлетворительное ведение дела. В личном письме, написанном четыре дня спустя, Сталин добавил, что Боярского должен заменить «более сильный и опытный человек» и что, как следовало из сообщений МГБ, Сланского необходимо отстранить с поста Генерального секретаря партии.

Решение Сталина лично заняться делом Сланского отражало его растущую параноидальную озабоченность сионистской угрозой и падение доверия к Абакумову, занимавшему в тот момент пост руководителя МГБ. Осенью 1951 года Абакумова отправили за решетку. Секретарь Московского городского комитета партии Хрущев поехал в офицерский клуб объяснять причины ареста. Причин он указал две. Во-первых, коррупция. Абакумов стяжал дурную известность тем, что организовал целый ряд частных борделей для собственного ублажения, и тем, что по его поручению из-за границы доставлялись предметы роскоши. Второй причиной, согласно выступлению Хрущева, стало запоздалое обнаружение «ленинградского заговора», который затрагивал нескольких протеже тогда уже покойного Андрея Жданова, расстрелянных за «тяжелые», хотя и не указанные «государственные преступления». (Когда Абакумова в конце концов судили и расстреляли в 1954 году, через год после смерти Сталина, ему, в частности, инкриминировалась подделка улик, свидетельствующих против признанных виновными участников ленинградского дела). Главной целью Сталина при устранении Абакумова почти наверняка было ограничить влияние Берии на государственную безопасность. Новый руководитель МГБ, Семен Денисович Игнатьев, реанимировавший КИ, был аппаратчиком из Центрального Комитета партии и, в отличие от Абакумова, ничем не был обязан Берии. Более того, он даже устроил чистку в Мегрелии, на родине Берии.

Под руководством Игнатьева и по приказам Сталина МГБ начало самый антисемитский период в истории советской разведки. В начале ноября 1951 года генерал Алексей Дмитриевич Бесчастнов прибыл в Прагу в качестве главного консультанта МГБ для замены впавшего в немилость Боярского. По-видимому, удовлетворенный наличием необходимого материала для показательного процесса против сионистского заговора, 11 ноября Сталин направил влиятельного члена Политбюро Анастаса Микояна к президенту Готвальду с личным посланием, в котором требовал немедленного ареста Сланского. Когда Готвальд стал сомневаться, Микоян позвонил в Москву из советского посольства, после чего сообщил Готвальду, что Генеральный секретарь настаивает на своем требовании. Готвальд уступил, и 24 ноября Сланский был арестован.

Допросы Сланского и его воображаемых соучастников проходили под наблюдением Бесчастнова и двух его помощников, Есикова и Галкина. Избиения и пытки, необходимые для того, чтобы вырвать признания, осуществлялись СТБ. Для наблюдения за длившейся целый год подготовкой к показательному процессу в Прагу были командированы еще три консультанта из МГБ, Г. Громов, Г. Морозов и Я. Чернов. «Процесс над главарями антигосударственного центра, руководимого Рудольфом Сланским», открылся 20 ноября 1952 года. После вступительной речи прокурор зачитал имена четырнадцати обвиняемых. Все они были крупными партийными чиновниками. Одиннадцать, включая Сланского, были представлены как лица «еврейского происхождения», двое как чехи и один как словак. Первоначально консультанты из МГБ предложили формулировку «еврейской национальности» или просто «евреи», но согласились с более расплывчатой формулировкой в результате возражений со стороны Готвальда и членов Политбюро ЦК КП Чехословакии. Несмотря на это, фраза «еврейского происхождения» впервые была употреблена в сталинских показательных процессах. В тридцатых годах никто в суде не упоминал о еврейском происхождении Троцкого, Зиновьева, Каменева, Радека и других жертв репрессий. Во время процесса над Райком в Будапеште не было речи о еврейском происхождении троих из семи подсудимых. Во время процесса над Сланским еврейское воспитание подавалось как причина его предательства. Хорошо подготовленный свидетель объяснял в суде:

«Общим у всех этих предателей является их буржуазное еврейское воспитание. Даже после вступления в Чехословацкую коммунистическую партию и выдвижения на высокие ступени в партийном руководстве, они продолжали оставаться буржуазными националистами и стремились к собственной выгоде. Их целью было свергнуть наше партийное большевистское руководство и уничтожить народный демократический режим. Для достижения этого они вступали в контакт с сионистскими организациями и с представителями израильского правительства, которые на самом деле являются агентами американского империализма.»

Одиннадцать обвиняемых, в том числе Сланский, были приговорены к смертной казни, трое к пожизненному заключению.