За разгромом воображаемого сионистского заговора внутри Чехословацкой коммунистической партии последовала антисионистская кампания, развернувшаяся на всей территории СССР и по всему советскому блоку. Параноидальный страх Центра перед сионистскими заговорщиками дошел до такой степени, что некоторых из наиболее удачливых агентов еврейской национальности стали подозревать в изначальных связях с западными разведками. Среди них был Смолка/Смоллетт, во время Второй мировой войны руководитель Русского отдела в Британском министерстве информации, против которого во время процесса над Сланским было выдвинуто абсурдное обвинение, что он якобы «империалистический агент». В Центре даже был разработан (но не осуществлен) план похищения его из Австрии, где он проживал, страдая от начальной стадии множественного склероза, и доставки в Москву для объяснений, почему во время войны он завербовал еврея Ивана Майского, в тот момент советского посла в Англии, для работы на британскую разведку.

Чистка евреев среди советской номенклатуры достигла апогея в 1952 году, при этом нигде она не была настолько же интенсивной, как в Центре. К весне 1953 года из МГБ были устранены все евреи, кроме небольшого числа так называемых «тайных евреев», то есть лиц с некоторым количеством еврейской крови, у которых в паспорте в графе национальность стояла отметка «еврей». Вершиной наступления МГБ на сионизм стал «заговор врачей». В конце 1952 года молодой кремлевский врач Лидия Тимашук написала Сталину письмо, в котором обвиняла большинство своих старших коллег-евреев в заговоре с целью сократить жизнь советских руководителей посредством неправильного лечения. За раскрытие этого несуществовавшего заговора она была награждена орденом Ленина. 13 января 1953 года «Правда» начала кампанию против «чудовищ и убийц, (которые) растоптали священное знамя науки, прячась за почетным и благородным призванием врачей и ученых.» Чудовища, как сообщала газета, были агентами британской и американской разведок и действовали через «продажную еврейскую буржуазную националистическую организацию». «Правда» обрушилась на службы безопасности за то, что те не обнаружили заговор на более ранней стадии. По воспоминаниям Хрущева, «Сталин обезумел от ярости, кричал на Игнатьева и угрожал ему, требуя, чтобы врачей заковали в цепи, превратили их в месиво и стерли их в порошок.» Сталин передал руководство допросами врачей наиболее жестокому заместителю Игнатьева М.Д. Рюмину. «Не было ничего удивительного, — сказал позднее Хрущев, — что почти все врачи признались в инкриминируемых им преступлениях.»

Еще одним «сионистским заговорщиком», раскрытым Рюминым, был генерал МГБ Белкин, организатор процесса над Райком. Сталин лично позвонил Ракоши, чтобы сообщить, что Белкин признался в вербовке Габора Петера, руководителя АВХ, для работы на британскую и сионистскую разведки. После ареста Петера АВХ очень быстро обнаружило воображаемый заговор врачей в Венгрии, в точности повторявший советский аналог.

Коминформ и коммунистическая пресса по всей Европе отзывались о процессе Сланского и о заговоре врачей как о «звеньях одной цепи, свидетельствах убийственной деятельности англо-американских империалистов и их лакеев, которые помешаны на том, чтобы развязать еще одну мировую войну.»

В конце жизни Сталин, похоже, готовил новую волну страшных репрессий. В октябре 1952 года на XIX съезде Коммунистической партии, первом с 1939 года, когда прошел последний партсъезд, вместо старого Политбюро из десяти человек был учрежден новый орган — Президиум в составе тридцати шести членов. Хрущев опасался, что этот шаг — часть общего плана «будущего уничтожения членов старого Политбюро». Неспособность Сталина доверять окружающим, видимо, беспокоила даже его самого. Хрущев как-то слышал, как Сталин пробормотал себе под нос: «Мне конец, никому не верю, даже самому себе.» В декабре 1952 года он репрессировал Александра Поскребышева, который заведовал его секретариатом на протяжении последних двадцати пяти лет (однажды переводчик Черчилля так обрисовал Поскребышева: «Ростом пяти футов, широкоплечий, сутулый, большеголовый, с тяжелой челюстью, длинным крючковатым носом и с глазами, как у хищной птицы»), под тем предлогом, что тот разглашал содержание секретных документов. Вскоре после этого Сталин приказал арестовать генерала МГБ Николая Власика, его личного телохранителя, который прослужил так же долго, как и Поскребышев. После того, как его лечащий врач доктор Виноградов признался в соучастии в несуществующем заговоре врачей, Сталин боялся даже близко подпускать к себе докторов. Даже успехи советской разведки по внедрению в правительственные структуры других стран пугали его. В конце жизни Сталина преследовал страх, что западные разведки добились таких же, а может, и более значительных успехов в Москве. Он подозревал маршала Ворошилова в том, что тот — английский шпион, а Молотова в том, что он работает на ЦРУ.

Есть сведения, что зимой 1952/53 года Берии стало известно, что Сталин собирается его убрать. «Этим объясняется его нескрываемая ненависть к Сталину, проявившаяся во время последней болезни вождя,» — пишет один из современных советских историков. В ночь с 1 на 2 марта 1953 года со Сталиным случился удар. Берия тут же начал планировать, как бы ему взять власть. Хрущев, который все еще находился под сильным влиянием личности Сталина, считал, что Берия вел себя «просто невыносимо»: «Как только на лице Сталина… появились признаки жизни и нам показалось, что он приходит в себя, Берия бросился на колени, схватил его руку и начал целовать ее. Когда Сталин вновь потерял сознание и закрыл глаза, Берия встал и сплюнул.»

Сталин умер 5 марта 1953 года. Ликование Берии не знало границ. «Говоря простым языком, Сталина еще в гроб не положили, а этот уже новоселье справлял,» — сетовал Хрущев. За каких-то двадцать четыре часа Берия объединил МГБ и МВД (Министерство внутренних дел) в составе укрупненного МВД под своим единоличным началом. Он снял Игнатьева, арестовал Рюмина, выпустил из тюрьмы Абакумова и посадил своих людей на ключевые посты в новом аппарате госбезопасности.