«План Барбаросса» предусматривал крупнейшее в истории наступление. Гитлер считал, что вермахт победит еще до начала зимы: «Достаточно стукнуть в дверь, и весь этот прогнивший дворец рассыплется.» Его войска продвигались со скоростью 50 миль в сутки, сметая все на своем пути даже быстрее, чем во время блицкрига в Западной Европе. Перед Советским Союзом стояла и угроза одновременного нападения Японии на Востоке. Зорге доносил из Токио, что Риббентроп требовал от германского посольства убедить японцев нарушить их договор о нейтралитете с Советским Союзом, заключенный буквально за три месяца до начала «Плана Барбаросса». «Делайте, что хотите, — писал Риббентроп, — но японцы должны начать войну с Россией… Чем раньше это произойдет, тем лучше. Мы продолжаем надеяться, что еще до начала зимы пожмем руки японцам на Транссибирской магистрали.» В японском правительстве мнения разделились между сторонниками «северного» (война с Советским Союзом) и «южного» (война с Великобританией и Соединенными Штатами) вариантов.

Информацию для передачи в Москву Зорге получал преимущественно от Озаки, поскольку сторонники «южного» варианта одержали верх. 15 августа он сообщил, что от начала войны до наступления зимы отказались из-за «чрезмерного напряжения японской экономики». Позже Зорге отмечал, что, несмотря на поступавшие с опозданием благодарности за его сообщения, на которые никто не обращал внимания, ему до конца сентября так и не удалось убедить Москву в серьезности намерений Японии. На свою радиограмму: «Можно считать, что Советский Дальний Восток не подвергнется нападению Японии» он получил специальное благодарственное послание из Москвы. В октябре Сталин отправил почти половину войск с Дальнего Востока на Западный фронт. В последнем своем послании в Москву Зорге просил в связи со снижением угрозы нападения со стороны Японии отозвать его домой или направить в Германию. Это сообщение так и не ушло. 18 октября Зорге арестовали. Затем в течение нескольких дней были арестованы 35 членов его группы. По свидетельству офицера японской безопасности, ответственного за слежку, ночь перед арестом Зорге провел в постели жены немецкого посла.

Разведданные относительно намерений Японии, поступившие от группы Зорге после начала операции «Барбаросса», основывались на одном ошибочном предположении. Передаваемая Зорге информация не была, как многие считают, уникальной. Кое-что поступало одновременно из перехваченных японских дипломатических телеграмм. Пожалуй, именно благодаря этому совпадению сообщений Зорге и завоевал полное доверие Москвы всего за три недели до своего ареста японской службой безопасности. После ареста Зорге сообщения, подтверждающие намерения Японии, продолжали поступать. В расшифрованной телеграмме от 27 ноября 1941 года, отправленной из Токио в посольство в Берлине (а может быть и в Москве), говорилось: «Необходимо встретиться с Гитлером и Риббентропом и тайно разъяснить им нашу позицию в отношении Соединенных Штатов… Объясните Гитлеру, что основные усилия Японии будут сконцентрированы на юге и что мы предлагаем воздержаться от серьезных действий на севере.» Наиболее значительные успехи советских криптологов времен войны связаны с расшифровкой японских кодов и шифров. В феврале 1941 года группа дешифровки спецотдела была передана Пятому (шифровальному) Управлению НКГБ (позднее НКВД). Ядром нового управления был Исследовательский отдел, который занимался разгадыванием иностранных систем кодировки и шифрования. Работа ведущего специалиста по Японии С. Толстого была отмечена выше, чем любого другого советского криптолога времен войны, — его наградили двумя орденами Ленина. Его главными помощниками были профессор Шумский, филолог-японист полковник Котельников и Каспаров. Сам Толстой умер вскоре после победы. Благодаря своей успешной работе группа смогла снять с ГРУ часть нагрузки по дешифровке сообщений японской армии. Одной из задач первой группы Пятого Управления было наблюдение за передвижением Квантунской армии, выявление свидетельств готовящегося нападения на Советский Дальний Восток.

Сообщения о намерениях Японии, полученные Сталиным от Зорге и Пятого Управления, позволили ему перевести на Запад половину войск Дальневосточного округа. В течение октября — ноября от 8 до 10 стрелковых дивизий вместе с тысячей танков и тысячей самолетов были брошены на германский фронт. Они прибыли туда в наиболее критический момент. 2 октября Гитлер начал наступление на Москву, известное под кодовым названием «Операция Тайфун», которую он назвал «последней решающей битвой войны». Через два дня, выступая перед возбужденной толпой в берлинском «Спортпаласе», он заявил: «Враг разгромлен, и ему уже не удастся собраться с силами!» Но Москва не пала. Защита Советского государства стала священной войной за Родину-мать. Сталин превратился в символ национального единства в борьбе против коварного захватчика. Хотя государственные учреждения и иностранные представительства были в середине октября эвакуированы на Волгу — в Куйбышев, Сталин оставался в Кремле. «Сталин с нами!» — было постоянным лозунгом защитников Москвы. Сурков в своей «Клятве воина» очень точно отразил настроение народа:

«Я знаю…: борьба будет кровавая, трудная… но победа будет за мной. Слезы женщин и детей кипят в моем сердце. За эти слезы своей волчьей кровью ответят мне убийца Гитлер и его орды…[2]

Защитники Москвы и Ленинграда и предположить не могли, что главной целью Сталина в октябре 1941 года было не руководство Красной Армией в героическом сопротивлении, а поиск с помощью НКВД путей заключить мир с Гитлером.

7 октября Георгия Жукова, самого выдающегося военачальника в Красной Армии, вызвали в кабинет Сталина в Кремле. В кабинете были только Сталин и Берия. Оба считали, что Красная Армия терпит поражение. К тому времени Берия снова непосредственно владел всей империей разведки и службы безопасности, которую он унаследовал от Ежова. В июле 1941 года НКГБ был вновь поглощен НКВД и в качестве независимой организации возродился лишь в апреле 1943 года. Война упрочила позиции Берии как руководителя службы безопасности, облеченного наибольшей властью за всю историю страны — он стал одним из пяти членов созданного после гитлеровского нападения Государственного комитета обороны, в который входили также Сталин, Молотов, Ворошилов и Маленков.