Берия не произнес ни слова, когда Сталин говорил Жукову, что Красная Армия не имеет достаточно сил, чтобы противостоять наступлению немцев на Москву. Настало время последовать ленинскому примеру, который в марте 1918 года, не видя иного выхода, подписал с Германией позорный брест-литовский мир. Обратившись к Берии, Сталин поручил ему найти пути заключения нового «Брестского мира» с Германией, пусть даже ценой прибалтийских республик, Белоруссии, Молдавии и части Украины. Отобранные Берией агенты НКВД обратились к послу Болгарии в Москве Стотенову быть посредником. Стотенов согласился, но все его попытки были отвергнуты немцами.

Даже когда судьба Москвы висела на волоске, Берия продолжал чистку руководящих военных кадров. В ночь с 15 на 16 октября центральный аппарат НКВД был эвакуирован в Куйбышев. Вместе с ним были эвакуированы и высокопоставленные руководители, которых в то время допрашивали на Лубянке. Триста других заключенных, для которых не нашлось транспорта, просто расстреляли. Допросы оставшихся продолжались в Куйбышеве. После ареста в 1953 году Берия признался: «Допрашиваемых безжалостно избивали. Это была настоящая мясорубка.» Все, за исключением генерала А.Д. Локтионова, который героически выдержал все пытки, признались в вымышленных преступлениях, которые НКВД им инкриминировал. Как писал советский военный историк генерал-лейтенант Николай Павленко, «сотни высокопоставленных военных специалистов ждали в застенках своей смерти, а на фронтах в это время лейтенанты командовали полками.» Некоторые военачальники из числа перевезенных в Куйбышев были расстреляны 28 октября. Затем Сталин вдруг распорядился прекратить расследования, которые вел Берия. Двое самых старших по званию и должности из арестованных военачальников — генерал К.А. Мерецков, бывший начальник Генерального Штаба, и генерал Б.Л. Ванников, бывший нарком боеприпасов, — оказались среди освобожденных и реабилитированных, несмотря на то, что признали себя виновными в вымышленных преступлениях.

Приостановка проводимой НКВД чистки высшего командного состава совпала с изменениями в ходе войны. Москва не пала. Уверенный в том, что Красная Армия будет разгромлена еще до конца осени, Гитлер хвастался: «Зимней кампании не будет.» Теперь его войска, не обеспеченные зимней одеждой, замерзали. Раненые и обмороженные солдаты умирали от холода даже в госпиталях. В декабре Жуков начал под Москвой наступление, в результате которого вермахт был отброшен и впервые в этой войне вынужден был перейти в оборону. Эта победа сделала Жукова национальным героем, но он-то знал, что Сталин косо смотрит на его популярность. Позже Жуков говорил: «Я принадлежал к той части военачальников, которые избежали ареста, но опасность эта висела надо мной еще пять лет.» Жуков считал, что арестом его помощника по оперативным вопросам и боевой подготовке генерал-майора B.C. Голушкевича Сталин дал ему понять, что и он сам может оказаться в руках НКВД.

В советских документах о подпольных группах сопротивления в Германии, возглавляемых Харро Шульце-Бойзеном и Арвидом Харнаком, подчеркивается, что разведывательная информация, которую они поставляли, помогла в борьбе с немецкими оккупантами.

Начиная с осени 1941 года героические участники сопротивления начали поставлять высшему советскому руководству ценную разведывательную информацию. Шульце-Бойзен благодаря тому, что служил в разведуправлении люфтваффе (военно-воздушных сил), и своим обширным связям в военных кругах, включая абвер (военная разведка), получал исключительной важности сведения о гитлеровских планах.

Гестапо арестовало Шульце-Бойзена 30 августа, а Харнака 3 сентября 1942 года. К 22 декабря, когда их казнили в Берлине, были выявлены более восьмидесяти членов их групп. Хотя их наиболее важные контакты были в ВВС, Министерстве авиации, Министерстве обороны и в руководстве вспомогательных видов войск, они имели связи и в Министерстве пропаганды, Министерстве иностранных дел, в берлинском магистрате, Министерстве расовой политики и в Министерстве защиты труда. Расследование нацистской полиции безопасности и службы безопасности с тевтонской точностью выявило, что среди арестованных были:

29% ученых и студентов.

21% писателей, журналистов и художников.

20% профессиональных военных, гражданских и государственных служащих.

17% военнослужащих призыва времен войны.

13% ремесленников и рабочих.

Советские источники как правило несколько преувеличивают ценность разведданных, поставляемых группами Шульце-Бойзена и Харнака, с тем чтобы подчеркнуть значимость коммунистического сопротивления в фашистской Германии Хотя эта информация и была важна для оценки, в частности, численности и возможностей люфтваффе, и добывали ее, рискуя жизнью, она не имела большого оперативного значения для отражения немецкой агрессии. Нацистская полиция безопасности и служба безопасности выделили девять областей, в которых группа Шульце-Бойзена предоставила Советскому Союзу наиболее важные разведданные:

1. Доклад о численности немецких ВВС в начале войны с Советским Союзом.

2. Информация о месячном производстве авиационной промышленности Германии в период июнь-июль 1941 года.

3. Информация о топливных ресурсах Германии.

4. Сообщение о планировавшемся наступлении на Майкоп (Кавказ).

5. Доклады о расположении немецких штабов.

6. Данные о серийном выпуске самолетов в оккупированных районах.

7. Донесения о производстве и накоплении Германией припасов для химической войны.

8. Донесение о захвате русских шифров неподалеку от Петсамо (вероятно, тех же, что получила ОСС, американская военная разведка — от финнов).

9. Сообщения о потерях среди немецких парашютистов на Крите.

Совмещение политического сопротивления со шпионажем сделало провал Шульце-Бойзена и Харнака неизбежным. Шульце-Бойзен и его жена Либертас организовали вечерние кружки для членов и сочувствующих антифашистскому подполью, чем поставили под угрозу собственную безопасность. Шульце-Бойзен в форме офицера ВВС и с пистолетом на боевом взводе охранял юных членов сопротивления, когда те расклеивали на стенах домов антифашистские плакаты. В 1942 году во время проведения в берлинском Люстгартене антисоветской выставки «Советский рай» Шульце-Бойзен организовал кампанию плакатов под лозунгом: