Начало антисемитской охоты на ведьм, хорошо замаскированное как кампания по защите от подрывных действий сионистов, отражало резкое изменение в политике советского руководства в отношении Израиля. Когда в 1947 году ООН рассматривала план разделения Палестины и создания еврейского государства, Советский Союз поддержал его. «Это решение, — говорил Андрей Громыко, обращаясь к Генеральной Ассамблее, — отвечает законным требованиям еврейской нации, сотни тысяч представителей которой до сих пор не имеют ни земли, ни дома.» Создание государства Израиль рассматривалось в Москве как удар по британскому империализму на Ближнем Востоке, который был нанесен силами прогрессивных евреев из России и Польши. А нападения на сионистов со стороны арабов рассматривались как отчаянная попытка реакционных феодальных правителей противостоять созданию нового прогрессивного государства. Поддержка советской дипломатии, а также оружие, поставлявшееся с благословения Советского Союза из Чехословакии сионистам во время войны с арабами, имели решающее значение в создании Израиля. В мае 1948 года СССР стал первым, кто признал это новое государство юридически. Кремль рассчитывал на благодарность сионистов за такую быструю поддержку и за решающую роль, которую Красная Армия сыграла в разгроме Гитлера. Советское руководство считало, что Израиль станет во главе антиимпериалистической революции на Ближнем Востоке и поможет СССР закрепиться в Средиземном море. Партия Мапам заявила, что является «неотъемлемой частью мирового революционного лагеря, возглавляемого СССР».

В конце 1947 года полковник Андрей Михайлович Отращенко, который возглавлял Управление КИ по Ближнему и Дальнему Востоку (а позднее — Первое главное управление), созвал оперативное совещание, на котором объявил, что Сталин лично приказал КИ обеспечить надежность союза Израиля и СССР.

Эмиграция русских евреев в Израиль открывала прекрасную возможность засылать советских шпионов для работы как в Израиле, так и в стране — «основном противнике» и других западных объектах. Начальник управления нелегальных агентов в КИ (позднее в ПГУ), высокий, атлетически сложенный полковник Александр Михайлович Коротков, известный всем как «Саша», был женат на еврейке. Он отвечал за подбор и подготовку эмигрантов, которые ехали в Израиль советскими нелегальными агентами. Главный его помощник подполковник Владимир Вертипорох, более известный как «дядя Володя», в 1948 году был назначен первым резидентом КИ МГБ в Израиле. Вместе с Коротковым они были награждены и повышены в звании до генерала за успехи в нелегальных операциях в Израиле.

К 1950 году появились две причины, изменившие советскую политику в отношении Израиля на противоположную. Первая состояла в энтузиазме русских евреев при создании нового государства. Когда Голда Меир и члены израильского дипломатического представительства в Москве посетили московскую синагогу на Рош Гашану, еврейский Новый год, 4 октября 1948 года, их окружила толпа в тридцать тысяч евреев.

Еврейский антифашистский комитет, созданный в годы войны для того, чтобы мобилизовать еврейские силы на борьбу с фашизмом, получил приказ скандировать «Нет! Никогда и ни при каких обстоятельствах не поменяют советские евреи свою социалистическую Родину на другую». Митинг быстро разогнали. По словам Хрущева, руководителя комитета Соломона Михайловича Михоэлса агенты МГБ толкнули под колеса грузовика. Он погиб. Зимой 1948—49 года, в Москве и других городах были закрыты еврейские государственные театры, а писатели, работавшие на идиш, практически все были арестованы. Даже жена Молотова, Жемчужина, была арестована и попала в ссылку в 1949 году. По словам Хрущева, Сталин «взорвался», когда Молотов воздержался во время голосования по вопросу о выводе своей жены из состава аппарата Центрального Комитета. И хотя Молотов остался членом Политбюро, министром иностранных дел он больше не был.

В течение почти года, несмотря на нападки на сионизм внутри страны, Советский Союз продолжал поддерживать Израиль на международной арене. Но свидетельства того, что Израиль укрепляет связи с Западом и, прежде всего, с Соединенными Штатами, убедили Кремль перейти к поддержке арабских противников Израиля. С тех пор сионизм официально рассматривался как часть широкомасштабного империалистического заговора с целью подрыва единства социалистического лагеря руками живущих в нем евреев. Вера в угрозу сионизма выявила у Сталина затаенный антисемитизм, который и раньше не был так уж глубоко запрятан. В своих устных и письменных выступлениях Сталин избегал антисемитских заявлений, но в кругу своего льстивого окружения он издевался над еврейской манерой говорить и прочим. Хрущев вспоминал, что сказал ему однажды Сталин после того, как представители МГБ и партийные лидеры сообщили о недовольстве на авиастроительном заводе: «Передовым рабочим на заводе надо раздать дубинки, чтобы после рабочего дня они могли задать чертей этим евреям!» Провозглашение новой антисионистской политики сначала вызвало трудности в Центре. Когда полковник Отращенко объявил на встрече с работниками Управления по Ближнему и Дальнему Востоку КИ, что сионизм идет в ногу с империализмом, некоторые офицеры не поняли, как можно сопоставлять эти два понятия. Илья Джирквелов, перебежчик из КГБ, рассказывал, что они быстро сориентировались: «Было достаточно ясно, что это новое слово, оканчивающееся на „-изм“, не рифмовалось с марксизмом-ленинизмом. Таким образом, оно подпадало в один разряд с троцкизмом, и мы все поняли, что это плохо.»

Первое крупное наступление МГБ за пределами страны на сионистский заговор началось в Чехословакии. Владимир Боярский, старший советник МГБ в Праге начиная с лета 1950 года, получил свободу рук со стороны руководства Компартии Чехословакии в деле разоблачения «сионистского заговора». «Основным нашим врагом, — говорил он, — является международный сионизм, у которого в распоряжении имеется самая развитая шпионская сеть.» Первой значительной жертвой антисемитской охоты на ведьм, затеянной Боярским, стал первый секретарь областного комитета партии Брно, еврей Отто Шлинг, которого забрали в октябре 1950 года. Зимой 1950—51 года продолжались многочисленные аресты членов партии. В феврале 1951 года скорее всего по подсказке Боярского антисемит Андрей Кепперт был назначен директором управления СТБ по разоблачению врагов государства; он тут же создал специальный отдел по сионизму. Кепперт часто говорил своим коллегам, что людей, у которых нос крючком, он либо сразу брал на карандаш, либо сажал.