19 мая 1944 года был учрежден Совет по делам религиозных культов при СНК СССР для связи правительства и религиозными объединениями всех конфессий, за исключением православной церкви. Председателя Совета был утвержден 6 июня 1944 года. И. В. Полянский. Нужно отметить, что деятельность Совета для некоторых конфессий была во многом положительной, они смогли достигнуть определенных успехов в отношениях с государством через этот орган⁴⁴.

Вместе с тем, «в 1944–1945 годах Совет сохранял чрезвычайно жесткую позицию, – пишет Одинцов М. И., – в отношении ряда религиозных объединений, которые государством отнесены были к так называемым «антигосударственным, антисоветским и изуверским сектам»: адвентисты, апокалипсисты, духоборы, малеванцы, методисты, молокане, пятидесятники <…>»⁴⁵. Причиной этого стало восприятие Советом данных объединений больше как политических, нежели религиозных, что приводило к невозможности их регистрации.

Сложившаяся модель государственно-конфессиональных отношений в годы войны продолжала функционировать и первые послевоенные годы. Но в 50-х годах была снова начата антирелигиозная кампания, сопровождавшаяся притеснением верующих и закрытием храмов.

4 октября 1958 года ЦК КПСС принял секретное постановление «О записке Отдела пропаганды и агитации ЦК КПСС по союзным республикам “О недостатках научно-атеистической пропаганды”». Постановление предписывало всем партийным и общественным организациям и государственным органам развернуть решительное наступление на «религиозные пережитки», был предложен целый комплекс мер, направленных на повышение уровня атеистической пропаганды в печати, в образовании. Так п. 4, например, призывал обратить внимание на необходимость организации широкой постоянно действующей курсовой сети по подготовке и переподготовке атеистических кадров, усилению научно-атеистической пропаганды среди трудящихся⁴⁶. Именно в это время появляется в высших учебных заведениях предмет под названием «научный атеизм».

Продолжая наступление на религию, Совет Министров СССР 16 октября 1958 года принято постановление № 1160 «О налоговом обложении доходов предприятий епархиальных управлений, а также доходов монастырей»⁴⁷ и постановление «О монастырях в СССР». В соответствии с этими нормативно-правовыми актами были установлены повышенные ставки налога с земельных участков, находящихся в пользовании монастырей, предусматривалось сокращение земли, находящихся в пользовании монастырей, а также устанавливались требования о запрете принимать в монастыри граждан моложе 30 лет. В итоге к середине 60-х годов у Русской Православной Церкви осталось только 18 действующих монастырей, в том числе была закрыта и Киево-Печерская Лавра⁴⁸. Продолжались кампании по закрытию храмов⁴⁹. Как пишет протоиерей В. Цыпин: «На 1 января 1961 года в Русской Православной Церкви существовал 11 571 приход, за год это число сократилось почти на полторы тысячи. На 1 января 1962 года в стране оставалось 10 149 православных храмов, а к 21 августа 1963 года регистрацию имели лишь 8 314 общин»⁵⁰.

Необходимо отметить характерную особенность этого этапа развития отношений государства и религиозных объединений: с одной стороны, государство реализовывало жесткую политику притеснения церкви, а с другой стороны, разрешало выезд за рубеж представителям РПЦ и других конфессий в СССР для пропаганды идей о свободной и нормальной жизни верующих в советском государстве (в 1961 году РПЦ была принята во Всемирный Совет Церквей, а в 1964 году впервые представители РПЦ участвовали в качестве наблюдателей во Всемирном братстве православной молодежи «Синдесмос»).

В декабре 1965 года произошло важное событие – Совет по делам Русской православной церкви и Совет по делам религиозных культов по решению Совета Министров СССР упразднялись. Их полномочия переданы новому органу – Совету по делам религий при Совете министров СССР. Главной задачей нового органа стал контроль за соблюдением действующего законодательства в сфере религии, а также изучение и обобщение практики применения законодательства о религиозных объединениях.

23 июня 1975 года принимается указ Президиума Верховного Совета РСФСР «О внесении изменений и дополнений в Постановление ВЦИК и СНК РСФСР от 8 апреля 1929 года «О религиозных объединениях», уточняющий процедуру государственной регистрации и порядок приобретения церковной утвари и предметов религиозного культа⁵¹. Кроме того, возможности церковной деятельности в некоторых сферах, по сравнению с прежней редакцией, были еще более ограничены⁵².

В 1977 году принимается новая Конституция СССР, а в 1978 году Конституция РСФСР. В ст. 52 Конституции СССР и ст. 50 Конституции РСФСР закреплена свобода совести. Эти статьи повторяли положения аналогичных статей в прежних конституциях. Новым было лишь положение о запрете возбуждения вражды, ненависти в связи с религиозными верованиями.

Примечательна характеристика В. В. Клочковым принципа отделения государства от религиозных организаций в этот период. По его мнению, религиозные организации должны заниматься лишь удовлетворением религиозных нужд, полностью исключая какую-либо общественную деятельность⁵³.

Первые значительные перемены в государственной политике в отношении религиозных организаций произошли в 1988 году, когда Генеральным секретарем ЦК КПСС Горбачевым М. С. было разрешено проведение значительных мероприятий в честь 1000-летия Крещения Руси. Постепенно государство начинает возвращать ранее отнятое имущество (Толгский монастырь, часть Киево-Печерской Лавры и др.).

Изменение правового положения религиозных объединений было определено Законом СССР № 1689-1 «О свободе совести и религиозных организациях» от 1 октября 1990 года. Принципу отделения государства от религиозных организаций была посвящена ст. 5, закрепляющая положения, которые традиционно вкладывают в принципы светского государства⁵⁴.

По закону религиозные организации с момента регистрации их устава стали признаваться юридическими лицами, впервые в законодательстве закрепляется термин «светского характера» государственной системы образования в СССР.

25 октября 1990 года принимается Закон РСФСР № 267-1 «О свободе вероисповеданий»⁵⁵. Он был практически идентичен союзному закону и раскрывал лишь отдельные положения⁵⁶.

В этот же день принимается постановление Верховного Совета РСФСР № 268-1 «О порядке введения в действие Закона РСФСР «О свободе вероисповеданий», которое отменило действие прежних актов в религиозной сфере. Также п. 5 постановления поручено двум комитетам Верховного Совета РСФСР разработать положение об «экспертно-консультативном совете при Комитете Верховного Совета РСФСР по свободе совести, вероисповеданиям, благотворительности и милосердию», создание которого предусматривала ст. 12 Закона РСФСР № 267-1 «О свободе вероисповеданий».

С момента вступления закона в силу Совет по делам религий остался лишь на союзном уровне, но его полномочия были существенно ограничены⁵⁷. Но в таком статусе он просуществовал недолго. Постановлением Государственного Совета СССР от 14 ноября 1991 года № ГС-13 «Об упразднении министерств и других центральных органов государственного управления СССР» Совет по делам религий упразднен⁵⁸, что ознаменовало окончательное прекращение контроля над религиозными организациями со стороны государственной власти.

12 декабря 1993 года на всенародном голосовании принимается Конституция Российской Федерации, закрепляющая в статье 14 в качестве духовной основы конституционного строя – светский характер российского государства. Конституция 1993 года стала первой конституцией России, содержащей такой термин. В 1997 году вступает в силу новый федеральный закон от 27 сентября 1997 года № 125-ФЗ «О свободе совести и религиозных объединениях» (далее – ФЗ № 125)⁵⁹. Закон также установил принцип светскости и определил принципы его реализации для государства и для религиозных объединений. Принятие закона послужило основанием для развития государственно-конфессиональных отношений в различных сферах: образования, воспитания, военной службы и т. д.