В период между первым нападением в 1975-м и 1991 годом аппетит существа, кажется, увеличился. Животных, особенно овец и коз, часто стали находить мертвыми повсюду в горах Пуэрто-Рико. В 1995 году Луис Гваделупе, горный фермер, который видел нападение существа на его скот, рассказал местной газете, что оно выглядело «как уродливый карлик» и имело «заостренный длинный язык, как у змеи». Когда фермер приблизился, существо зашипело на него так, что он почувствовал тошноту, и оно упрыгало такими огромными скачками, что фермер подумал, что оно могло летать. Другой свидетель, Мадлен Толентино, утверждала, что оно «прыгало как кенгуру» на мощных задних лапах, шипя и плюясь, когда двигалось, и что в воздухе стоял своеобразный запах, «похожий на серу». Другие свидетели говорили, что эль чупакабра обладает сверхъестественной силой и в состоянии унести взрослую корову в горы, где выпивает кровь животного.

В конце 1990-х годов, однако, в описаниях начали появляться такие различия твари по сравнению с теми, которые были даны ранее. «Лицо» было менее волкоподобное, а больше похоже на баранье, у существа были длинные, тонкие крылья, завернутые вокруг него, как плащ, оно могло бегать по земле в вертикальном положении, как человек, но быстрее, чем скачущая галопом лошадь, оно было способно выдыхать огонь в случае, если ему мешали, его руки были «обезьяноподобные», а не клешнеобразные, у него была кожа, как у крокодила. Некоторые из этих дополнений, вероятно, были не более чем фантазией местных пуэрто-риканских фермеров, но следует отметить, что основные описания существа остаются сходными во всех сказках.

В начале 1991 года на горных фермах большое количество собак были найдены мертвыми. Не только их кровь была выпита, но их внутренности также были высосаны каким-то неизвестным существом. По мнению фермеров, это было неоспоримым доказательством действий эль чупакабры и также служило доказательством для населения, по крайней мере, что он становится более прожорливым. «Трупы были похожи на выброшенные тряпки», — говорилось в докладе. «Хотя все было высосано через глаза, внутренние органы: сердце, печень, желудок, — все исчезло».

Какое-то время казалось, что кровавая бойня будет ограничена островом Пуэрто-Рико, но к концу 1990-х другие Карибские острова начали сообщать об аналогичных посягательствах. Произошло несколько нашествий зверей, если они были зверями, в Мексике, Чили и даже в некоторых южных штатах США, таких, как Аризона и Техас. Целые кипы бездомных собак были найдены мертвыми на больших площадях Техаса, некоторые обескровленные, а другие без внутренних органов. Домашние животные в Техасе и в Аризоне подверглись нападению и были убиты, на их шее имелся крошечный прокол. Собаки и овцы подверглись нападению на севере Флориды, крупный рогатый скот был искусан в Бедже, штат Калифорния. Но, несмотря на всю свою жестокость и дерзость, эль чупакабры до сих пор, насколько известно, не нападали на людей.

Вопрос остается в силе: что это? В Пуэрто-Рико у жителей гор преобладала теория, что чупакабры — это души злых людей, которые возвращаются в виде уродливых карликов, чтобы мучить живых и мстить за прошлые обиды. Это рассматривается как фольклорное объяснение, относящееся к сфере призраков и демонов, к которым принадлежат общепринятые вампиры. Был выдвинут другой, более «научный» ответ, что это может быть один из видов динозавров, который каким-то образом выжил с древних времен и остался не обнаруженным до сих пор. Есть также мнение, что чупакабра — это форма экзотического животного, которое вначале было нелегально ввезено в Пуэрто-Рико, и ему удалось размножиться. Однако все согласны, что существо — вампир и что ему нужна кровь для пропитания. Это также что-то, что явно боится людей и пытается избегать их.

Множество попыток было сделано авторитетными личностями, чтобы опровергнуть тот факт, что эль чупакабра действительно существует. Бывший директор ветеринарного отделения департамента сельского хозяйства Пуэрто-Рико, Гектор Гарсия, сделал заявление, что ничего необычного в убийствах, которые наблюдались во время периода его пребывания в должности, нет. Другие чиновники обвиняли в смертях диких хищных ягуаров или людей, которые могли унести их для оккультных целей. Но журнал «Судьба» предположил, что скептики относятся к чупакабре гораздо серьезнее, чем официально утверждают, в частности на юге США.

Существуют указания на то, что вампирическим существам было дано специфическое научное название, аномальные биологические существа (ЭйБиИ), и что была создана оперативная группа ученых в юго-западном Техасе в 2000–2001 годах для их поимки. В действительности было много попыток связать ЭйБиИ, а в особенности эль чупакабру, с НЛО или секретными биологическими экспериментами США. Те, кто считал, что существо является ЭйБиИ, в дальнейшем убедились в сознательном заговоре американского правительства и средств массовой информации с целью удержать существо от общественного внимания, возможно, затем, чтобы предотвратить широкое распространение паники. Со стороны правительства Пуэрто-Рико было сделано несколько попыток провести общественное расследование о всеобщей вере в чупакабру, которые ни к чему не привели.

В 2000–2001 годах команда из программы «Внутренний выпуск» отправилась в Пуэрто-Рико расследовать вопрос об ЭйБиИ. Было высказано предположение о том, что их доклад не был полностью беспристрастным и что они на самом деле были отправлены, чтобы публично поднять на смех эту историю, так как программа фактически считала историю выдумкой. Программа якобы высмеяла идею о существовании чупакабры и подняла на смех мэра Канаванаса, который был одним из предполагаемых свидетелей нападения. Хотя было несколько историй о том, что морская пехота США и подразделение пуэрто-риканской армии захватили двух существ и держали их где-то в Соединенных Штатах, эти утверждения были отклонены создателями программы, а любые свидетели изображались ненадежными.

Источником этого утверждения, однако, является пуэрто-риканский журналист по имени Жорж Мартин, которого агентства США описывали как «полностью ненадежного». Сам Мартин склоняется в пользу того, что он определяет как «генетические изменения», которые породили вампирическое существо. Он обращает внимание на работу ряда ученых-генетиков, имя одного из них доктор Цян Канчен, китайско-русский генетик, который якобы работал на бывший Советский Союз. По словам Мартина, Канчен осуществил некие «генетические изменения» в лабораторных условиях и, возможно, создал новый гибрид растения и животного, скрещенных электронным путем. С помощью электронной системы, которая могла выделить то, что Мартин описывает как «определенные биоэнергетические подписи», от биологических организмов на уровне ДНК, а затем в электронном виде передать их другим видам, генетик создал, как предположил Мартин, невероятные новые виды кур и уток, проявляющие особенности обоих видов, а также виды коз, кроликов и зерновых культур. Он был, как утверждается, одним из предвестников современных генетических модификаций сельскохозяйственных культур.

Более того, считалось, что незадолго до распада СССР Канчен уехал на Запад, взяв технологию с собой, где предложил свои услуги США. Мартин говорит о том, что даже если бы ученый не переехал и Советский Союз продолжил бы такие генетические эксперименты, то затем в США, вероятно, провели бы их тоже.

Он также обнаружил, что один чупакабра был обстрелян и ранен фермером в высокогорьях Пуэрто-Рико, но убежал, оставив за собой дорожку крови. Кровь, сообщает он, впоследствии была собрана и исследовалась командой крупных пуэрто-риканских и американских специалистов. Мартин утверждает, что он имел доступ к копии результатов их анализа, который утверждал, что она ни в коей мере не совместима с нормальной человеческой кровью. Пропорции содержания магния, говорит он, фосфора, кальция и калия были гораздо выше, чем в крови людей. Белок / глоулин (RG соотношение) также значительно отличаются. Мартин утверждает, что результаты не являются совместимыми с любым известным видом животных. Команда, исследующая кровь, объявила существо неземным, как говорит Мартин. Власти США и Пуэрто-Рико, однако, отклонили его заявления, сказав, что они абсолютно ложные: никогда не существовало ученого-перебежчика по имени Цян Канчен, а вся история «совершенно фантастична и достойна быть дешевой научной фантастикой». Власти также отметили, что никаких исследований якобы крови чупакабры не проводилось и что Мартин сам все это выдумал.