В том же году у Кедаранатхи родился первый сын, Аннада. 18 декабря Кедаранатха был принят на работу учителем пятых классов в школу города Миднапур. Климат в Миднапуре был хорошим, однако духовная атмосфера Кедаранатхе не понравилась из-за противостояния между последователями Раммохана Рая и ортодоксальными индусами. Раммохан Рай отвергал деление общества на касты, выступал за запрет сати, или самосожжения вдов, считал большинство ведических писаний мифологическими и подчеркивал важность эмпирического познания. Кроме того, он не признавал «Шримад-Бхагаватам» комментарием на «Веданта-сутру» и оспаривал подлинность многих Пуран. Хотя Раммохан Рай был воспитан в семье вайшнавов, он отвергал учение Шри Чайтаньи, но при этом принимал авторитет Господа Шивы и тантр, что давало повод усомниться в его объективности. Родная мать отказалась от него как от еретика. Многие консервативные религиозные люди критиковали его за то, что он выступает против философии вайшнавов, не замечая антикастовой направленности учения Шри Чайтаньи Махапрабху. Тем не менее, взгляды Раммохана Рая пользовались популярностью у калькуттских интеллигентов, таких как Каши Прасад Гхош и семьи Тагоров.
Кедаранатха не разделял взгляды Раммохана Рая. «Я не находил в религии брахмоитов ничего привлекательного. Самой лучшей, на мой взгляд, была философия всеобщего братства, которую проповедовал Иисус. Чувство [которое я испытывал, поклоняясь Иисусу] было преданностью Богу. Из Калькутты я получал работы Паркера и других философов, а также книги об унитарном христианстве. Читая их, я чувствовал, как моя преданность Иисусу становится все сильнее и сильнее. Я верил в бхакти с детства. Еще когда я жил в Уле, звуки хари-киртана доставляли мне блаженство. Я был убежден, что в религии вайшнавов скрыт глубокий смысл. Я верил в нее, потому что в ней есть бхахтираса… В Калькутте я встречался с Баро Далой (Двиджендранатхой Тагором) и слушал его рассказы о брахмоизме. Однако эта религия вызывала у меня необъяснимую неприязнь. Чем больше я размышлял на эту тему и беседовал с господином Далом и христианскими миссионерами, тем больше я убеждался, что христианство намного превосходит религию брахмоитов».
Бхактивинода Тхакур вспоминает, что слуга его отца укорял так называемых потомственных вайшнавов за ловлю рыбы. Он говорил, что вайшнав не должен посягать на чью-либо жизнь. Кедаранатха был с этим согласен. С ранних лет его возмущало, что
шакты приносят в жертву животных и потом едят их. С другой стороны, он чувствовал благодарность к излечившему его факиру из секты карта-бхаджей. К тому же он с детства помнил, как к ним домой приходил вайшнав по имени Джага, который, самозабвенно проливая потоки слез, пел святое имя и танцевал.
Мы видим, как в диспутах с интеллектуалами того времени естественные склонности Кедаранатхи приобретали все более отчетливые формы. Повинуясь неисповедимому замыслу Господа, он все больше сосредотачивался на высшей философской доктрине – бхакти, или преданном служении Богу. «Я развил сильное влечение к чистому преданному служению, но еще не встал на эту стезю. В Миднапуре я решил найти и прочитать все книги о вайшнавизме. Вместе со мной в школе работал один потомственный пандит-вайшнав. Он рассказал мне о том, как Чайтанья Махапрабху проповедовал вайшнавизм в Бенгалии, и сказал, что история жизни Шри Чайтаньи и Его учение изложены в "Чайтанья-чаритамрите". Я пытался найти эту книгу, но мои поиски не увенчались успехом. Я был уверен, что, прочитав ее, я обрету счастье. К сожалению, вайшнавская литература в то время не издавалась».
В Миднапуре Кедаранатха вступил в местное литературное общество и вскоре приобрел много сторонников. Это вызвало недовольство у брахмоитов. Они решили поссорить Кедаранатху с его последователями, но он принял необходимые меры предосторожности.
В конце 1861 года жена Кедаранатхи заболела и вскоре умерла, оставив его с десятимесячным сыном. В автобиографии Бхактивинода Тхакур пишет:
«Следуя псалмам, я стоически перенес этот удар судьбы». Мать Кедаранатхи пыталась взять заботы о ребенке на себя, но была слишком стара для этого.
Вскоре Кедаранатха заболел воспалением легких. Он отмечает, что во время болезни взывал к Богу о помощи. В то время он был убежден в истинности как личностной, так и безличной ипостаси Бога, но не мог совместить эти две концепции.
Через два месяца после смерти супруги Кедаранатха женился на девушке по имени Лалита, дочери Ганьяманьи Рая из деревни Джакпур. Эта искренняя вайшнави, которая во всем следовала своему мужу, впоследствии стала известна как Шримати Бхагавати-деви. Она отличалась благородным характером, спокойным нравом и обладала множеством талантов. Некоторые родственники и знакомые Кедаранатхи критиковали его за то, что он женился так быстро, однако сам Кедаранатха не видел в этом ничего предосудительного. Некоторое время спустя его приняли на низкооплачиваемые должности сборщика налогов, а потом клерка в налоговой службе. Затем Кедаранатха вернулся в Бенгалию в местечко Бхач-чхала, где также устроился клерком, но за более высокое жалованье. Там же, в Бхаччхале, в 1863 году он написал две поэмы: «Виджана-грама» («Покинутая деревня») и «Санньяси». За всю историю бенгальской литературы и словесности «Виджана-грама» была первой из опубликованных поэм, написанных белым стихом. Многие видные литераторы высоко оценили произведения Кедаранатхи. Рецензия на них была опубликована в 39-м номере престижного издания «Калькутта Ревю» за 1863 год.
В том же году Кедаранатха написал философскую книгу «Наши стремления» на английском языке.
Когда между брахмоитами и христианами произошел очередной конфликт, Кедаранатху попросили выступить между ними посредником, но его попытки примирить врагов обернулись против него же самого. Тогда он основал свое собственное общество, к которому присоединились многие из бывших брахмоитов. На одном из собраний, проходивших в публичной библиотеке Бурдвана, Кедаранатха прочитал лекцию о душе. На лекции присутствовал мистер Хейли, который с тех пор стал оказывать Кедаранатхе большую помощь и даже пообещал подыскать ему хорошую работу.
После работы клерком в Бхаччхаяе Кедаранатху приняли главным секретарем суда в Чуаданге с жалованьем сто сорок рупий в месяц. Через полтора года ему нашли замену, и он остался не удел. В 1864 году у него родилась дочь. Кедаранатха сдал в Бурдване экзамен по праву и получил хорошую рекомендацию от мистера Линтона. Мистер Хейли решил помочь ему добиться назначения на более высокую должность, чем должность обычного клерка. Кедаранатха остался в Ранагхате ждать новостей. 9 февраля 1866 года он получил сразу три письма. В одном мистер Линтон предлагал Кедаранатхе работу клерка, в другом мистер Хейли сообщал ему о том, что он принят на государственную службу, а третье содержало официальное уведомление о назначении Кедаранатхи на должность регистратора суда города Чапра с полномочиями помощника мирового судьи и сборщика налогов. В то время Кедаранатхе было 27 лет. Предсказание деда сбылось.
После переезда в Чапру Кедаранатха посетил находящийся неподалеку Гаутамашрам, где некогда жил известный мудрец Гаутама, проповедник ньяи. По возвращении в Чапру Кедаранатха выступил перед местными жителями с речью о Гаутаме и предложил им открыть школу для изучения ньяя-шастр. Хотя в дальнейшем Кедаранатха не принимал в этой работе личного участия, усилиями местных жителей это учебное заведение было открыто. В 1883 году губернатор Бенгалии сэр Риверс Томсон заложил первый камень будущей школы, которую назвали в его честь.
В 1868 году Кедаранатха перевел на урду «Руководство для служащих судебной канцелярии», которое правительство распространило в соответствующих службах объединенных провинций Агры и Ауда (теперь – Уттар Прадеш).
В Чапре у него открылась кровоточащая язва. Никакие лекарства не помогали. Так и не оправившись от болезни, он предпринял безуспешную попытку сдать государственные экзамены, а затем на поезде отправился в Западную Индию и побывал во Вриндаване, Матхуре, Агре, Праяге, Мриджпуре и Каши. В автобиографии он скромно пишет, что в то время его преданность Богу имела примесь эмпирического философствования, поэтому во Вриндаване он не ощутил чистого блаженства бхакти-расы. Хотя на него произвели большое впечатление вриндаванские храмы, он сожалел о том, что не оказал должного почтения живущим в них бхактам. Здесь уместно вспомнить Арджуну, который говорит в «Бхагавад-гите», что охватившая его иллюзия рассеялась. Хотя может показаться, что Арджуна ведет себя как обычный человек, пришедший в замешательство, его «иллюзия» не была обыкновенной. Арджуна – вечный спутник Кришны, и Кришна в назидание всему человечеству специально ввел его в заблуждение. Подобным образом Бхактивинода Тхакур, которого называют олицетворением трансцендентной энергии Господа Чайтаньи, не относится к числу тех, кто тяготеет к эмпирической философии и не умеет почитать бхакт. Как и Арджуна, он принадлежит к вечному окружению Кришны, поэтому все мысли и поступки Бхактивиноды Тхакура продиктованы божественной волей Господа. Господь же намеревался открыть миру величие Своего слуги, и ждать этого оставалось недолго.