Вообще система областного управления и суда в Московском государстве той эпохи представляет, на первый взгляд, замечательное разнообразие и неравномерность. В одних областях второстепенные города вместе с целым уездом подчинены были наместнику главного города; в других эти второстепенные города имели своих наместников, или городских прикащиков, непосредственно сносившихся с Москвой; в третьих — даже волостели, ведавшие не городами, а селами, составлявшими волость, тоже не были подчинены наместникам, а прямо сносились с Москвой. Одни наместники имели право боярского суда, другие его не имели, третьи имели обширную власть и военную и гражданскую, т. е. были воеводами. Одни области управлялись кормленщиками, т. е. царскими наместниками и волостелями; другие имели свое земское самоуправление, т. е. ведались и судились своими выборными людьми; в одних областях уголовным судом ведали сами наместники, в других — губные старосты и т. д. Такое разнообразие произошло главным образом потому, что Московское государство слагалось постепенно по мере присоединения древних русских княжеств и земель; причем каждая вновь присоединенная область получила свое устройство; но московские порядки вводились в ней не вдруг, а более или менее постепенно, сообразуясь с обстоятельствами. Присматриваясь ближе к устройству областей, замечаем, однако, в них общие начала, общие черты, обнаруживающие дальновидность и целесообразность московской объединительной политики. Так, мы видим, что эта политика избегала создания больших областей, имевших во главе правителей с обширными полномочиями, а держалась сначала мелких земельных единиц. Только некоторые окраинные пункты стояли во главе значительных областей и имели воевод или наместников с обширными полномочиями, каковы: Новгород, Псков, Смоленск, Рязань и Астрахань. Но, во-первых, наместники не оставались в долгу, а во-вторых, обыкновенно их было по двое, в-третьих, делопроизводством заведовали доверенные государевы дьяки. Вся сила московской централизации из провинций была перенесена в столицу. Здесь она существовала в виде различных приказов, в которых непосредственно сосредоточивалось управление областями.
Начало московских приказов восходит к эпохе предшествующей; они возникли из тех отраслей управления или хозяйства, которые великим князем поручались или приказывались какому-либо боярину, дьяку, казначею, дворецкому и т. п. Образование из них постоянных государственных учреждений, называемых избой, палатой, двором, приказом, по некоторым признакам, начато было великим организатором объединявшейся Московской Руси Иваном III. Так, в его время, по-видимому, получили свое начало или уже существовали следующие приказы:
1. Дворцовый, известный впоследствии под именем «Приказа Большого Дворца», ведавший дворцовые имения, дворцовое хозяйство и дворцовую службу. Здесь начальствовал великокняжий дворецкий, а при нем состояли «дворцовые дьяки». С присоединением к Москве княжеств Тверского и Рязанского в Москву переведено было хозяйственное их ведомство и здесь некоторое время существовали как отдельные учреждения: «Тверской Дворец» и «Рязанский Дворец», потом, вероятно, слившиеся с Приказом Большого Дворца. 2. Казенный двор, имевший во главе своей «казначея» с дьяками и ведавший «всякую домовую казну государя», куда относились также сундуки с посольскими и договорными грамотами и прочими бумагами собственного государева архива. 3. Земский двор, или приказ, главным образом имевший в своем ведении внешние распорядки (полицию) в самой столице. 4. Холопий приказ, сосредоточивший все дела о холопах. К тому же времени, вероятно, относится и начало приказов: 5. Конюшенного, 6. Ямского, а также 7. Разрядного, 8. Поместного и 9. Посольского. Наиболее важный из них, Разрядный, по преимуществу вел книги служилому сословию, производил назначения и распорядки о его службе, как военной, так придворной и областной; он ведал раздачей кормлений, вотчин и поместий; в нем хранились боярские и дворянские родословицы и велись все дела по местническим счетам. Первоначально он составлял, по-видимому, главное отделение в канцелярии боярской думы. В XVI веке из сей канцелярии, как надо полагать, выделились четыре приказа: «Разрядный», «Посольский», «Поместный» и «Казанского Дворца». Эти четыре отделения думской канцелярии превратились в приказы, потому и носили название четвертей, или «четвертных приказов». Отделение Казанского Дворца, или Казанская четь (четверть), образовалось вслед за покорением Казани и Астрахани; оно ведало всем Поволжьем. Впоследствии, в XVII веке, находим и другие приказы, ведавшие делами и доходами областными и носившие название четей, начало которых, вероятно, относится к более раннему времени; каковы: Нижегородская, Владимирская, Галицкая, Костромская, Устюжская и Сибирская. Кроме того, в XVI веке встречаются приказы, или избы, и палаты: Разбойный, ведавший уголовными делами, Стрелецкий, Пушкарский, Челобитный и некоторые другие.
Вообще к началу XVII века число московских приказов было уже весьма значительное. Хотя эти приказы, чети и палаты поручались обыкновенно боярам и их товарищам, но так как делопроизводством здесь заведовали дьяки, то к ним и перешло главное значение в приказах. Некоторые приказы поручались прямо дьякам и даже назывались их именами; в последней четверти XVI века встречаем в царских грамотах выражения: «четь дьяка нашего Дружины Петелина» и «четь дьяка нашего Ивана Вахрамеева». Дьякам поручались преимущественно те помянутые приказы, которые выделились из канцелярии боярской думы, т. е. четверти. Так, в Посольском приказе начальствовали в XVI веке известные дьяки, сначала Иван Висковатый, а потом братья Андрей и Василий Щелкаловы, которые в разное время стояли также во главе Разрядного приказа. Современники их, дьяки Елизар Вылузгин заведовал Поместным приказом, а Дружина Пантелеев — Казанским Дворцом. Письмоводством в приказах занимались подьячие, которые и стали известны преимущественно под именем «приказных людей». По словам одного иностранца (Флетчера), эти четыре дьяка получали большой по тому времени денежный оклад: Щелкаловы по 100 рублей; Пантелеев 150, а Вылузгин 500 рублей.
Все сии отдельные отрасли суда и управления объединяло и стояло в их главе учреждение, наследованное от удельно-княжеского периода, т. е. боярская дума. Согласно с развивавшимся государственным и притом самодержавным строем Московской земли, эта дума получила теперь более определенные очертания. Будучи ближайшей помощницей государя, она хотя имела при нем только совещательное значение, тем не менее приобретала характер прочного и необходимого государственного учреждения с известным кругом действия и ограниченным составом своих членов. Только те члены боярского сословия заседали в думе, которые были пожалованы саном боярина и окольничего, с прибавлением еще таких важных придворных должностей, как дворецкий, казначей, кравчий; кроме того, в нее сажались царем немногие дети боярские, которые во второй половине XVI века называются «думными дворянами». Письмоводством при думе, или думской канцелярией, заведовали «думные дьяки». Из этой канцелярии, как мы видели, выделялись постепенно особые приказы, оставленные в заведовании тех же думных дьяков. Иван III оставил своему сыну думу в количестве 13 бояр, 6 окольничих, 1 дворецкого и 1 казначея. После того в течение XVI века число думных людей то немного увеличивалось, то немного уменьшалось. Иван IV оставил сыну 10 бояр, 1 окольничего, 1 кравчего, 1 казначея и 8 думных дворян. При Федоре Ивановиче число думных людей возросло до 30. Иногда в думу призывалось высшее духовенство; таким образом являлась распространенная дума. Заседания боярской думы происходили в царском дворце, т. е. в одной из его палат (напр. «Золотой», Ответной, Грановитой) или, как тогда выражались, «наверху». По свидетельству одного иностранца в конце XVI века (Флетчера), она собиралась два раза в день, рано поутру и перед вечером; а для текущих дел назначены были три дня в неделю: понедельник, среда и пятница. Хотя председатель думы был сам царь, но он не всегда присутствовал на заседаниях; причем приговоры думы, конечно, поступали на его утверждение, откуда и возникла потом известная формула: «царь указал, бояре приговорили». При Грозном законы большей частью носят такую формулу: царь «уложил со всеми бояры». Кроме текущих дел, преимущественно докладов, которые поступали на рассмотрение думы от разных приказов, ведению ее подлежали важнейшие государственные вопросы, в особенности вопросы внешней политики; иногда она занималась судебными разбирательствами, например делами по местничеству; но главным образом она занималась обсуждением новых законов и постановлений и, следовательно, имела значение по преимуществу законодательное. Рядом с этим официальным и полным советом государя часто существовала другая царская дума, ближняя и негласная, которая и подготовляла решение вопросов в ту или другую сторону; сюда государь приглашал наиболее доверенных членов думы. Наконец встречается еще более тесный совет государев, состоявший из его любимцев, которые даже не всегда принадлежали к составу боярской думы. Мы видели, как в царствование Василия III недовольные бояре устами Берсеня Беклемишева жаловались на то, что великий князь решает дела, запершись у своей постели сам-третей (с Шигоною Поджогиным и кем-либо из дьяков). В первой половине царствования Грозного повторяется такое же совещание царя сам-третей (с Сильвестром и Адашевым). Для своего сына и преемника Федора Иван Грозный даже приготовил особую ближнюю думу из пяти бояр, которая потом в действительности свелась к одному Борису Годунову. Подобные факты суть обычное явление во всякой монархии, особенно неограниченной, где любимцы или доверенные советники всегда играют первостепенные роли; вопрос только в выборе наиболее достойных. Но и помимо ближней или «комнатной» думы государевой и советников-любимцев, за боярской думой оставалось еще много всяких текущих дел, которые она могла обсуждать и исправлять по собственному разумению. А во время малолетства государя или в эпоху безгосударную боярская дума сосредоточивала в своих руках верховную правительственную власть; как это было, например, в малолетстве Ивана IV и позднее в Смутное время.