Так, в кн. I «О таинстве Святой Троицы» («De mysterio Trinitatis») говорится о единой Божественной сущности, которая, однако, одновременно является внутренне различимой (multiplex) и потому существующей в трех Лицах, а также об атрибутах Божественной сущности, в равной степени относящихся ко всем Лицам: т.е. о премудрости, провидении, предопределении, всеприсутствии, всемогуществе и воле Бога. При этом Петр Ломбардский стремится избежать употребления по отношению к природе Бога, единственно истинного и абсолютно простого (а потому и вечного и неизменного) бытия, термина «субстанция» (substantia), ввиду того что он имеет прямую коннотацию с термином «акциденция» (accidens), в данном случае недопустимую. С другой стороны, несмотря на то что Бог обладает способностью актуального постижения всех сотворенных Им вещей, это не означает, что их предвечные интеллигибельные архетипы являются причиной внутреннего дробления Божественной природы. Притом что Бог предопределяет праведников ко спасению, Ему вовсе не принадлежит инициатива осуждения грешников, которое, однако, будучи следствием существующего в грешниках зла, предвидится Богом и известно Ему благодаря Его предведению, предзнанию: «Reprobatio Dei est praescientia militia in quibusdam non fmiendae, et praeparatio poenae non terminandae». Касаясь же вопроса об исхождении Святого Духа, Петр рассматривает его в контексте учения о Filioque (т.е. исхождении «и от Сына»), и предложенная им трактовка данной проблемы впоследствии повлияла на принятую II Лионским собором (1274) официальную тринитарную доктрину католической церкви, устранившую принципиальные возражения в адрес Filioque со стороны грекоправославных богословов: так, в своем 1-м каноне собор определил, что Святой Дух предвечно исходит от Отца и Сына - не из двух начал, но из одного начала («tamquam ex uno principio... procedit»).
В кн. II «О творении и формировании существ материальных и духовных и о многом другом, к этому относящемся» («De rerum corporalium et spiritualium creatione et formatione, aliisque pluribus eo pertinentibus») повествуется - в противоположность ряду полуеретических космогонических концепций представителей Шартрской школы — о сотворении Богом «из ничего» (creatio ex nihilo: 2 Макк. 7, 28) и «неба», т.е. мира духовного, ангельского, и «земли», т.е. вещественного мира четырех элементов, а также человека как соединяющего в себе оба упомянутых начала. При этом Петр Ломбардский специально указывает — со ссылкой на Августина, — что женщина была сотворена не из головы Адама (чтобы управлять им) и не из ног (чтобы быть его рабыней), но из бока: чтобы находиться рядом и жить с ним бок о бок; Петр также особо подчеркивает недопустимость эманационистской или традукционистской трактовки происхождения человеческих душ. В истолковании же текста Книги Бытия (1, 1-31), касающегося различения шести дней творения, Петр в целом склоняется к буквальному его пониманию, хотя не отвергает и мысли о том, что творение есть единичный и мгновенный акт (Екк. 18, 1: «Qui vivit in aetejnum creavit omnia simul»), после которого мир развивается в соответствии с заложенными в него Богом потенциями дальнейшего формирования (так называемыми «семенными причинами»: rationes seminales).
Упомянув о происхождении, природе и свойствах тварного мира, Петр Ломбардский переходит далее к рассмотрению его первоначального и наличного состояний: т.е. в отношении мира духовного — состояний до и после утверждения одних ангелов в добре и падения других (formatio), а в отношении человека — состояний до и после его грехопадения (в последнем случае Петр прямо следует Августину: «О Граде Божием»: «De civitate Dei», III, 17). Так, до грехопадения человек обладал, во-первых, естественными благами (naturalia bona), с помощью которых мог сохранять себя в том виде, в каком был сотворен, а именно: возможностью бессмертия (posse non mori), возможностью не грешить (posse non рессаге), совершенным знанием и свободой от необходимости и страдания; во-вторых, человек обладал до грехопадения дарованными благами (gratuita bona), с помощью которых мог приблизиться к Богу и достигнуть вечной и блаженной жизни (выражающейся в невозможности смерти и греха: поп posse mori, non posse рессаге), а именно: благодатью действующей (gratia operans) - усиленным стремлением воли к добру, благодатью содействующей (gratia cooperans) - помощью в этом стремлении, и добродетелями (virtutes) — справедливостью (justitia), благоразумием (prudentia), умеренностью (temperantia), стойкостью (fortitudo). После же грехопадения, которое сопоставляется Петром с событиями притчи о милосердном самарянине (Лк. 10, 30), естественные блага человека были повреждены («ранение»: vulneratio), а дарованные ему блага — отняты («обнажение»: nudatio): вследствие первородного греха (originale peccatum), наделившего людей пороком вожделения (vitium concupiscentiae), им стало присуще чувство вины перед Богом (culpa) и ожидание наказания за непослушание (poena); для них стало невозможно не грешить и не умирать (non posse поп рессаге, non posse non mori).
Однако частичное восстановление исходного состояния человека — после отпущения ему грехов в таинстве крещения - возможно благодаря сверхъестественному действию благодати Святого Духа (caritas), наделяющей человека способностью творить добро (при этом человеческие поступки, кроме тех, что злы по природе своей, - должны оцениваться в соответствии с их причинами и намерениями). Задаваясь вопросом о сущности самого греха — и явно ссылаясь на одного из своих непосредственных учителей, Петра Абеляра («Этика, или Познай самого себя»: «Ethica seu liber dictus Scito te ipsum», 1132/35), Петр Ломбардский Указывает: «Относительно этого, по причине разнообразия этих высказываний, о грехе многие рассуждали по-разному. Так, некоторые говорили, что грех — это лишь злая воля, а поступки не благи, но происходят от Бога и из Бога, зло же есть ничто (Quocirca, diversitatis huius verborum occasione, de peccato plurimi diversa senserunt. Alii enim dixerunt voluntatem malam tantum peccatum esse et non actus esse bonos, et a Deo et ex Deo auctore esse, malum autem nihil esse)» («Sent.», II, 35, 2).
Касаясь же проблемы свободы человеческой воли и предлагая собственную классификацию смыслов термина «свобода»: libertas a necessitate, a peccato, a miseria («Sent.», II, 25, 1-9), — Петр Ломбардский дает следующее определение свободного выбора: «Итак, эта рациональная способность, благодаря которой [человек] способен желать зла или добра, различая то и другое, именуется свободным выбором (Ilia igitur rationalis potentia, qua velle malum vel bonum potest, utrumque discernens, liberum arbitrium nuncupatur)» («Sent.», II, 24, 3). Однако в случае если речь идет о свободном выборе Бога, дело обстоит иначе, ведь «свобода выбора, видимо, пребывает лишь в тех, кто может изменять свою волю и склоняться к противоположному, то есть в чьей власти выбирать добро или зло и делать или не делать то и другое, в зависимости от выбора. Соответственно этому, ни в Боге, ни во всех тех, кто настолько укреплен благодатью блаженства, что уже не может грешить, не может быть и свободы выбора (...in hie tantum videtur esse liberum arbitrium, qui voluntatem mutare et in contraria possunt deflectere, in quorum videlicet potestate est eligere bonum vel malum, et utrumlibet secundum electionem facere vel dimittere; secundum quod nec in Deo nec in hie omnibus, qui tanta beatitudinis gratia sunt roborati, ut iam peccare nequeant, liberum arbitrium esse nequit)» («Sent.», II, 25, 1). Из обозначенного затруднительного положения Петр выходит благодаря тому, что меняет - в случае Бога — само определение свободного выбора: «Но в Творце свободный выбор понимается иначе, нежели в твореньях. Ибо свободным выбором в Боге называется Его премудрая и всемогущая воля, которая не по необходимости, но свободно и добровольно творит все, что волит (Sed aliter accipitur liberum arbitrium in Creatore quam in creaturis. Dei etenim liberum arbitrium dicitur eius sapientissima et omnipotens voluntas, que non necessitate, sed libera voluntate, omnia facit, prout vult)» («Sent.», II, 25, 11). Таким образом, согласно Петру, подлинной свободой является не свобода выбора в состоянии нравственного безразличия, но свобода добровольно совершать лишь благое.