Несмотря на то что Аверроэс, не зная греческого, пользовался исключительно арабскими переводами трудов Аристотеля, его комментарии к ним, характеризуясь особой тщательностью и глубиной проникновения в материал, выгодно отличаются от более ранних аналогичных произведений Александра Афродисийского (Экзегета), Фемистия, аль-Фараби, Авиценны (Ибн Сины) и Авемпаса (Авенпаце, Ибн Баджжи), к которым Аверроэс обращался в ходе работы. В 1169—1195 гг. им были прокомментированы все известные в арабоязычном мире аристотелевские трактаты: корпус «Органона» («Категории», «Об истолковании», «Первая Аналитика», «Вторая Аналитика» и «Топика», включая ее IX кн. «О софистических опровержениях»), «Метафизика», «Физика», «О Небе», «О возникновении и уничтожении», «О душе», «Никомахова этика», «Метеорологика», «Поэтика», «Риторика», сочинения по зоологии («История животных», «О частях животных», «О возникновении животных», «О движении животных») и малые естественно-научные сочинения («Parva naturalia»: «Об ощущении и ощущаемом», «О памяти и припоминании», «О сне и бодрствовании», «О сновидениях», «О прорицании на основании снов», «О долголетии и краткости жизни», «О юности и старости», «О жизни и смерти», «О дыхании») — т.е. все важнейшие труды Аристотеля, за исключением «Политики», которой Аверроэс, по его собственным словам («nondum enim Aristotelis Politicos libros vidimus»), не располагал. Незнание греческого языка, однако, так же, как и недостаточная информированность относительно греческих культурно-исторических реалий (зачастую не совпадающих с арабскими), хоть и в редких случаях, но все же порой очевидно подводили Аверроэса: так, никогда не видевший театра, он считал, например, что трагедия представляет собою искусство похвалы, а комедия — искусство порицания. Поэтому, комментируя «Поэтику», Аверроэс полагал, что аналогами греческих трагедий и комедий являются в арабской культуре панегирики и сатиры, а также утверждал, что примеры трагедий и комедий можно найти даже в Коране; забавным представляется и данное им определение элегии: «Spectes vero poetriae quae elegia nominator non est nisi incitatio ad actus cohituales, quos amoris nomine obtegunt et decorant. Ideoque oportet ut a talibus carnibus abstrahantur filii, instruantur et exerceantur in carminibus quae ad actus fortitudinis et largitatis incitent».
В целом комментарии Аверроэса подразделяются на три типа: короткие парафразы, состоящие из аристотелевских заключений (epitomes); средние комментарии (commentaria media), толкования которых четко не отделены от авторского текста; большие комментарии (commentaria magna), где целиком цитируемый оригинал сопровождается от параграфа к параграфу отдельным детальным разъяснением. Причем в латинском варианте «Метафизика», «Физика», «О Небе», «О душе» и «Вторая Аналитика» сохранились будучи снабженными комментариями всех тре;х видов, прочие логические работы - только малыми и средними комментариями, другие трактаты дошли лишь в одной версии. Кроме того, Аверроэс откомментировал: «Государство» Платона, «Альмагест» Птолемея (к антиперипатетической математизированной астрономии которого он относился крайне критически, утверждая, что эта гипотетическая фикция представляет собою лишь «небытие, отвечающее потребностям вычислений»: «conveniens computationi non esse»), «Введение к “Категориям” Аристотеля» Порфирия, логические труды аль- Фараби, медицинские сочинения Авиценны, «О соединении отделенного разума с человеком» («Epistola de connexione intellectus abstracti cum homine») Авемпаса и неаутентичную работу «Об уме» («De intellectu») из второй, дополнительной книги трактата «О душе» Александра Афродисийского. Его перу принадлежат также: «Самоопровержение самоопровержения» («Tahafut al-tahafut»; лат. «Destructio destructionis philosophorum», или «Destructio destructionum philosophiae Algazelis», ок. 1180), написанное в ответ на «Самоопровержение философов» Альгазеля (аль-Газали); трилогия, состоящая из «Рассуждения, выносящего решение относительно связи между религией и философией» («Kitab fasl al-maqual», 1179/80), «Описания путей доказательства религиозных истин» («al-Kashf ‘an manahij al-adilla») и «Дополнения» («Damima») к ним; синтезирующая учения Галена и Аристотеля энциклопедия по общим вопросам врачебной науки «Система [медицины]» («Kitab al-kulliyat», лат. «Colliget», 1162— 1169). Аверроэс написал также «О блаженстве души» («De animae beatitudine»), «О возможностном, или материальном, разуме» («De intellectu possibili vel materiali»), «О небесной субстанции» («De substantia orbis») и другие работы по теологии, метафизике, логике, натурфилософии, математике, астрономии, филологии, грамматике, юриспруденции, политике, многие из которых сохранились только в еврейском или латинском вариантах.
Считая, что «учение Аристотеля есть высшая истина, потому что его понимание было пределом человеческого понимания (Aristotelis doctrina est summa veritas, quoniam ejus intellectus fuit finis humani intellectus)», что, будучи воплощением философии как таковой, оно не содержит в себе ошибок и не нуждается в каких-либо исправлениях и дополнениях («Аристотель есть начало всякой философии; можно расходиться только в толковании его слов и в следствиях, которые можно из них извлечь»), Аверроэс рассматривал себя не как самостоятельного мыслителя, но лишь как толкователя слов того, кто «был создан .и дан нам божественным Провидением, чтобы мы познали всё то, что можно познать (fuit creatus et datus nobis divina providentia, ut sciremus quidquid potest sciri)», кто «является как бы образцом, в котором природа хотела выразить тип высшего совершенства». Так, в предисловии своего комментария к «Физике» он пишет буквально следующее: «Автором этой книги является Аристотель, сын Никомаха, мудрейший из греков, основавший и закончивший логику, физику и метафизику. Я говорю, что он их основал, потому что все сочинения, написанные до него относительно этих наук, не стоят того, чтобы о них говорили; благодаря его трудам они потеряли всякое значение. Я говорю, что он их закончил, потому что никто из живших после него вплоть до нашего времени, т.е. почти в продолжение тысячи пятисот лет, не мог ничего ни прибавить к его сочинениям, ни найти в них хоть одной сколько-нибудь важной ошибки. Тот факт, что все это соединено в одном человеке, является чем-то непонятным и чудесным. Тот, кто одарен такими выдающимися качествами, заслуживает скорее название бога, нежели человека; вот почему древние называли его божественным». И еще: «Мы посылаем бесконечные похвалы Тому, Который предназначил этого человека, Аристотеля, к совершенству и Который поместил его на высшей ступени человеческого превосходства, которая никогда и никем не могла быть достигнута; его-то и имел в виду Аллах, когда говорил: “Наделит их Аллах, конечно, хорошим уделом” [Коран 22, 57-58]». Поэтому основной задачей, что ставил перед собой Аверроэс, является изложение подлинной мысли Аристотеля путем освобождения ее от - в основном неоплатонических по природе — искажений, внесенных предшествующими философами (в частности, Авиценной). Характерно, что Аверроэс был одним из первых, кто усомнился в аутентичности «Теологии Аристотеля» («Theologia Aristotelis»), являющейся в действительности выполненным в начале IX в. сирийским христианином из Эмесы аль- Химси частичным арабским переложением «Эннеад» Плотина с толкованиями на них Порфирия.
Согласно Аверроэсу, между религией, чей закон предписывает научаться истине, и философией, имеющей тот же, что и религия, предмет - умопостигаемое сущее (Бог и отделенные интеллигенции) — в конечном счете нет никакого противоречия: «они спутники по природе, друзья по сущности и врожденному предрасположению». Различаются религия и философия лишь способом восприятия единой истины, явленной в Коране, чей текст обладает тремя уровнями постижения в соответствии с тремя видами интеллектуальной способности, присущими разным группам людей от рождения. Опираясь - как непосредственно, так и через логические трактаты аль-Фараби - на аристотелевскую классификацию умозаключений (силлогизмов), Аверроэс разделяет людей на: 1) аподиктиков (бурханийун), постигающих истину наиболее адекватным способом, т.е. путем обладающих абсолютной достоверностью логических доказательств, — это немногочисленные от природы философы, «лучший разряд людей»; 2) диалектиков (джадалийун), мыслящих с помощью лишь вероятностных доводов, — это богословы-мутакаллимы; 3) эристиков, или риториков (хитабийун), не имеющих никакого понятия о реальности, выходящей за пределы чувственно воспринимаемого, не стремящихся к знанию и потому довольствующихся обладающими лишь видимостью объяснения убеждающими аргументами, успокаивающими метафорами и традиционными воззрениями, - это толпа, основная масса людей. Коран отвечает всем трем разрядам: служа отправной точкой для философских размышлений, давая материал для богословских диспутов и, в своем буквальном толковании, предлагая верующим доступное им образно-аллегорическое выражение истины. Отсюда следует, во-первых, то, что в случае если «исследование, опирающееся на доказательства», вступает в противоречие с буквальным смыслом коранического текста, он подлежит символическому истолкованию; во-вторых, то, что, поскольку понимание истины философами выше, чем понимание ее богословами, первые подчиняются авторитету последних только в аспекте практических религиозных предписаний (мораль, право, обряды); в-третьих, то, что знание, доступное философам, не подлежит разглашению, ибо толпу, не способную к аподиктическим суждениям, оно «ввергает в неверие», что недопустимо, поскольку религия как «политическое искусство», налагающее путем богобоязненности «узду на людей из народа» и препятствующее им «губить друг друга и ссориться», необходима для нормальной жизнедеятельности общества. При этом теоретическую деятельность богословов, чьи рассуждения и сложны для толпы, и несостоятельны по меркам философии, вообще лучше бы было запретить, ибо она сеет в народе смуту, расколы и секты; еретиков же следует просто убивать («oportet interficere haereticos»). В соответствии с указанным делением общества Аверроэс - в комментарии к «Государству» Платона — выстраивает и социальную иерархию, в которой сословие производителей (крестьяне, ремесленники, торговцы) воспитывается путем риторических убеждений, сословие философов - путем аподиктических умозаключений, диалектические же речения исключаются из процесса воспитания.