Но несмотря на это очень многие минориты, в том числе и шестой генеральный министр Иоанн Пармский (1247-1257), видели в писаниях Иоахима Флорского предсказание о возникновении их ордена, основанного св. Франциском Ассизским в 1209/10 г.: «Случится, что один Орден сделается могущественным на земле, подобно Иосифу и Соломону, и даже подобно Тому, Кто Наречен пророками Отцом и Сыном людей, потому что в Нем и через Него и по Нему этот Орден получит свою славу и всеобщее уважение, и он покорит зверей [врагов Церкви] и всю землю. Если бы кто-нибудь спросил о святости этого народа, или Ордена, какова она будет, то на это указывает пророк Захария, когда говорит: “И я обращу руку Мою на малых (ad parvulos) [Зах. 13, 7], и они распространятся по всей земле, говорит Господь”» («Lib. de conc.»). Символом же ордена меньших братьев выступал при этом апокалиптический ангел с Вечным Евангелием (Откр. 14, 6), в то время как ангел с печатью Бога Живаго (Откр. 7, 2) символизировал основанный в 1215/16 г. св. Домиником орден Братьев-проповедников. Характерно, что Роджер Бэкон, Салимбене Пармский («XII scelera Friderici imperatoris», 1248) и многие другие францисканцы полагали, что Антихрист — это их современник Фридрих II Гогенштауфен («Stupor Mundi», 1220— 1250). Особую же популярность пропитанное мотивами хилиазма (милленаризма) учение Иоахима приобрело в среде тех, кто отверг принятое в 1260 г. на генеральном капитуле в Нарбоне официально кодифицированное францисканское законодательство — «Нарбонские конституции» («Constitutiones Narbonenses», 1260), составленные по инициативе и при непосредственном участии принципиального антииоахимита, седьмого генерального министра ордена и его почетного «второго основателя», св. Бонавентуры (1257—1274). Ими оказались такие последовательные обсерванты-спиритуалы, как Петр Иоанн Оливи («Postilla in Apocalypsim», или «Lectura super Apocalipsim», 1297), Убертин Казальский («Arbor vitae crucifixae Jesu Christi», 1305), Анджело Кларено («Chronicon seu Historia septem tribulationem Ordinis Minorum», 1325—1330) и др. Так, например, Петр Иоанн Оливи прослеживал жесткую аналогию между историей Христа и раннего христианства и историей св. Франциска и его ордена, а также полагал, что, поскольку Христос обладал двумя природами — божественной и человеческой, — в конце времен периоду гонения Антихриста на христианство как таковое должен предшествовать период гонений на подражателей жизни Христовой (т.е. на спиритуалов).
Что же касается представителей различных еретических течений, то они видели в иоахимизме удобное оправдание для пропагандируемого ими отвержения существующего социального порядка и церковных институтов; среди них: амальрикане, фратичелли, Герардо Сегарелли и апостолики (Ordo Apostolorum, 1260), Дольчино и дольчинисты, «братья свободного духа» (fratres spiritus libertatis) и др. Идеи калабрийского аббата оказали значительное воздействие как на дух новоевропейского политического мессианизма, в частности, через «трибуна свободы, мира и справедливости», «освободителя священной Римской республики», «рыцаря, кандидата Святого Духа, друга Вселенной» Колади Риенцо (1347, 1354), так и на идеологию радикально-реформационного экстремизма: например, на доктрину вождя мюнстерских анабаптистов Бернхарда Роттманна («О восстановлении [христианского учения, веры и жизни]»: «De restitutione», 1534). Под большим или меньшим влиянием иоахимизма находились также: Целестин V (1294), Франческо Петрарка, Джироламо Савонарола («De veritate prophetica dialogue», ок. 1498), Томас Мюнцер, Томмазо Кампанелла.
С другой стороны, триадология Иоахима Флорского косвенно повлияла на формирование просвещенческих учений об интеллектуальном прогрессе: от Дж. Вико («Основания новой науки об общей природе наций»: «Principj di una Scienza Nuova intorno alia natura delle nazioni», 1725) и Г.Э. Лессинга («Воспитание человеческого рода»: «Die Erziehung des Menschengeschlechts», 1780) до А. Сен-Симона и О. Конта. В XIX в. отголоски концепции Иоахима ощутимы также в характере философского осмысления исторического процесса, предложенного Б.Ф.К. Баадером и Г.В.Ф. Гегелем. Согласно Ф.В.Й. Шеллингу, Откровение Бога в истории, в том числе и в истории христианской Церкви, осуществляется через три последовательные фазы, олицетворяемые тремя апостолами: 1) Бог Отец — католичество - ап. Петр, 2) Бог Сын - протестантизм - ап. Павел, 3) Святой Дух — будущая единая и свободная Церковь — ап. Иоанн («Философия Откровения»: «Philosophie der Offenbarung», 1841 — 1846). В контексте же того варианта «христологического понимания мира», что был разработан А. Цешковским, тоже не случайно оперирующим такими понятиями, как «Святой Дух» и «Третье Царство», история опять-таки делится на три эпохи: 1) до Христа, когда Воля доминировала над Разумом, 2) от Христа до Гегеля, когда Разум доминировал над Волей, 3) начиная с Гегеля, когда Разум в лице идеалистической философии обретает сознание Воли Христовой, не являющейся более лишь «побочным следствием познавательно-теоретической деятельности», но обладающей собственной сущностью и провиденциальным смыслом («Пролегомены к историософии»: «Prolegomena zur Historiosophie», 1838; «Бог и палингенезия»: «Gott und Paligenesie», 1842; «Отче наш»: «Notre Реге», 1848). В дальнейшем на построения Иоахима опираются в своих размышлениях B.C. Соловьёв («Из философии истории», 1891), представители русского «нового религиозного сознания» Н.А. Бердяев («Философия свободы», 1911; «Смысл творчества. Опыт оправдания человека», 1916) и Д.С. Мережковский («Наполеон», 1929; «Данте», 1937; «Реформаторы», «Испанские мистики», 1941); ими вдохновляются У.Б. Йейтс и К.Г. Юнг; В.В. Кандинский неявно использует их для иллюстрации собственной теории развития искусства («О духовном в искусстве», 1911; «Ступени», 1913), а В. Хлебников — так же неявно - подражает методу Иоахима в своих исчислениях «законов времени» («Доски судьбы», 1914-1921).
Во второй половине XX в. дух иоахимизма отчетливо проявляется в историософских и социально-политических исканиях целого ряда католических авторов. Согласно М.-Д. Шеню, например, Церковь - как мистическое общение святых — исторически реализуется в сменяющих друг друга типах христианства, различие которых связано с изменяющимися историческими обстоятельствами, самими условиями человеческого существования (L’fivangile dans le temps): так, в ходе II Ватиканского собора (1962-1965) активно обсуждался выдвинутый им тезис о «конце Константиновской эры», т.е. того периода, когда христианство было связано с государственной властью, и начале новой фазы христианской истории, характеризуемой как «Церковь в состоянии миссии» («Слово Божье»: «La parole de Dieu», 1964). С другой стороны, П. де Лобье, как может показаться, разрабатывает своеобразный оптимистический вариант иоахимизма, когда, полагая своими единомышленниками Лактанция, Бонавентуру и Николая Кузанского, говорит о грядущем преображении человеческой цивилизации в «цивилизацию любви» (La civilisation de l’amour), в Царство Божие на земле (L’hosanna de l’histoire), которое осуществится уже в рамках мировой истории, еще прежде воцарения Антихриста («Время конца времен. Эссе на тему христианской эсхатологии»: «Le temps de la fin des temps. Essai sur l’eschatologie chretienne», 1994). При этом учение П. де Лобье отнюдь не является маргинальным, ибо в целом совпадает с чаяньями современных ему понтификов: так, Пий XII (1939-1958) провозгласил реальную возможность «новой жизни человечества в состоянии непрерывного прогресса, порядка и гармонии» («Новогоднее послание»,, 1957); Иоанн XXIII (1958—1963) подтвердил стремление к «новой, столь долгожданной Пятидесятнице, которая обогатит Церковь новыми силами...» и явит собою «новый скачок вперед в создании Царства Христова в мире» («Речь на закрытии Первой сессии II Ватиканского собора», 07.12.1962); Павел VI (1963— 1978) предвозвестил то, что «цивилизация любви восторжествует над горячкой беспощадных социальных битв и даст миру столь ожидаемое преображение человечества, окончательно христианского» («Рождественская речь», 25.12.1975); и наконец, Иоанн Павел II (1978—2005) заявил, что «цивилизация любви возможна, это не утопия. Но она возможна лишь благодаря постоянному и живому общению с Богом» («Послание семьям»: «Gratissimam sane», 1994).