По смерти Теобальда Иоанн Солсберийский служит секретарем у следующего архиепископа Кентерберийского - Фомы Бекета (1162-1170), как друг и советник поддерживая его в борьбе с Генрихом II Плантагенетом (1154—1189) за независимость Церкви от королевской власти. В результате этой борьбы Иоанн был изгнан во Францию (1163) ив 1164 г. прибыл в Париж, о котором отозвался более чем лестно: «Поистине, здесь пребывает Сам Господь, а я не знал о том (Vere Dominus est in loco isto, et ego nesciebam)»; затем он проживал в реймсском бенедиктинском монастыре Св. Ремигия (Сен-Реми) у его аббата Петра Целльского («De disciplina claustrali»). В указанном 1164 г., отвергнув предложенные королем «Кларендонские конституции» («Constitutiones Clarendonenses», 30.01.1164), существенно ограничивавшие церковные привилегии, за Иоанном последовал и Фома, который большую часть своего изгнания провел в цистерцианском аббатстве Понтиньи (Pontiniacum, Бургундия) близ Осера, основанном в 1114 г. Гуго Маконским (сподвижником аббата Сито Стефана Хардинга), впоследствии первым из цистерцианцев ставшим епископом (Осера в 1137 г.).
По примирении Генриха II и Фомы Бекета - в связи с необходимостью проведения коронации Генриха Молодого (1170—1183) архиепископом Кентерберийским (коронацию, проведенную архиепископом Йоркским, Святой престол признал нелегитимной) — Иоанн Солсберийский возвращается в ноябре 1170 г. вместе с Фомой в Англию и 29 декабря того же года становится свидетелем его убийства на алтарных ступенях основанного в 603 г. св. Августином Кентерберийским собора Св. Спасителя в Кентербери (Ecclesia Sancti Salvatoris Cantuariensis): желая угодить королю, четверо из его рыцарей восприняли буквально неосторожные — или же намеренные - слова, брошенные вновь рассерженным на Фому Генрихом II: «Неужели никто не избавит меня от этого мятежного попа?» (по другой версии: «Каких же ничтожных трусов и предателей я кормил и призрел в моем доме, что они позволяют подлому попу оскорблять их господина?»). 21 мая 1172 г. в Авранше отлученный Александром III (1159-1181) от Церкви Генрих II не только отрекся от «Кларендонских конституций», но и публично покаялся, поклявшись на Евангелии в том, что никогда не приказывал убить Фому Бекета и не желал его смерти; более того, он согласился тем не менее подвергнуться также прилюдному бичеванию. Иоанн же был занят сбором письменного наследия Фомы, активно добиваясь его канонизации, о которой Александр III объявил уже 21 февраля 1173 г. (12 июля 1174 г. босой Генрих II приходил к гробнице Фомы с новым покаянием). В июле 1176 г. Иоанн по приглашению французского короля Людовика VII Молодого (1137-1180) занимает епископскую кафедру в Шартре, а в марте 1179 г. участвует в Пі Латеранском соборе. По смерти Иоанна его на посту епископа Шартрского сменил Петр Целльский.
Широко образованный эрудит, глубокий знаток античной Литературной классики (Вергилия, Овидия, Ювенала, даже Петрония), горячий поклонник ораторского искусства Цицерона, Иоанн Солсберийский является одним из ярчайших выразителей гуманистических тенденций в западноевропейской мысли XII в. Знакомый почти со всеми выдающимися умами того времени, он сохранил в своих — отличающихся безупречной грамотностью языка и образцовым стилем — трудах точные и в целом беспристрастные суждения относительно их теолого-философских взглядов, не примыкая, однако, явно ни к одной из сторон в современных ему интеллектуальных дискуссиях. Из его сочинений, в число которых входят триста двадцать девять писем («Litterae»), «Житие св. Ансельма Кентерберийского» («Vita Sancti Anselmi archiepiscopi Cantuariensis»), «Житие св. Фомы Кентерберийского» («Vita Sancti Thomae archiepiscopi Cantuariensis»), элегическая поэма из тысячи восьмисот пятидесяти двух строк «Энтетик об основоположении философов», или «Энтетик Больший» («Entheticus de dogmate philosophorum», «Entheticus Major», 1155), «Энтетик Меньший» («Entheticus Minor») и нек. др., — особого внимания заслуживают посвященные Фоме Бекету «Металогик» («Metalogicon», или «Metalogion», «Metalogicus», 1159), в четырех книгах которого рассматривается содержание и обосновывается необходимость изучения тривиума, и «Поликратик, или О забавах придворных и заветах философов» («Polycraticus seu De nugis curialium et vestigiis philosophorum», 1159), социально-политический трактат в восьми книгах.
Следуя «ученому оратору (doctus orator)» Цицерону («De oratore»), Иоанн Солсберийский, так же как в V в. Марциан Капелла («Satyricon sive De nuptiis Philologiae et Mercurii libri novem»), полагает в I книге «Металогика», что без мудрости (sapientia) нет красноречия (eloquentia), ибо последнее есть результат, к коему ведет только «сладостное и плодоносное супружество разума и слова (dulcis et fructuosa conjugatio rationis et verbi)». Потому «как красноречие не просто безрассудно, но и слепо, если [его] не просвещает разум, так и мудрость, которая не умеет пользоваться словом, не просто слабосильна, но в некотором роде увечна (sicut enim eloquentia, non modo temeraria est, sed etiam caeca, quam ratio non illustrat, sic et sapientia, quae usu verbi non proficit, non modo debilis est, sed quodam modo manca)». Всегда чутко относившийся k чистоте языка и питавший резкое отвращение к лингвистическим варваризмам, Иоанн — в рамках культивировавшейся в Шартрской школе традиции рассмотрения проблемы соотношения имен и вещей (voces et res) — выступает как убежденный сторонник грамматического образования, ибо оно, по его мнению, является основой всякого дальнейшего исследования: грамматика есть «колыбель всей философии (totius philosophiae cunabulum)» («Metalog.», I, 13). В этом он особенно близок идеям «совершеннейшего среди платоников нашего века (perfectissimus inter Platonicos seculi nostri)» — Бернарда Шартрского, который, по сообщению самого Иоанна («Metalog.», III, 4), определяя отношение между «древними» (antiqui) и своими современниками (moderni), «говаривал, что мы подобны карликам, сидящим на плечах гигантов, так что мы можем видеть больше и дальше, чем они, однако не благодаря остроте собственного зрения или высоте тела, но в силу того, что мы поддерживаемы и возносимы ввысь [их] гигантской огромностью»: «Dicebat Bernardus Carnotensis nos esse quasi nanos, gigantium humeris insidentes, ut possimus plura eis et remotiora videre, non utique proprii visus acumine, aut eminentia corporis, sed quia in altum subvenimur et extollimur magnitudine gigantea». Позднее данное изречение, навеянное, вероятно, образом Цедалиона, восседающего на плечах ослепленного великана Ориона и подсказывающего ему путь к восходу солнца, будет повторено большим числом европейских интеллектуалов: Петром из Или (Петром Гелием), Петром Блуаским, Аланом Лилльским, Александром Неккамом, Анри де Мондевилем (автором трактата «Хирургия»: «Chirurgie», 1306—1320), Исааком Ньютоном и др.
Что же касается диалектики, искусства «говорения и рассуждения» (loquendi et disserendi), то она также является необходимой инструментальной дисциплиной, знание которой должно предшествовать размышлению над любым философским, как, впрочем, и богословским, вопросом: без логики «философского Вергилия» Аристотеля (особенно без обеих его «Аналитик» и «Топики») невозможно никакое правильное суждение («sine ео non disputatur arte sed casu»). Характерно, что именно Иоанн Солсберийский был одним из первых в Средние века, кто — со ссылкой на авторитет видного переводчика с греческого Бургундия Пизанского — утверждал, что «Аристотель, который превосходил почти всех философов почти во всем, стяжал по праву нарицательное имя Философа». При этом логика (диалектика), незаменимая в качестве орудия, сама по себе бесполезна, подобно «мечу Геркулеса в руке пигмея»: «Если диалектика облегчает изучение других наук, то, оставшись наедине с собой, она становится бессильной и бесплодной. Ибо, если нужно оплодотворить душу для того, чтобы принести плоды философии, она Должна зачать извне» («Metalog.», II, 10). Тех современных ему Диалектиков, которые рассматривали свой предмет как самодостаточное универсальное средство разрешения всех вопросов бытия, проявляя при этом скорее страсть к «словесной мешанине» (sartago loquendi), но никак не разумную «склонность к молчанию» (libido tacendi), однако в то время не могли, по словам Иоанна, определить, ведет ли свинью на базар рука человека или веревка, которую держит та же рука, он насмешливо именовал «корнифициями» (cornificii): или называя их «рогопроизводителями» за злоупотребление в дискуссиях условно-разделительными («рогатыми») силлогизмами, или намекая на римского поэта, оратора и государственного деятеля Корнифиция, о котором как о притеснителе Вергилия упоминается у Элия Доната («Жизнь Вергилия»: «Vita Vergilii», IV в.) и который, впрочем, ныне рассматривается также как наиболее вероятный автор сочинения «Риторика к Гереннию» («Rhetorica ad Herennium», или «Ad С. Herennium de ratione dicendi», 86—82 до P.X.), долгое время включавшегося в корпус трудов Цицерона, пока в конце XV в. это не было, наконец, на основании критического анализа текста опровергнуто венецианским гуманистом Рафаэлем Регием.
