К письменному наследию Иоанна Пеккама относятся, прежде всего, толкования на тексты Священного Писания: «Собрание божественных изречений из библейских книг» («Collectarium divinarum sententiarum Librorum Biblicorum», или «Collectorium Sacrae Bibliae», «Collectanea sententiarum Divinae Scripturae»), «Послесловие к Евангелию от Луки» («Postilla in Lucam»), «Послесловие к Евангелию от Иоанна» («Postilla in Ioannem», или «Commentarius in Evangelium Johannis»); далее следуют богословские труды: «Служение Пресвятой Троице» («Officium SS. Trinitatis», или «Liber de Sacrosancta et Superbenedicta Trinitate», «Historia de Trinitate»), «Псалтерий блаженной Девы Марии» («Psalterium Beatae Mariae Virginis»), «Об иудейском законе» («De regimine Judeorum»), «Зерцало христианина» («Speculum Cristiani»), «Иерархия» («Jerarchie»), «Проповеди» («Sermones»), а также «Planctus Almae Matris Ecclesiae», «Deploratio humanae miseriae», «Exhortatio Christianorum contra gentem Mahometi», «Deploratio hominis in extremo» (1269-1271); к ним примыкают работы, посвященные церковно-монашеской жизни: «Толкование Устава братьев-миноритов» («Expositio super Regulam Fratrum Minorum»), a также «De perfectione status religionis excerpt a», «Ignorantia sacerdotum». Среди философских сочинений Иоанна выделяются комментарии к Аристотелю («Scriptum super Ethicam») и Петру Ломбардскому («Commentarius in Sententias Petri Lombardi»), «Сумма о бытии и сущности» («Summa de esse et essentia»), «Трактат о душе» («Tractatus de anima»), «Кводлибеты» («Quodlibeta quatuor», 1270—1279; «Quodlibet Romanum», 1277—1278; «Quodlibet de natale: Utrum in Christo sint plures filiationes?»), «Вопросы, трактующие о душе» («Quaestiones tractantes de anima», включая «Вопросы о блаженстве тела и души»: «Questiones de beatitudine corporis et animae»), «Спорные вопросы о Самой Премудрости Божьей» («Quaestiones disputatae de Ipsa Dei Sapientia»), «Спорные вопросы о вечности мира» («Questiones disputatae de aeternitate mundi»), a также «Quaestio utrum liceat inducere pueros, doli capaces, ad obligandum se religioni voto juramento aut etiam adholescentes?», «Quaestio utrum verbum immediacius offerat se intellectui?» и др.
Кроме того, Иоанн Пеккам является автором ряда религиозных гимнов («Versus de sacramento altaris», «Meditatio de Sacramento altaris seu Rythmus de corpore Christi», «De deliciis Virginis gloriosae») и лирических размышлений о семи литургических часах под названием «Филомена» («Philomena»): «Приблизься, о Святая Троица, / Равная по великолепию, единая по Божественности; / Начало всего сущего, / Не имеющее конца (Adesto, Sancta Trinitas, / Par splendor, una Deitas, / Qui exstas rerum omnium / Sine fine principium)». К этому можно добавить, что перу Иоанна, помимо атрибутируемых семисот двадцати писем («Registrum epistolarum»), приписывается еще целый ряд произведений: «Theorica planetarum», «Perspective particularis», «Tractatus de animalibus», «Paradisus animae», «Liber de statu saeculi», «Quaestio de radice Constantiae», а также «Житие св. Антония Падуанского» («Vita Sancti Antonii Patavini», 1274/79), составленное по заказу восьмого генерала францисканского ордена Джироламо Маши д’Асколи (1274 - 1279), будущего папы Николая IV (1288-1292).
Вдохновленный своим учителем Бонавентурой, Иоанн Пеккам становится наряду с Вальтером из Брюгге («Questiones disputatae») и др. - одним из самых последовательных представителей его школы, старавшимся противостоять растущему влиянию аристотелизма (как в аверроистской, так и томистской его интерпретации) путем возвращения к наследию св. Августина; при этом теолого-философские взгляды Иоанна оказали, в свою очередь, прямое влияние на формирование мировоззрения Матфея из Акваспарты, Роджера Марстона и Виталя дю Фур. Не отвергая греко-арабскую мысль как таковую и, в частности, систематически употребляя аристотелевскую терминологию, он использует лишь те идеи нехристианских авторов, что могут быть согласованы с августинистской доктриной: «Мы ни в коем случае не осуждаем изучение философии, поскольку оно служит постижению теологических тайн, но мы осуждаем мирские языковые новшества, вводимые на протяжении двадцати лет при рассмотрении глубоких теологических вопросов; эти новшества противоречат философской истине и наносят ущерб Святым Отцам, к чьим позициям относятся с пренебрежением и даже с явным презрением» («Письмо к епископу Линкольна»: «Epistola ad episcopum Lincolniensem», data die 1. lunii a. 1285). Потому обличая исключительно философию «новую, почти полностью противоречащую (novella, quasi tota contraria)» идеям св. Августина, Иоанн полагал, что - в сравнении с нею — опирающееся на проповедь св. Франциска учение францисканцев-августинистов (Александра Гэльского, Бонавентуры и др.) является более здравым и прочным.
Характерно, что противопоставляя августинизм (христианский платонизм) и томизм (христианский аристотелизм), Иоанн Пеккам одновременно противопоставлял и два ордена монахов-мендикантов — францисканский, традиционно, пусть и с некоторыми оговорками, придерживавшийся августинизма, и доминиканский, в 1278/79 г. провозгласивший томизм своей официальной доктриной; таким образом, общими положениями в учениях двух нищенствующих орденов являются, согласно Иоанну, лишь основания христианской веры. «Мы это пишем Вам, святой Отец, для того, чтобы, если кое-что из этого дошло до слуха Вашей Премудрости, Вы узнали непреложную истину того, что случилось. И чтобы пресвятая Римская Церковь соблаговолила обратить внимание на то, что, коль скоро учение двух Орденов (т.е. францисканцев и доминиканцев) относительно всех сомнительных вопросов ныне почти целиком ей противоречит, а доктрина второго из них (т.е. доминиканцев), отбрасывая и отчасти подвергая глумлению речения Святых, почти всецело опирается на философские учения, дабы дом Божий наполнился идолами и предсказанной Апостолом болезнью спорных вопросов, - то сколькие же напасти, возможно, угрожают от этого Церкви в будущие времена! (Hoc idcirco vobis scribimus, Sancte Pater, ut si forsan aliqua de hac materia insonuerint sapiente vestre auribus, facti noveritis infallibilem veritatem, et ut Sacrosancta Romana Ecclesia attendere dignaretur, quod cum doctrina duorum 9rdinum (sc. S. Francisci et S. Domininici) in omnibus dubitabilibus sibi pene penitus hodie adversetur, cumque doctrina alterius eorundem (sc. S. Dominici), abjectis et ex parte vilipensis Sanctorum sententiis, philosophicis dogmatibus quasi totaliter innitatur, ut plena sit ydolis domus Dei et langore, quern predixit Apostolus, pugnantium questio- num: quantum inde futuris temporibus poterit Ecclesiae periculuni imminere)» (Ibid.). Более того, в ситуации выбора между философскими мнениями мусульманина Авиценны (Ибн Сины) и доминиканца Фомы Аквинского он в целом ряде случаев предпочел бы суждение первого: «Лучше поступил Авиценна, полагавший деятельный интеллект отделенной интеллигенцией, нежели те, кто полагают его только частью души (Meliut posuit Avicenna, qui posuit intellectum agentem esse intelligentiam separatam, quam illi ponunt, qui ponunt eum tantum partem animae)».
Посему не удивительно, что 29 октября 1284 г. Иоанн Пеккам подтвердил запрет от 18 марта 1277 г. архиепископа Кентерберийского доминиканца Роберта Килвардби (1273-1278) на обсуждение в процессе преподавания в Оксфордском университете шестнадцати «грамматических, логических и физических тезисов», который, в свою очередь, последовал за знаменитыми парижскими запретами (1210 и 1215 гг.) книг Аристотеля и осуждениями (1270 и 1277 гг.) взглядов его последователей - как так называемых латинских аверроистов, отчасти находившихся под влиянием интерпретаций перипатетического учения, предложенных Аверроэсом (Ибн Рушдом), так и томистов. В 1277/78 г. выходит в свет сочинение английского францисканца Уильяма де Ла Мар «Исправление брата Фомы» («Correctorium fratris Thomae»), содержащее критику ста семнадцати томистских положений; а в 1282 г. руководство францисканского ордена одобряет данную работу и предписывает своим братьям не изучать труды Фомы Аквинского без одновременного изучения «Исправления...» Уильяма. В ответ на это, с целью защиты теолого-философской доктрины Фомы, — наряду с сочинением «Исправление искажения “Circa”» («Correctorium corruptorii “Circa”», ок. 1285) французского доминиканца Иоанна Парижского — в то же время появляется аналогичная работа «Исправление искажения “Quare”» («Correctorium corruptorii “Quare”»), или «Против искажения брата Фомы» («Contra corruptotii fratris Thomae»), английского доминиканца Ричарда Кнэпвелла, автора трактата «Спорный вопрос о единстве формы» («Quaestio disputata de unitate formae». ок. 1285). 30 апреля 1286 г. тезисы Ричарда были анафемствованы Иоанном как еретические; тот отправился к Римскому престолу за оправданием, но Николай IV — только что избранный первый папа-францисканец — ничего ему не ответил (1288).
