Лишенный сочувствия своим начинаниям со стороны орденского начальства и оставшись без финансирования со стороны родни, Роджер Бэкон, решив действовать самостоятельно, приезжает в 1264/65 г. в Париж, где пытается связаться с Ги де Фуке - бывшим юристом и секретарем Людовика IX Святого (1226— 1270), ставшим в 1261 г. кардинал-епископом Сабины и Поджо Миртето (cardinalis episcopus Sabinensis et Mandelensis); поскольку в 1262-1264 гг. он являлся также папским легатом в Англии, вполне вероятно, что Роджер был с ним уже знаком. Через человека из свиты кардинала он передал ему некое «предложение»; тот им заинтересовался, однако вместо того чтобы дать денег, попросил изложить предлагаемые ему идеи в письменном виде. Когда же 5 февраля 1265 г. Ги де Фуке стал римским папой Климентом IV (1265—1268), Роджер вновь обратился к нему с посланием («Epistula ad papam Clementem IV») и 22 июня 1266 г. тот опять захотел увидеть «как можно скорее, не откладывая... то сочинение, которое» он, «будучи в прежнем чине», просил «передать возлюбленному сыну Раймону Ланскому» (своему приближенному). В ответ Роджер отсылает папе в 1268 г. «Большее сочинение», а затем, возможно, также «Меньшее сочинение», но ввиду скорой смерти Климента IV (29.11.1268) остается неизвестным, смог ли он ознакомиться с полученным материалом. Что же касается отношений Роджера с собратьями по ордену, то они, судя по всему, были совершенно невыносимыми даже в стенах его родного монастыря: так, он жалуется, что не может заниматься тем, чем хочет, поскольку настоятели ежедневно заставляют выполнять его другие дела («affuit enim instantia prelatorum meorum cotidianta ut aliis occupationibus oboedirem et ideo non potui aggredi qua volebam») и, добиваясь подчинения своей воле, жестоко его притесняют («instabant ineffabili violentia ut cum aliis eorum voluntati oboedirem»): «Мои настоятели и братья, подвергая меня наказанию голодом, держали меня под строгой охраной и не дозволяли никому прийти ко мне из опасения, что мои писания станут известны кому-либо кроме папы и их самих» («Третье сочинение»).
Наконец, дело дошло до того, что, согласно «Хронике двадцати четырех Генералов Ордена Братьев Миноритов» («Chronica XXIV Generalium Ordinis Fratrum Minorum», 1369-1374), которую, предположительно, составил францисканец Арно де Саран, ок. 1278 г. восьмой генерал францисканского ордена Джироламо Маши д’Асколи (1274-1279), будущий папа Николай IV (1288— 1292), «по совету многих братьев» осудил Роджера Бэкона за некие «подозрительные новшества» и приговорил к тюремному заключению. Однако причины подобного решения не вполне ясны; в качестве возможных их вариантов называются: обвинение Роджера в занятиях черной магией, близость его взглядов к идеям спиритуалов-иоахимитов (последователей Иоахима Флорского), распространение на него анафемствования двухсот девятнадцати аверроистских тезисов, оглашенного 7 марта 1277 г. парижским епископом Стефаном (Этьеном) Тампье, да и просто его несдержанность в высказываниях относительно некоторых авторитетных современников. Освобожденный к 1292 г., Роджер вскоре скончался и — по преданию - был похоронен в оксфордской францисканской церкви.
Из трудов Роджера Бэкона особое значение имеет вышеупомянутое «Большее сочинение» («Opus majus», 1266—1268), представляющее собою универсальную энциклопедию знаний, собранных и систематизированных с целью послужить во благо Укрепления и распространения христианской веры; при этом любая из частных наук, будучи изолированной от других, не обладает никакой самостоятельной ценностью и уподобляется «выданному глазу» (oculus erutus). Будучи фактически компиляцией из ряда предшествующих ей трактатов Роджера, данная работа отличается определенной сумбурностью в изложении материала и порою в недостаточной его проработке, что связано, прежде всего, с крайней поспешностью автора в составлении столь необходимого для него ответа на процитированный выше запрос Климента IV. К «Большему сочинению» примыкает дополняющее и комментирующее его «Меньшее сочинение» («Opus minus», 1267—1268), а также сильно сокращенный вариант первого - «Третье сочинение» («Opus tertium», 1267—1268). При этом данные работы сами, в свою очередь, могут рассматриваться как подготовительный материал для задуманного Роджером, но так им и не написанного всеобъемлющего по размаху «Главного сочинения» («Opus principale», или «Scriptum principale»).
К самым же ранним, написанным в 1240-е годы, трудам Роджера Бэкона относятся вопросы и комментарии к таким произведениям Аристотеля, как «Физика» («Quaestiones supra libros Physicorum»), «Метафизика» («Quaestiones supra libros Primae philosophiae»), «О Небе» («Commentarium supra librum De coelo et mundo»). «О возникновении и уничтожении» («Commentarium supra librum De generatione et corruptione»), «О душе» («Commentarium supra librum De anima»), «О животных» («Commentarium supra XVIII libros De animalibus»), «Об ощущении и ощущаемом» («Commentarium supra librum De sensu et sensate»), «О сне и бодрствовании» («Commentarium supra librum De somno et vigilia»). В те же годы он написал «Грамматическую сумму» («Summa grammatica»). «Сумму о софизмах и опровержениях» («Summa de sophismatibus et destructionibus») и, возможно, «Малые диалектические суммы» («Summulae dialectices»), состоящие из трактатов «О термине» («De termino»), «О высказывании» («De enuntiatione») и «Об аргументации» («De argumentatione»). Тогда же им были составлены вопросы на псевдо-аристотелевское произведение «О растениях» («Quaestiones supra librum De plantis»), принадлежащее перу Николая Дамасского, и на «Книгу о причинах» («Quaestiones supra librum De causis»), чье авторство также приписывалось в то время Аристотелю.
Характерно, что позднее, в 1250-1270-е годы, Роджер Бэкон написал глоссы («Glossae supra librum Secretum secretorum») и введение («Introductio ad librum Secretum secretorum») еще к одному псевдоаристотелевскому сочинению, а именно - к арабской по происхождению книге «Тайная тайных» («Kitab sirr al-asrar», лат. «Secretum secretorum», X в.), восходящей, по всей вероятности, к одноименному сочинению персидского ученого Разеса (Абубатера, Абу Бакра ар-Рази: «Sirr al-Asrar») и представляющей собою дидактико-естественно-научный энциклопедический трактат (по этике, политике, физиогномике, астрологии, алхимии, медицине и др.), переведенный на латинский язьік ок. 1120 г. Иоанном Севильским (Иоанном из Луны), а ок. 1232 г. — Филиппом из Триполи. Причем трактат этот имеет вид письма, якобы отправленного Аристотелем в адрес его ученика, Александра Великого (336-323 до Р.Х.), в то время как тот совершал свой поход в Персию (330 до Р.Х.); представление же о его стиле и содержании может дать следующий отрывок: «О, Александр, я желаю показать тебе величайшую тайну тайн, и пусть божественное могущество поможет тебе в сокрытии тайны и в нахождении искомого. Итак, прими камень, который не есть камень и существует в любом человеке, и в любом месте, и в любом времени; и он называется яйцом философов и пределом яйца (О Alexander, volo tibi ostendere secretorum secretum maximum, et divina potentia iuvet te ad celandum arcanum, et ad faciendum propositum. Accipe igitur lapidem qui non est lapis, et est in quolibet homine, et in quolibet loco, et in quolibet tempore; et vocatur ovum philosophorum, et terminus ovi)». При этом, комментируя «Тайную тайных», Роджер не сомневается в том, что Аристотель действительно полагал, что «следует почитать Бога единого и троичного, прославившегося в Своем творении. Сама природа вещей подсказывает число “три”, ибо все совершенное мы воспринимаем через начало, середину и завершение. Отец — начало, Сын — середина, Святой Дух - конец. Он не говорит об Отце, Сыне и Духе Святом, но он Их имел в виду, надо полагать, согласно его вере, потому что он трижды молился и, следуя своей религии, совершал тройное жертвоприношение в честь Троицы. Платон, если верить святым, имел в виду Отца и разум Отца, объясняя Их взаимную любовь; Аристотель же, его ученик и последователь в истине, достиг большего и сильнее верил в Троицу».
