Русские владения на Каме подвергались набегам татар и вогулов в 1505, 1521, 1531, 1535, 1539, 1540, 1546, 1547 годах, причем это были полномасштабные военные акции с осадами крепостей, в том числе и самой Чердыни. В тоже время, основные усилия Ивана IV на востоке в этот период были направлены против Казанского ханства, поэтому вогулы и сибирцы ответных ударов практически не получали.
Наконец, в 1552 г. Казань пала. Рука Москвы теперь простерлась и в направлении Среднего и Южного Урала, вплоть до бассейнов рек Белая, Уфа и Яик. В 1554—1557 гг. свою вассальную зависимость от московского царя признали башкирские племена, кочевавшие в Западном Приуралье. Более того, в 1555 г. новый сибирский хан Едигер также признал себя московским вассалом. Вассалитет был, конечно, чисто номинальный, но на восточных границах Московии на целых 30 лет воцарился мир.
В 70-х гг. XVI века военно-политическая обстановка на Урале вновь осложнилась. Кучум, захвативший в 1563 г. власть в Сибирском ханстве, к 1571 г. почувствовал себя настолько сильным, что порвал вассальную зависимость от Москвы. Эту смену внешнеполитического курса сразу почувствовало на себе русское население Прикамья. Уже в 1572 г. последовал набег пелымского князя Бегбелия Агтакова, сопровождаемый выступлением вогулов, живших на Чусовой и Каме. Русским и пермским поселкам на Каме, Сылве и Чусовой был нанесен значительный ущерб, и уже в 1573 г. Строгановы предприняли карательную акцию против вогулов, живших на Чусовой. В ответ, в том же году, из-за Уральского хребта в Прикамье вторгся племянник Кучума Маметкул. Вслед за этим всплеском боевой активности, в 1575—1579 гг. на Каме наступило относительное затишье, использованное Строгановыми для накапливания сил.
Одновременно с этим, на юге, в пределах Башкирии продолжалось продвижение в Южное Предуралье. В 1574 г. были заложены Бирская и Уфимская крепости. Ввиду «особых отношений» между Москвой и Башкирией, заложенных еще договорами Ивана Грозного, крепости эти были скорее представительствами центральной власти, нежели реальной у грозой башкирскому суверенитету; но к концу XVI века это были самые юго-восточные крепости России.
1580 г. ознаменовался новым вторжением пелымского князя Бегбелия Агтакова во владения Строгановых. Не сумев взять основные укрепления, Бегбелий сжег и разграбил ряд поселков на Чусовой и Сылве, но затем, согласно Строгановской летописи, был разбит и попал в плен[77]. Вероятно, что экспедиция Ермака должна была стать ответной акцией против сибирцев, вряд ли Строгановы планировали покорить Сибирское ханство войском в 1650 человек с тремя пушками[78]. Но так или иначе, огромная территория оказалась присоединенной к России буквально за пару лет. Уже весной 1587 г. в Тюменский острог прибыл первый сибирский воевода Д.Чулков.
Таким образом, северо-восточная граница России передвинулась на сотни километров, в то время как южнее Тюмени образовалась своеобразная «ничейная земля», ранее принадлежавшая сибирскому хану. Здесь кочевали остатки сибирских татар, и сюда же постепенно начиналось продвижение башкир.
Конец XVI и начало XVII веков ознаменовались борьбой Кучума и «кучумовичей» против русской колонизации Зауралья. Уже в 1590 г. Кучум подступил к вновь построенной Тобольской крепости, но на штурм так и не решился, а в 1591 г. тобольский воевода В.В. Кольцов-Массальский нанес ответный удар по ставке Кучума на реке Ишим[79]. В 1593 г. в результате похода П. Горчакова и Н.В. Траханиотова было окончательно уничтожено Пелымское княжество вогулов, а в устье Пелыма поставлен Пелымский острог с гарнизоном в 200 человек[80]. В том же году были поставлены Обдорский и Березовский остроги. Уже в следующем, 1594 году, было разгромлено Кондинское княжество.
В 1596 г. Артемий Бабинов открыл свой знаменитый короткий путь в Сибирь, вдоль которого началось постепенное возведение крепостей. В 1598 г. на Троицком камне над Турой был поставлен будущий Верхотурский острог, а в 1600 г. в устье реки Елынки - Туринский острог[81].
В том же, 1600 г., остяки разгромили Мангазейскую экспедицию князя Шаховского, а в 1605 г. восстали вогулы на р. Ляпин, фактически восстановившие свою независимость, однако не сумевшие овладеть Березовским острогом. В 1607 г. к ляпинцам примкнул обдорский князь остяков Василий, но объединенная рать остяков и вогулов была разбита[82]. Кроме того, превентивными мерами были сорваны выступления вогулов в 1609 и 1612 гг.
Большой проблемой оставались кучумовичи, кочевавшие между Ишимом и Иртышом, и принимавшие к себе всех недовольных властью Москвы. Так, в 1600 г. у оз. Чебаркуль сыновья Кучума приняли 250 беглых татар и башкир[83], летом 1603 г. к сыну Кучума - Алею присоединился ногайский мурза Урус с семью сотнями татар и башкир[84], наконец, в 1606 г. на Иртыше появились перекочевывающие на запад калмыки[85], быстро нашедшие общий язык с сибирскими татарами.
Результат не заставил себя ждать, уже в мае 1607 г. сибирские татары и калмыки совершили набег на Тюменский уезд, боевые действия с переменным успехом продолжались все лето, а затем продолжились летом 1608 г. В 1610 г. калмыки напали на башкирские улусы в долине Миасса, а затем продолжили грабеж по Исети[86]. В 1613 г. тюменским воеводам удалось нанести калмыкам поражение, но затишье на Урале наступило буквально на пару лет.
Уже зимой 1615—1616 гг. в бассейне Камы вспыхнуло восстание башкир, татар, чувашей и удмуртов, которые осадили Осу и Сарапул. Не успели справиться с этим выступлением, как на следующий год сын Кучума - Ишим совместно с калмыками разорил восточную часть Уфимского уезда[87]. Ответный удар в Приишимские степи последовал из Тобольска в 1618 г., татары затихли на три года, но уже осенью 1621 г. калмыки с берегов Тобола совершили набег на Тамьянскую волость Уфимского уезда[88].
Следующие семь лет прошли в мелких пограничных стычках, а очередной всплеск боевой активности пришелся на 1628—1629 и 1632-1636 гг., причем 11 ноября 1634 г. калмыки решились даже на осаду Тюмени, не добившись, правда, каких-либо успехов[89]. Мирная передышка составила пять лет, а затем в 1640— 1641, 1645, 1648-1649, 1651 гг. на Урале вновь лилась кровь, причем в 1649 и 1651 гг. татары и калмыки дважды сожгли Далматовский монастырь[90].
Таким образом, из первых 50 лет XVII века на Урале мирными были лишь 26 лет, во все остальные годы в том или ином районе Уральского региона велись боевые действия, причем речь идет о больших военных походах со сражениями и осадами крепостей. Мелких пограничных набегов и стычек было неизмеримо больше, но не все они попали в исторические документы и летописи.
Во второй половине XVII в. Кучумовичи постепенно сходят с исторической сцены, калмыки продвигаются из Южного Зауралья в прикаспийские степи, а русская часть Урала отгораживается крепостными линиями, тянущимися от Камы до Ишима и Тобола. Создаются предпосылки для мирного развития региона, но здесь начинается череда башкирских восстаний, связанная с постепенным укреплением позиций центральной власти на южноуральской окраине. Москва представляла себе договор 1554 г. как добровольное вхождение Башкирии в состав Русского государства, башкиры же считали свои отношения с русским царем не более чем номинальным вассалитетом. Пока в Центральной России разыгрывалась драма Смутного времени, пока на восточные границы накатывались калмыки и остатки сибирских татар, власти не лезли во внутренние дела башкир, и башкирские тарханы действительно чувствовали себя не более чем вассалами «белого царя», проводя вполне самостоятельную внутреннюю, а порой и внешнюю политику. Однако во второй половине XVII века Москва постепенно начинает прибирать башкир к рукам, считая, что они такие же подданные, как приволжские татары или чуваши.