Утвержденным Постановлением Совета народных комиссаров №590 от 18 июля 1918 года вышло положение о народном комиссариате здравоохранения. Положением, в частности, было определено, что Наркомздрав является центральным медицинским органом, который руководит всем медико-санитарным делом в РСФСР. В его задачи в области медико-санитарного дела входили: законодательная работа, контроль за применением принятых норм, содействие всем учреждением Республики в осуществлении медико-санитарных задач, организация и заведование центральными медико-санитарными учреждениями научного и практического характера, финансовый контроль и содействие. Структура Комиссариата состояла из отделов: военно-санитарного, гражданской медицины, страховой медицины, школьно-санитарного и путей сообщения. Для разработки научно-практических вопросов при Наркомздраве образован Ученый медицинский Совет и Центральный Медико-санитарный Совет, при участии представителей рабочих организаций, как совещательный орган. В октябре 1919 года Врачебно-санитарный отдел был переименован в Городской отдел здравоохранения Московского Совета рабочих и красноармейских депутатов, который возглавил В. А. Обух. Таким образом, Солдатенковская больница была подчинена Мосздравотделу Московского Совета рабочих и красноармейских депутатов (М.С.Р. и К.Д.), который в свою очередь подчинялся решениям Наркомздрава РСФСР.

Через пять месяцев работы комиссариата стало очевидным, что для выполнения задач, поставленных перед Наркомздравом, катастрофически не хватает медицинского персонала, поскольку из-за невыносимых условий люди были вынуждены увольняться из больниц в поисках заработка, способного их прокормить. В связи ликвидацией института ассистентов больных стали обслуживать только старшие врачи, ординаторы и нештатные экстерны (См.: МФ. А. А. Ремизов. Очерк [по истории Боткинской больницы]: рукопись. Л. 12). Нехватку медицинского персонала не мог разрешить ранее вышедший приказ Наркомата по военным делам «О прекращении призыва на военно-санитарную службу лиц санитарного персонала и об именовании зауряд-военных врачей и зауряд-военных фармацевтов по их ученым степеням» от 23 января 1918 г. Постановление Наркомздрава РСФСР от 20 декабря 1918 года «О трудовой повинности медицинского персонала», не состоящего на государственной службе, стала попыткой удержать медицинский персонал от бегства и обязать медицинские кадры отрабатывать трудовую повинность в медицинских учреждениях Москвы. В Солдатенковскую больницу одними из тех, кого заставили работать сестрами милосердия были: Ретюнская Людмила Николаевна 1896 года рождения, из дворян, окончившая 1 Московский государственный университет (работала с 01 февраля по 04 мая 1919); Александровская Лидия Абрамовна – «медичка» 4 курса Московского университета (работала с 04 по 26 мая 1919), Ровдель Вера Григорьевна – «курсистка» 3 курса «Университета (работала с 16 марта по 27 мая 1919 г) (См. Ф.918. Оп.1 лс. Д. 27. Л. 12).

За день до выхода Постановления 18 июля 1918 года в Тобольске была расстреляна царская семья, а также их лечащий врач Е. С. Боткин, сын Сергея Петровича Боткина, в честь которого будет впоследствии переименована Солдатенковская больница.

Несмотря на то, что расстрелы неугодных большевикам начались еще в конце 1917 года, началом «красного» террора послужило покушение на жизнь В. И. Ленина 31 августа 1918 года на заводе Михельсона в Москве. После официального объявления Постановлением СНК РСФСР от 5 сентября 1918 г. красного террора, угроза нависла над каждым жителем страны, не сочувствующим новой власти. Первыми жертвами большевистского террора пали содержащиеся в бутырской тюрьме царские министры Н. А. Маклаков, И. Г. Щегловитов, А. Н. Хвостов, директор департамента полиции С. П. Белецкий и протоиерей Иоанн Восторгов. Приговор исполнили в Петровском парке. На кладбище, где хоронили жертв Первой мировой войны, в том числе умерших в палатах Солдатенковской больницы, располагавшееся (в настоящее время это парк вдоль Новопесчаной улицы недалеко от метро «Сокол»), стали хоронить и расстрелянных большевиками узников Бутырской, Лефортовской и Лубянской тюрем. Москва стала одним из основных центров террора. Расстреливали молодых и стариков, женщин и детей. Расстреливали за происхождение, за взгляды, за вероисповедание, за классовую или социальную принадлежность, а также просто как заложника или вовсе без причины. Расстрелы организовывались в том числе недалеко от Солдатенковской больницы: в упомянутом Петровском парке и на Ходынском поле. Редко кому из приговоренных к смертной казни удавалось остаться в живых, но такие счастливчики были. Им оказался, например, сидевший вместе с И. Г. Щегловитовым некий Д. Сидоров, который оказался в Солдатенковской больнице в качестве пациента. Вот его рассказ: «Быстро мелькают улицы Москвы, быстро несутся, цепляясь за надежду, мои мысли. Но все кончено. Мы выезжаем за город. Петровский парк!

Уже ночь, тихая и ласковая. Взвод красноармейцев ждет нас. «К стенке». Целуемся. Идем. Темнеет высокая стена.

А все-таки подальше бы от этой стены. Я приседаю. Залп. Мы падаем. Подходит красноармеец. «Этот еще живой». Выстрел. Я вскакиваю и лечу по парку. Визг пуль, крики. Бегу. Что-то кольнуло ногу. Но ничего, пустяки! Ругань: «Эх, вы! Говорил – надо вязать!»

Я бегу, тужурка у меня слетела, фуражка и один башмак тоже.

Скорей к зданию дворца. Перелезаю через забор. Взбираюсь на чердак. Внизу погоня. Налетели красноармейцы на парочку влюбленных, негодуют. Женский голос:

– Да я с Петей только вышла встретиться.

– А, что по кустам прячетесь? – рычит красноармеец.

– Позвольте, товарищ, да я сам советский работник,– надрывается мужской голос.

– Работник, – злился красноармеец, – Ах, ты…

А мне, ей-богу, смешно… Перевязываю рану платком.

Утро моментальное, светлое. По лестнице шаги. Я умоляю ее: «Спасите!», но в глазах ее такой ужас: «Большевики кругом, беги…»

Ну что ж. Я иду, пошатываясь, по парку, держась уединенных тропинок. И, конечно, нарываюсь на милиционера. «Вы кто такой? и т. п. неуместные вопросы.

Идем в комиссариат. А на душе странное спокойствие: «Ухлопаю его, и себе пулю в лоб».

Комиссар очень симпатичный парень, посмотрел на меня:

– Что у вас с ногой?

– Попал под трамвай…

Большевистская полиция глуповата, но у меня нет оснований предъявлять к ней за это претензии. Меня даже не осмотрели и отправили в больницу.

Но что мне было там делать, как не выспаться, не купить на зашитые в брюках керенки у милейшего больничного сторожа кое-какую одежонку и, прочитав в «Известиях» свою фамилию в списке расстрелянных, не сесть в трамвай и поехать в одну гостеприимную русскую квартиру, откуда потом я скоро уехал на Юг…» (См.: Красный террор в Москве. М.: Айрис-Пресс, 2013. С. 257-258). И действительно, к Солдатенковской больнице подходили трамвайные пути, а сторожем(привратником) тогда работал Алексеев Борис Павлович, который работал в больнице с 4 ноября 1915 года, который в июле 1919 года, как и многие работники больницы, переболел сыпным тифом. Даже, находясь на лечении, спасшийся от расстрела не был в безопасности, так как ходынский инфекционный госпиталь, который в 1929 году вошел в состав Боткинской больницы, превратили в тюремную лечебницу (См.: Красный террор в Москве. М., 2013. С.7.), которая кроме бельевой и кухни находилась на полном обслуживании больницы К. Т. Солдатенкова (МФ. Наша больница. Исторический очерк. Рукопись. Л. 12).

Среди многих тысяч, взятых в заложники и находящихся в заключении, оказался и старший брат Ф. А. Гетье Александр Александрович Гетье. Брат Федора Александровича после окончания Имперского Московского технического училища в 1887г. стал преподавателем Московского Высшего технического училища (известного сегодня как институт имени Баумана), заведовал чертежным бюро на заводе Густава Листа (в советское время – завод «Борец»), а позже руководил его техническим бюро.