Около 22:00 красные бойцы внезапно атаковали Якутск с трёх направлений со стороны Богородицкой церкви (юга), от Мархинской дороги к тюрьме (севера) и со стороны Залога и лодочного причала у Преображенской церкви (востока). Едва раздались первые выстрелы, силы защитников стали сосредотачиваться в центре города. Тем временем, красные при поддержке местных большевиков быстро овладели тюрьмой270 и освободили арестованных членов Совета рабочих депутатов. На восточном участке они атаковали казначейство и заняли его только после обстрела из бомбомётов. Продвигаясь вперёд, атакующие достигли Преображенской церкви и женской гимназии, где засели стрелки-якуты. Их огонь был настолько густым, что наступавшие по Набережной улице цепи большевиков, потеряв несколько человек убитыми271 и ранеными были вынуждены залечь. Натолкнувшись на ожесточённое сопротивление, они послали за помощью. Отряд Стояновича, который должен был наступать с Сергеляха к Никольскому кладбищу, заблудился и застрял у озера Ытык-Кель, опоздав к началу боя.
Защита Якутска оказалась плохо организована. Даже утратив связь, Бондалетов, мог, уяснив направление главного удара красных, собрать свои силы в единый кулак и контрактовать, но не сделал этого272, а приказал отходить. Особенно стойкое сопротивление оказали якутские добровольцы, своевременно не получившие приказа об отступлении. Их упорное сопротивление сдержало атаки красных и позволило основным деятелям Областного Совета обороны, собравшихся на совещание, вовремя покинуть город. Вместе с ними была вывезены пушнина273 и мамонтовая кость. Во время отступления некоторые отряды защитников в панике вели дружественный огонь по своим274. Общие потери сторон, включая случайных прохожих, разнятся. По разным данным они составили от нескольких десятков до сотни человек275. Бой за Якутск 30 июня 1918 года стал первым в истории Гражданской войны в Якутии случаем открытого противостояния между белыми и красными. К тому же это был первое боевое крещение якутов, которые не имели навыка военной службы (по «Уставу об управлении инородцев» (1822 г.) они не отбывали всеобщую воинскую повинность).
. Покинув город, защитники Якутска двинулись по Вилюйскому тракту в Малтанский наслег, где на реке Кемэкэмэ была устроена «база»276.
В ночь на 1 июля к ним присоединились В. Н. Соловьев и члены Комитета Обороны. Пройдя сорок вёрст по тракту, отряд стал разлагаться, а уездные милиционеры засобирались в город. При ревизии выяснилось, что у части отряда нет шинелей и других необходимых вещей, поскольку многие бойцы пошли в бой в одних рубахах, а патронов на винтовку осталось не более полусотни. В этих условиях комитет постановил, что в данных условиях для области ничего не может сделать. Его члены сочли разумным предпринять меры к самосохранению, почему каждому милиционеру предоставлялось право поступить по своему усмотрению. В результате этого решения на третий день большая часть бойцов разбрелась из отряда.
Оставшиеся 33 «белогвардейца» двинулись на базу, постепенно сокращаясь в своём числе. Две трети из них достигли 5 июля. Здесь остатки защитники вновь разделились. Клингоф и Геллерт переправились на противоположный берег Лены и укрылись в Мегинском улусе вблизи от города, В.Н. Соловьев и прапорщик Панкратьев остались на месте, а Бондалетов с группой милиционеров отправился далее по Вилюйскому тракту, где на следующий день был арестован красногвардейцами и отправлен в Якутск. 7 июля, посланный вдогонку за отступившими защитниками Якутска мархинский летучий отряд277 обходными путями достиг базы земской милиции на реке Кемэкэмэ и без сопротивления захватил находившихся на ней лиц. Часть из них бежала в тайгу, а остальные, включая Бондалетова и Клингофа, попали в плен. На складе были захвачены продукты278, но пушнины и мамонтовой кости там не оказалось. Бондалетов показал, что члены Областного совета отправились на юг. Вслед за ними были посланы восемь красноармейцев, а остальные вернулись в Якутск.
1 июля 1918 года исполком Совета рабочих депутатов Якутска вместе с командованием красного отряда собрался на своё первое совещание, в качестве областной власти. В целях повышения своего авторитета и расширения базы он пополнился представителями красноармейцев и крестьян и был переименован в Совет рабочих, крестьянских, красноармейских депутатов. На его первом заседании были приняты решения об организации временного боевого отряда для охранной службы, о введении в Якутске и области военного положения, о создании следственной комиссии, после чего начались аресты членов Областного совета и его активных сторонников, а 11 июля были упразднены областная и уездные земские управы. Через восемь дней был ликвидирован окружной суд и духовная консистория. Вслед за этим последовали череда увольнений реакционеров из администрации, суда и прокуратуры, а также военных органов и милиции.
На следующий день обновлённый Совет образовал военную коллегию279 и наложил контрибуции на 72 представителей буржуазного класса города Якутска и 25 жителей селений Марха, Павловск и Маган280. Она составляла полтора миллиона рублей и должна была быть уплачена до 16 июля. В случае неуплаты конфисковалось имущество и передавалось в революционный суд. Наряду с контрибуцией несколько позже281 был введён подоходный прогрессивный налог на домовладельцев Якутска282, предназначенный для содержания рабоче-крестьянской милиции. Кроме того, для вооружения Красной Гвардии конфисковалось любое огнестрельное оружие, включая дробовики283. Начальником советской милиции был назначен Х.А. Гладунов, который во время взятия города лично застрелил мирового судью и следователя Ф.Н. Банковского и ограбил его дом.
9 июля уполномоченный Центросибири П.А. Ойунский обратился к трудящимся Якутской области с призывом активно участвовать в организации советской власти на местах. Как и повсюду в России советская власть в Якутске опиралась на использование того энтузиазма, который возник у маргинальных слоев населения империи февральской революцией и Октябрьским переворотом 1917 года. Именно из их рядов большевики вербовали кадры своих сторонников, не скупясь обещать светлое царство коммунизма. Их умелая пропаганда канализировала всеобщее озлобление беднейших слоёв населения против элиты прежнего общества, только отчасти виноватой в том кризисе, который охватил большую часть империи. Обосновавшись в Якутске, большевики попытались опираться, в основном, на беднейшие слои населения, каковыми считали якутов, живших своим традиционным укладом и не воспринимавшим революционные идеи. Именно поэтому большевистская пропаганда не нашла поддержки у населения Якутии. В связи с этим советская власть стала активно проводить политику расслоения населения, распределяя привезённые из Иркутска284 товары по классовому принципу.
Беспощадно подавив всякое вооруженное сопротивление, А.С. Рыдзинский «в целях утверждения в области большевистской власти … наводил «порядок», расстрелами за неисполнение приказов Центросибири равно и тех приказов, которые он сам в Якутске издавал». При его участии исполком Совдепа предпринял энергичные меры, чтобы изловить членов Областного Совета, и разослал с этой целью несколько поисковых групп. Так, 4 июля по Иркутскому тракту была послана оперативная группа из 15 человек. Когда поступили сведения, что на Алдане видели кого-то из членов областного совета, А.С. Рыдзинский лично отправился на его поимку на пароходе «Сперанский». Не обнаружив тех, кого искали, он разыскал ранее сплавленную и спрятанную в устье Алдана пушнину и уже 5 июля доставил её в Якутск. Два дня спустя в Булун285 на пароходе «Лена» был командирован П.П. Кочнев с группой товарищей. По прибытии на место был организован совет рабочих депутатов, который немедленно конфисковал у местных купцов товары, продукты и всю пушнину286 и арестовал начальника местной милиции Калугина. Затем «Лена» отправилась на рыболовные пески, чтобы забрать свежую рыбу для Якутска. На обратном пути пароход остановился в Булуне, где взял на борт арестованных «белогвардейцев», 30 винтовок, реквизированные товары и двинулись назад.
