Перед новгородской трагедией, после раздора с митрополитом и в страхе перед заговорами, царь покинул Москву и вновь переселился в Александровскую слободу. Иностранным послам было дано разъяснение, что царь удалился по своей воле, «для своего прохладу», и управляет государством из своей сельской резиденции. В 1569 литовские войска захватили Изборскую крепость, которая была сдана в результате предательства. Потеря крепости ввергла царя в панику. Он начал чувствовать опасность предательства уже не только со стороны бояр, но и народа. Усилившиеся признаки недовольства населения новгородских и псковских земель вызвали подозрения, что Псков и Новгород скоро последуют примеру Изборска. Чтобы предотвратить возможную измену, опричники изгнали из Пскова 500 неблагонадежных семей и 150 из Новгорода. Всего было выслано около 3 тысяч человек, включая детей и женщин. В это же время послы доносят Грозному о дворцовом перевороте в Швеции, в результате которого был свергнут союзник русского царя Эрик XIV.
Царствование Эрика также характеризовалось казнью многих знатных дворян, после чего он стал бояться «от своих бояр убивства» и тайно просил русских послов при необходимости принять его на Руси. Шведские события усилили страхи русского царя. У опричников возникла идея, что люди Пскова и Новгорода готовы последовать примеру Стокгольма и поддержать любой антиправительственный мятеж. Роль мятежных шведских герцогов мог взять на себя брат царя, князь Владимир Андреевич, державший в Новгороде свой двор и свиту. Однако после канонизации братьев Бориса и Глеба братоубийство считалось на Руси страшным грехом и святотатством. Поэтому просто казнить своего брата Грозный не мог. Тогда по приказу царя он был вызван в Александровскую слободу, где его арестовали опричники. Перед арестом князя опричники схватили его повара и при обыске обнаружили у него порошок, оказавшийся ядом, которым тот якобы хотел отравить царскую семью. В результате князю Владимиру было предъявлено обвинение в сговоре со своим поваром и покушении на жизнь царя и его детей. После очной ставки с дворцовым поваром и короткого разбирательства князь Владимир и его семья были приговорены к смерти. Однако помятуя о Борисе и Глебе, царь Иван не допустил к своему брату палачей, а принудил его к самоубийству. Владимир выпил кубок с отравленным вином. Вместе с князем были отравлены его жена и девятилетняя дочь. Казнены были и все остальные участники процесса. И уже после этого, в конце декабря 1569 года, царь объявил опричникам о великой измене новгородцев.
В начале января 1570 в Новгород во главе с царем отправляется огромный карательный отряд. Сами новгородцы пока еще не знают о подписанном им приговоре. Прибывшего царя на мосту через Волхов встречало новгородское духовенство с крестами и иконами. Приблизившись к новгородской процессии, царь объявил архиепископа изменником, отказался от его благословения, однако отправился вместе с ним на службу в Софийский собор. После службы опричники вынесли из собора все иконы и ценности и выломали из алтаря древние Корсунские ворота. После этого в городе началась бойня.
Новгородская трагедия подробно описана автором, имя которого не сохранила история. Однако книга его осталась— «Повесть о погибели Новгорода». Сохранились также немецкие источники, составленные из рассказов очевидцев этой страшной трагедии, впоследствии бежавших заграницу. Эти рассказы были опубликованы во Франфурте-на-Майне в 1572. Все источники восстанавливают одну и ту же картину бесчеловечных пыток и казней жителей Новгорода. Очевидцы сообщали, что опричники бросали связанных людей в Волхов, а курсирующие на лодках палачи добивали их баграми и заталкивали тела под лед. Не жалели никого, ни женщин, ни детей. Опальных подвешивали за руки и жгли в огне. Прежде всего искали архиепископских приближенных, новгородских служилых людей, детей боярских, а также приезжих и купцов. Опричники методически истребили сначала всех семейных подьячих с женами и детьми, затем холостых приказных (чиновников) Новгорода. В списках для отпевания эта группа фигурирует, как «новгородские подъячии неженатые».
После расправы в Новгороде царь отправился по монастырям в окрестностях города. Опричники в присутствии царя грабили монастырские хозяйства, забирали иконы, снимали колокола. Настоятелей и старцев секли палками. По данным летописей, было разорено 27 монастырей. Все награбленное имущество опричники продавали здесь же на городских рынках.
Разделавшись с новгородцами, опричное воинство направилось в Псков. Жители города выразили царю полную покорность. На улицах его встречали хлебом солью. Всю свою ярость царь выплеснул на местное духовенство. Печорскому иегумену, вышедшему навстречу царю, отрубили голову. Псковские церкви были разграблены дотла. Однако массовой бойни во Пскове не произошло. Предание гласит, что на псковских улицах царь встретил юродивого, и тот крикнул царю, чтобы он скорее отправлялся восвояси, иначе не миновать беды. Царь не внял словам «божьего человека» и приказал опричникам снять колокол с Успенского собора. В тот же миг под царем рухнул конь. Охваченный страхом и тяжкими предчувствиями, царь срочно покинул Псков. Однако псковичи стали жертвой царских палачей еще до приезда царя в город. Незадолго до этого из Пскова были высланы пол-тысячи семей. Часть беженцев по дороге была встречена царским опричным воинством. В результате расправы около 200 семей были вырезаны вместе со стариками, женщинами и детьми.
Характерно, что по окончании бойни в народной памяти образ царя не сохранился, как образ палача. Вскоре после псковско-новгородского похода Ивана Грозного в эти краях стала бродить легенда о злом человеке Петре Волынцеве, который якобы написал царю донос об измене псковичей и новгородцев, после чего и свершился небывалый в русской истории погром. По документам, сохранившихся в царских архивах, эта массовая казнь унесла жизни более трех тысяч человек. Один из главных опричных палачей, Малюта Скуратов, написал царю, что собственноручно убил 1490 псковичей и новгородцев. Впрочем, очевидно, это вымысел, поскольку убийства совершались в основном холодным оружием, «усекновением», как писал сам Скуратов. Однако бросается в глаза бешенный человеконенавистнический пыл среди людей, окружавших Грозного, которые и составляли его многочисленную опричную рать.
Затем дело об изменниках было перенесено в Москву. Расправа началась после выступления московской знати против кровавого террора опричников. 25 июля 1570 года несколько сотен приговоренных были приведены на рыночную площадь, именуемую в народе «Поганая лужа». В окружении охраны к месту казни явился царь.
При виде царских опричников столпившийся народ бросился врассыпную. Раздосадованный царь стал уговаривать людей подойти посмотреть поближе. Вскоре вокруг него собралась огромная толпа. Обратившись к людям, царь спросил: «Правильно ли я делаю, что хочу покарать своих изменников?» Народ ответил царю единогласным одобрением. В присутствии огромной толпы московскую знать, выступившую против бессмысленных казней, варили в кипятке и четвертовали. Однако это было только начало. Под подозрения царя уже попали сами же опричники, создававшие первые карательные отряды, но теперь напуганные безумным размахом казней. Среди них были бояре Басманов, Плещеев, Вяземский и многие другие. В своих казнях царь использовал детей подозреваемых, которые должны были убивать своих родителей. Так сын Басманова, чтобы спасти свою жизнь, зарезал своего отца. И только пожар Москвы на время остановил кровавый террор в столице.
В это время международное положение Росси катастрофически ухудшалось. На западных границах постоянное давление на Русь оказывали Польша, Литва и Швеция. Русские попытались отбить у шведов Ревель, но не смогли. Одновременно с Востока на Москву двинулась сорокатысячная крымская орда.
На Оке татары разбили русские оборонительные отряды, и Иван Грозный, бросив своих воинов, в панике бежал в Саратов. Армия, оставшаяся без царя, отступала до самой Москвы и наконец укрылась за крепостными стенами. Татары, подойдя к Москве, не стали штурмовать город, но предали его огню. Вскоре стали рваться пороховые погреба в башнях Кремля и погребах Китай-города. В Москве началась паника. Кто не погиб в огне, был задавлен в страшном скоплении народа, пытавшегося вырваться из горящего города.
