Тем не менее все эти годы, с сентября 1943 по февраль 1960 года, Карпов оставался председателем Совета по делам РПЦ. Только после исключения из партии в январе 1960-го за преступления в годы сталинизма его сменил генерал КГБ Владимир Куроедов.
С момента создания 5-го Управления КГБ на должность заместителя председателя Совета всегда назначался офицер 4-го отдела 5-го Управления. Именно этот отдел курировал руководство всех конфессий. Должность эта по ведомству КГБ соответствовала генеральской.
В середине 1960-х через слияние двух органов, подведомственных Совету министров СССР, — Совета по делам РПЦ и Совета по делам религиозных культов (образованного еще 19 мая 1944 года) — создали Совет по делам религий при Совете министров СССР. Это орган принимал решения о регистрации или снятии с регистрации религиозных объединений, об открытии или закрытии молитвенных зданий и домов, и осуществлял связь между правительством СССР и религиозными организациями в СССР и за рубежом — так как формально советское государство декларировало свое невмешательство в дела церкви и других религиозных организаций.
Все служители культа в СССР для осуществления своей деятельности должны были иметь регистрацию Совета, контролировавшего органы управления всех религиозных организаций, в том числе Святейший синод РПЦ. Заместитель председателя Совета Валентин Фурсов, отчитываясь перед ЦК КПСС за период 1974 — начала 1975 года, писал, что
Синод находится под контролем Совета. Вопрос подбора и расстановки его [...] членов был и остается всецело в руках Совета [...] Ответственные сотрудники Совета проводят систематическую воспитательно-разъяснительную работу с членами Синода, устанавливают с ними доверительные контакты.
Термин «доверительные контакты» являлся профессиональным в деятельности спецслужб и в отчете Фурсова использовался не случайно. До момента исчезновения с карты государства под названием Советский Союз и упразднения монополии КПСС на власть, то есть до 1992 года, должности заместителей председателей указанных религиозных организаций занимали офицеры ДР КГБ, являвшиеся сотрудниками 4-го отдела 5-го Управления. Подчиненность их по ведомству прикрытия была лишь номинальной. Как вспоминал бывший председатель Совета по делам религии (1985–1990) Константин Харчев,
был у меня заместитель, которому церковники ящиками носили коньяк и который их еще при этом иногда «таскал за волосы». Они зависели от него: разрешит или нет поездку за границу, захочет ли распределить в хорошую больницу.
В общем, отношения между кураторами из госбезопасности и служителями культа были «сугубо профессиональные».
После падения советской власти достоянием гласности стало наличие большого числа завербованных госбезопасностью агентов из числа руководителей-иерархов РПЦ. Так, прежний патриарх РПЦ Алексий Второй (А. М. Ридигер) в течение десятилетий состоял в агентурном аппарате советской госбезопасности под оперативным псевдонимом «Дроздов», как и его преемник патриарх Кирилл, работавший на госбезопасность под псевдонимом Михайлов. Вот что писал об этой проблеме в открытом письме священник Глеб Якунин патриарху Алексию Второму:
Одним из результатов неуемных притязаний Московской патриархии на церковное имущество, находящееся в независимой Эстонии, явилось, помимо раскола со Вселенским православием, обнародование в средствах массовой информации некоторых архивных материалов о деятельности одного из функционеров РПЦ и одновременно агента КГБ по кличке «Дроздов», начинавшего, как стало теперь известно, свою карьеру осведомителя в ЭССР. В 1991–1992 годах, во время работы с архивами союзного КГБ в рамках парламентской Комиссии по расследованию причин и обстоятельств ГКЧП, среди отчетов 4-го отдела 5-го Управления госбезопасности были обнаружены данные о деятельности агента «Дроздова», являвшегося уже одним из руководителей патриархии [...] Ранее по результатам деятельности Комиссии Верховного Совета уже публиковалась архивная информация о том, что агент «Дроздов» в феврале-марте 1988 года был награжден почетной грамотой КГБ СССР [...] Сопоставление биографических данных А. М. Ридигера со служебной биографией агента «Дроздова» дает веские основания полагать, что речь в них идет об одном и том же лице. В единосущности агента «Дроздова» и патриарха Алексия Второго трудно усомниться.
Олег Калугин в интервью Дмитрию Гордону тоже рассказывал об агентурной деятельности бывшего главы РПЦ Алексия Второго, умершего в 2008 году, и нового — сменившего его — патриарха Кирилла429.
В 2012 году в интервью украинскому интернет-изданию Weekly.ua патриарх Филарет, в миру Михаил Антонович Денисенко, рассказывал, «что с комитетом госбезопасности были связаны все без исключения архиереи. Все без исключения. В советские времена никто не мог стать архиереем, если на это не давал согласие КГБ. Поэтому утверждать, что я не был связан с КГБ, было бы неправдой — был связан, как и все».
По оценке самого КГБ, к «ведущей агентуре» относились следующие агенты из числа церковной иерархии:
«Михайлов» — патриарх Московский и всея Руси, митрополит Смоленский и Калининградский (Владимир Михайлович Гундяев);
«Аббат» — митрополит Волокаламский и Юрьевский Питирим (Константин Владимирович Нечаев);
«Адамант» — митрополит Ювеналий (Владимир Кириллович Поярков);
«Антонов» — митрополит Киевский Филарет (Михаил Антонович Денисенко);
«Павел» — митрополит Воронежский Мефодий (Николай Федорович Немцов);
«Островский» — митрополит Минский Филарет (Кирилл Варфоломеевич Вахромеев);
«Святослав» — митрополит Никодим (Ротов Борис Георгиевич); в 1970 году ему было поручено временное Управление патриаршими приходами Северной и Южной Америки; затем возглавлял Отдел внешних церковных сношений РПЦ;
«Топаз» — архиепископ Калужский Климент (Герман Михайлович Капалин);
«Реставратор» — архиепископ Вильнюсский Хризостом (Георгий Федорович Мартишкин);
«Читатель» — предстоятель Латвийской православной церкви митрополит Александр (Александр Иванович Кудряшов);
«Кузнецов» — Алексей Сергеевич Буевский, сотрудник Отдела внешних сношений Московского патриархата РПЦ;
«Нестерович» — Виталий Михайлович Боровой, почетный настоятель московского храма Воскресения Словущего на Успенском Вражке;
«Анатолий» — Иван Иванович Миролюбов, сотрудник Отдела внешних церковных сношений РПЦ;
«Ивериели» — Каталикос Грузии Илия;
«Петров» — Пётр Кузьмич Раина, экзарх патриарха Московского при патриархе Александрийском и всей Африки;
«Воронов» — Аркадий Родионович Тыщук, клирик Свято-Никольского православного собора в Нью-Йорке (1977–1982);
«Фёдор» — Иван Григорьевич Борча, священник сельских приходов украинских и румынских общин канадских провинций Альберта и Саскачеван (начало 1970-х);
«Патриот» — Виктор Сергеевич Петлюченко, клирик православного прихода Эдмонтона, столицы канадской провинции Альберта;
«Икар» — Игорь Владимирович Зуземель, епископ Русской православной церкви, митрополит Венский и Австрийский;
«Есауленко» — архимандрит Иосиф (Александр Петрович Пустоутов), служил в православных храмах в Нидерландах, ФРГ, Италии и Франции. В 1976 году был назначен предстоятелем Московского патриархата при штаб-квартире Христианской мирной конференции (ХМК) в Праге;
«Владимир» — Николай Львович Церпицкий, личный секретарь митрополита Никодима;
«Симонов» — архиепископ Киприан (Михаил Викентьевич Зёрнов), настоятель храма иконы «Всех скорбящих Радость» на улице Большая Ордынка в Москве.
Доходило до анекдотичного: в 1983 году один из руководителей буддистской церкви агент «Саян» был награжден грамотой КГБ «за многолетнее сотрудничество и активную помощь органам госбезопасности».
Отчеты об агентурно-оперативной деятельности 4-го (церковного) отдела 5-го Управления КГБ ежемесячно поступали руководству 5-го Управления и складывались в папки салатового цвета под грифом «Секретно» и «Совершенно секретно». Вот некоторые выдержки из этих документов, красноречиво описывающие эту деятельность: