По-справжньому революційним був виклад Михайла Грушевського про козацький період нашої історії. І в цьому сегменті відмінних від російських інтерпретацій минулого було куди більше для свідомісного росіянина, бо стосувалися вони російсько-українських взаємин, які набували наприкінці ХІХ – на початку ХХ ст. дражливих форм. Підданих російської держави російські підручники з історії привчали до думки про возз’єднання колись спільної князівської давньоруської держави під скипетром московського царя. А український історик незвично писав про постання внаслідок Хмельниччини автономної української (козацької) держави. І в цьому Михайло Грушевський просував для сприйняття нову ідею, що держави на східнослов’янському просторі бувають двох видів – класичні монархічно-абсолютистські, як Московщина (Росія) та Туреччина (Османська імперія), або шляхетсько-монархічні, як Польща (Річ Посполита), чи напівсуверенні з автономістсько-федералістичною залежністю від перших. Однак ці утворення варто вважати теж державами. І такою автономною державою було Військо Запорозьке з гетьманом на чолі. Фактично Михайло Грушевський уже сто років тому висловив думку про полівасалітетне становище буферних держав зони між Європою та Азією, зараховуючи до них Молдавське володарство, Трансильванію й Семигород та українську козацьку державу. Це переконання було частиною суспільствознавчої історіософії науковця, для якого федералізм – це не бездержавність, а щабель до здобуття з часом повної державної незалежності. І цю думку він прищеплює «Очерком» читачеві.
Михайло Грушевський в «Очерке» пише, що Переяславська угода 1654 р. України з Московією – це помилка Богдана Хмельницького, а не славний, століттями сподіваний апофеоз нібито віковічних прагнень українського народу під царя «восточного православного». Тимчасова угода по ста роках тривалої боротьби за збереження козацької автономії стала фактом ніби одвічних прагнень українців розчинитися в загальноросійському морі. Насправді козацька еліта свідомо цю державу будувала й ставилася до неї як до священної цінності, хоч і викристалізувалася вона надто пізно й зненацька під впливом обставин. Михайло Грушевський писав: «Ідея автономної української держави, замкненої української території тільки починала формуватися в головах українських лідерів, але фактично вже кілька років Б. Хмельницький був головою держави, що обіймала східноукраїнські землі та жила цілком самостійним життям»[10].
Російська історична думка та пропаганда втовкмачувала в голови пересічних мешканців імперії думку про Богдана Хмельницького як вірного данника московського царя, як людину, що лиш про те й думала, щоб віддати відвойовану українську територію під владу Олексія Михайловича. А Михайло Грушевський показав його більшим «мазепинцем», ніж Іван Мазепа та інші «гетьмани-зрадники». Росіян та українців російська офіційна історіографія привчала до думки, що існували добрі та мудрі московські царі, який несли добробут і лад українцям у ХVІІ—ХVІІІ ст., але цьому ладові противилися й заважали зловорожі гетьмани та козацька старшина, що думали тільки про власні матеріальні інтереси. Натомість Михайло Грушевський уперше для широкого читацького загалу ствердив, що не українці зраджували Москву в особі гетьманів, а навпаки, Москва постійно зраджувала Україну, чиї військові володарі послідовно захищали автономні державні українські права.
Першим зрадженим Москвою був Богдан Хмельницький, він розчарувався в союзі з Московією й хотів свою помилку виправити союзами з Туреччиною, Трансильванією та особливо Швецією. Саме Богдан Хмельницький розробив і залишив у спадщину шведський вектор козацької політики, який Іван Мазепа не знайшов уперше, а лише вірно йшов у фарватері свого попередника. Союз Богдана Хмельницького зі шведським королем Карлом Х Густавом 1655 р., згідно з Михайлом Грушевським, укладений «для досягнення повної політичної незалежності, самостійності української держави»[11]. Богдан Хмельницький – пояснював історик спантеличеному вірникові московських мантр про доброго малороса – зовсім не був єдиним правильним, з погляду російської історіографії, гетьманом. Він уже 1655 р. відмовився від Переяслава й зробив ставку на остаточний розрив із Москвою, але раптово помер.
Незвичним для традиційного сприйняття української історії було й трактування Гадяцької угоди 1658 р. Її значення Михайло Грушевський в «Очерке» ставить вище за важливість Переяславської угоди. Гадяцький трактат в «Очерке» – це чіткіше увиразнення ідеї автономної держави. Тут постає розуміння козацькою елітою всієї етнічної території України та ідея організованих конституційних виборів. Гетьмана в ній розглядали не просто як володаря війська, але як очільника всього народу.
Якщо російська історична традиція запевняла про зрадливість усіх українських гетьманів, крім Богдана Хмельницького, то Михайло Грушевський в «Очерке» змальовує зовсім протилежну картину. Наступники великого гетьмана, лідера козацької держави, були вірні послідовники й продовжувачі його політики. Під пером історика найвищих оцінок здобуває зогиджений московською пропагандою гетьман Іван Виговський. А про «сонце руїни» Петра Дорошенка Михайло Грушевський так пише у згадуваній праці: «П. Дорошенко – останній сподвижник Хмельницького, останній представник гуртка автономістів, що виплекали ідею самостійної української держави»[12].
Михайло Грушевський, для якого народ – це «альфа та омега» історичного процесу, несподівано співчутливо оцінює козацьку старшину, шкодує, що народ не оцінив по заслузі її державницьких замірів, хоча читач традиційної офіційної лектури з історії в Російській імперії звик сприймати гетьманів і старшину лише як користолюбців та егоїстів, що станові інтереси ставили вище за інтереси народного загалу.
Цікаво виписаний у Михайла Грушевського й образ Івана Мазепи. Він не підпав безкритичній агіографії, властивій українській історіографії пізнішого часу. Івана Мазепу Михайло Грушевський сприймав куди менш позитивно, ніж Богдана Хмельницького, через його проросійську політику й нехтування інтересами широких народних мас. Для Михайла Грушевського в «Очерке», та й зрештою в інших статтях, присвячених цьому гетьманові[13], Іван Мазепа – лише продовжувач справи Богдана Хмельницького та інших попередників. Більше співчуття й позитивних оцінок в історика заслуговують Іван Виговський і Петро Дорошенко. Перехід Івана Мазепи на бік шведів для Михайла Грушевського – «це була тільки одна з дуже численних спроб українських автономістів знайти опертя в якій-небудь зовнішній силі, щоб звільнитися від пут московського централізму». Історик був переконаний, що гетьман сперся на Карла ХІІ лише тому, що цей шлях проторував та обґрунтував за пів століття до нього Богдан Хмельницький[14]. Іван Мазепа зовсім не готувався до повстання проти Петра І, його захопила ситуація зненацька, і він змушений був виступити проти Москви, бо іншої альтернативи не мав.
В «Очерке» Михайло Грушевський зовсім «змазав» нібито позитивне значення Полтавської битви 1709 р. для України, хоч на цій перемозі виховували патріотів Московської імперії, вербували манкуртів з українського табору. Це була славна перемога російської зброї над найсильнішою армією Європи, якою пишався кожен пересічний росіянин. Однак для українця – це був початок кінця Козацької держави. Колосальний деструктивний вплив мала й знаменита поема «Полтава» Олександра Пушкіна. Михайло Грушевський чотири роки по тому включився в ідеологічну боротьбу з Росією навколо Полтави, коли підготував спеціальний том «Записок Наукового товариства ім. Т. Шевченка», залучивши до нього статті Альфреда Єнсена, Степана Томашівського, Олександра Грушевського, і сам написав докладну та блискучу концептуальну статтю про шведсько-український союз 1708 р.[15]. В «Очерке» негативне ставлення автора до Полтавської битви недвозначно підкреслене в списку літератури до розділу «Катастрофа 1708–1709 років».