В мае 1941 года радист и три агента были арестованы. Один из них, бывший лейтенант литовской армии Друктейнис Эдмунтас, показал: «Резидентура германской разведки, возглавляемая мною, должна была сообщать в Германию дислокацию частей Красной Армии, расположенных на территории Литовской республики, их количество, нумерацию, фамилии командного состава, данные о вооружении и оснащении боевой техникой и из каких военных округов прибыли и будут прибывать воинские части в Литовскую ССР…». Согласно заданию Клауса резидентура должна была собирать сведения о типах самолетов, их боевых качествах, об охране аэродромов и их расположении, в каком состоянии находится зенитная артиллерия и где. В мои обязанности также входило передавать информацию о состоянии железнодорожного транспорта, особенно в случае внезапного изменения движения поездов». Впоследствии арестованных включили в радиоигру, продолжавшуюся до нападения Германии на СССР.

Органами госбезопасности велись дела по разработке пронемецкой агентуры под кодовыми названиями «Диверсанты» и «Гвардия». В рамках проводимых мероприятий была вскрыта подпольная национальная организация, связанная с ФЛА.

Были произведены аресты 7 членов, намечалось задержать еще 24 человека, однако время работало на противника.

О масштабах всего пронемецкого национального подполья в Прибалтике говорилось в документе соединения «Бранденбург-800»:

«Исходя из соображений секретности день начала операций этим группам (группам диверсантов. Ч.С.) не доведен.

Они получают общие указания, по прибытии на место приступить к выполнению поставленных задач, исходя из обстоятельств и по своему усмотрению. Для этих групп активистов назначены пароли: для литовцев…Дюнкирхен., для латышей…Деберитц., для эстонцев…Мюнхен… Однако имеются сомнения, что эти пароли везде и до всех доведены. Кроме этих паролей особо обученные специалисты по саботажу получили специальный опознавательный знак в виде ржаво-красного куска ткани размером с носовой платок с желтым круглым пятном в центре, который они должны предъявить представителям войск…

По данным руководителей, в настоящее время в каждом литовском населенном пункте существует такая группа. В Латвии и Эстонии такое же положение. В Литве и Латвии существуют две параллельные группы активистов под началом одного руководителя, с тем, чтобы в случае предательства в одной группе другая продолжала бы действовать. Эти группы организованы по системе треугольника, по которой каждый знает не более двух членов группы».

16 мая 1941 года наркомом госбезопасности СССР Меркуловым была подготовлена докладная записка НКГБ СССР № 1687/М в ЦК ВКП(б), к которой прилагалась копия проекта постановления о мероприятиях по очистке Литовской ССР от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента. Данный документ был согласован с секретарем ЦК ВКП(б) Литвы Снечкусом и представлен Сталину за подписью Л.П. Берии. На основании данного проекта было издано соответствующее постановление. Согласно ему, подлежали аресту с конфискацией имущества и направлением в лагеря на срок от 5 до 8 лет с последующей ссылкой на 20 лет следующие категории лиц:

1. активные члены контрреволюционных партий и участники антисоветских националистических белогвардейских организаций,

2. бывшие охранники, жандармы, руководящий состав бывших полицейских и тюремщиков, а также рядовые полицейские и тюремщики, на которых имелись компрометирующие материалы,

3. бывшие крупные помещики, фабриканты и крупные чиновники бывшего госаппарата Литвы, Латвии и Эстонии,

4. бывшие офицеры польской, литовской, латвийской, эстонской и белой армий, на которых имелись компрометирующие материалы.

Кроме вышеперечисленных категорий лиц подлежали направлению в ссылку в отдаленные районы СССР, сроком на 20 лет с конфискацией имущества члены их семей и иждивенцы, а также лица, прибывшие из Германии в порядке репатриации.

В Прибалтику был направлен нарком Меркулов и его заместители Серов и Абакумов. Помимо них для участия в операции были направлены 208 курсантов Высшей школы НКГБ СССР. литовцы, латвийцы и эстонцы по национальности. На все мероприятия отводилось три дня.

О результатах проведенной операции руководство НКГБ СССР рапортовало следующими цифрами: «…Бывших офицеров литовской, латвийской и эстонской армий, служивших в территориальных корпусах Красной армии, на которых имелся компрометирующий материал, арестовано. 933 человека, в том числе: по Литве. 285 человек, по Латвии. 424 человека, по Эстонии. 224 человека». Однако эти меры во многом уже запоздали.

С первых минут немецкого вторжения в СССР литовское подполье вступило в действие. Вооруженные легким оружием отряды националистов нападали на отдельные группы военнослужащих РККА и милицию, подавали сигналы немецким самолетам. Радиофицированная агентура передавала оперативную информацию. Среди коммунистической верхушки Литвы царила паника. По свидетельству очевидца тех событий: «Вместо того чтобы отступать организованно и в порядке вместе с действующей армией, эти руководители Литвы поспешили удрать на машинах первыми, а за ними потянулись милицейские органы, тем самым были развязаны руки контрреволюционным бандам в Литве и пятой колонне в целом во главе со сброшенными парашютными десантами. К тому же Каунас и вся Литва вообще в течение нескольких дней находились без гражданских властей. 23 и 24 июня контрреволюция организовала боевые дружины, привлекая гимназистов 5-го класса, они стали патрулировать и задерживать бежавшее население».

От «партизанских отрядов» к шуцманшафту.

В Каунасе местными националистами были созданы четыре крупные «партизанские группы», с которыми немцы сразу же установили связь. Общего руководства они не имели, но каждая из них координировала свои действия с частями Вермахта.

Вскоре немцы придали им статус вспомогательных частей и поручили командование ими литовскому журналисту Климайтису. Личный состав вспомогательных частей носил литовскую военную униформу либо гражданскую одежду с различными нарукавными повязками. На головные уборы обычно крепилась литера «D» белого металла, обозначавшая «Draugovninkas», что в переводе с литовского значит «помощник». Вооружение отрядов составляло легкое стрелковое оружие со складов литовской армии, трофейное советское или немецкое.

С самого начала войны излюбленной мишенью литовских коллаборационистов стало еврейское население. По сравнению с Латвией и Эстонией ненависть к евреям в Литве достигла такого масштаба, что даже сотрудники немецких спецслужб удивлялись рвению своих литовских помощников.

Из донесения командира айнзатцгруппы А бригаденфюрера СС В. Штальэккера о деятельности группы в оккупированных областях Белоруссии и в Прибалтике становится ясным механизм раскрутки еврейских погромов руками литовских коллаборационистов. С истинно тевтонской коварностью немцы не стали напрямую приказывать литовцам произвести погром, все было обставлено иначе:

«Для этой цели был использован Климайтис, руководитель партизанского отряда, который преуспел в возбуждении погрома только после совета, данного ему небольшим отрядом, действовавшим в Ковно, и сделал это таким образом, что извне не было заметно никакого германского руководства или подстрекательства. В течение первого погрома (в ночь на 26 июня) в Литве уничтожили более чем 1500 евреев, сожгли несколько синагог, разрушили и сожгли еврейский квартал, где было примерно 60 домов. В течение последующих ночей примерно 2300 евреев было обезврежено подобным же путем. В других частях Литвы имели место такие же действия по примеру Ковно, хотя менее значительные и направленные против оставшихся в тылу коммунистов.

Эти самоочистительные действия проходили гладко, поскольку армейские власти, которые были информированы обо всем, помогали в этой процедуре».

Местом массовых казней евреев гитлеровцами и их литовскими пособниками были избраны форты Каунаса, а также специально созданный лагерь в местечке Понеряй (Поныри), где только за один день в апреле 1943 года было уничтожено два эшелона советских граждан в количестве около 5 тысяч человек. В понеряйских расстрелах принимал активное участие литовский батальон под общим руководством сотрудников Гестапо. В девятом каунасском форте было расстреляно 80 тысяч человек, в шестом.35 тысяч, в седьмом. 8 тысяч. В октябре 1941 года немцы и литовцы вывезли из каунасского гетто 10 тысяч человек евреев и уничтожили их.