Первоначально полк был дислоцирован в Печорах (Петсери). Впоследствии он был придан 207-й охранной дивизии и участвовал в боях за прибрежную зону озера Пейпус, где впоследствии нес охрану береговой линии. В мае 1944 года полк был придан 28-му Армейскому корпусу и вел боевые действия против советских частей в районе Вору. Плескау.

В июне того же года полк вошел в подчинение штабу специального назначения ЦБФ-300 и занял оборонительную линию на позициях у реки Обтоки. В августе полк ценой больших потерь сумел остановить наступление советских войск.

После отвода с линии фронта был расформирован.

2– й пограничный полк также был придан 207-й охранной дивизии и задействован на охране прибрежной зоны озера Пейпус. В марте полк был переброшен на линию фронта и придан 58-й немецкой пехотной дивизии. Здесь в августе полк отразил многократные атаки советских частей, после чего был переброшен на северный участок побережья оз.

Пейпус и позднее придан боевой группе 227-й немецкой пехотной дивизии, заняв позиции у р. Нарвы. Здесь полк был подчинен штабу ЦБФ-300. Осенью полк был фактически уничтожен в районе р. Эмайоги. Части личного состава полка удалось прорваться и выйти в расположение немецких войск, другая часть солдат и офицеров полка остались в лесах до окончания военных действий.

Аналогичная судьба была у 3-го, 4-го, 5-го и 6-го пограничных полков. Эстонский штаб специального назначения ЦБФ-300 16-й немецкой армии руководил боевыми действиями эстонских частей в Курляндском котле вплоть до капитуляции в апреле 1945 года.

С первых дней оккупации Эстонии началось формирование полка охраны побережья или «Раннакайтсе» под патронажем немецкого ВМФ. Командиром формирования был полковник Саарсен, офицер эстонской армии и сотрудник Абвера. Два батальона возглавляли эстонские офицеры майоры Мулларт и Коргмаа. Весной 1942 года перед руководством полка возникла дилемма: влиться в состав СС или быть расформированными. В результате полковник Саарсен распустил личный состав.

В апреле 1944 года началось формирование вспомогательных военно-инженерных, саперных и строительных эстонских подразделений. 10 тысяч уроженцев Эстонии 1904. 1918 гг. рождения были сведены в эстонские инженерные батальоны, служившие резервом для охранных полков. 1-й, 2-й, 3-й, 4-й, 5-й строительно-саперные батальоны были созданы для нужд группы армий «Север». Под контролем Вермахта был сформирован 42-й саперный батальон. В декабре 1944 года большинство эстонских вспомогательных батальонов было расформировано, а 5-й батальон включен в состав Штеттинского гарнизона.

Одной из первых эстонских воинских частей, сражавшихся с частями Красной Армии, можно назвать полк под командованием полковника Ганса Кальма, который Эстония выставила в помощь Финляндии. Еще во время Зимней войны 70 эстонских добровольцев вошли в состав интербригады «Сису» в составе финской армии. Помимо эстонцев в ней воевали представители многих скандинавских стран.

К ноябрю 1943 года в рядах финской армии насчитывалось 1800 эстонцев, объединенных в один батальон. В феврале 1944 года батальон был переформирован в 200-й егерский пехотный полк (JR-200) под командованием полковника Эйно Куусела. 180 эстонцев окончили финскую военную академию, из них 147 человек получили звание лейтенантов финской армии. 1-й батальон 200-го полка вошел в состав 10-й финской пехотной дивизии и оборонял Карельский перешеек, 2-й батальон оборонял Выборг (Вииппури). Впоследствии 1-й батальон 200-го полка финской армии был придан 87-й немецкой пехотной дивизии и использован в сентябре 1944 года в боях на Восточном фронте. Кроме того, более 250 эстонцев служили в финском флоте.

В конце августа 1942 года генеральный комиссар Эстонии Лицманн издал приказ о создании эстонского легиона СС. Требования к добровольцам предъявлялись такие же, как и к немецким рекрутам СС. Для их подготовки был отведен полигон Гайделагерь близ г. Дебица в Генерал-губернаторстве (Польша). Из рекрутов были созданы три батальона, впоследствии объединенные в 1-й Эстонский добровольческий полк СС («1-Estnischen S.S. Freiwilligen Grenadier Regiment»). В марте 1942 года 1-й батальон легиона был включен в состав 5-й дивизии СС «Викинг» под наименованием «Эстонский добровольческий батальон. Нарва.». Оставшаяся в Гайделагере часть легиона проходила подготовку до марта 1943 года.

Батальон «Нарва» прибыл в дивизию «Викинг», которая вела ожесточенные бои с частями РККА в районе Изюма и Харькова. Командиром батальона был назначен гауптштур451 мфюрер СС Георг Эберхардт. С марта 1944 года батальон стал именоваться 3-м батальоном 10-го панцергренадерского полка «Вестланд».

Впоследствии батальон «Нарва» вместе с дивизией «Викинг» попал в Корсунь-Шевченковское окружение зимой 1944 года, при прорыве из которого понес огромные потери.

В апреле того же года эстонцы были выведены из состава дивизии «Викинг».

Тем временем поток добровольцев в Эстонский легион не ослабевал. В его состав были влиты военнослужащие 33-го, 36-го, 39-го эстонских шумабатальонов и полицейского батальона «Остланд».

В мае 1943 был сформирован новый 1-й батальон легиона и 2-й эстонский добровольческий полк. После столь успешного формирования частей пошла речь о создании эстонской добровольческой бригады СС. 26 октября 1943 года пока еще «виртуальной» бригаде был присвоен № 3 и наименование.

«3 Estnische SS-Frw. Brigade». В состав бригады вошли 2 полка, учебно-запасной батальон и рота связи, артиллерийский и зенитный дивизионы под номерами 53. Номинальным эстонским командиром бригады был назначен легионс-оберфюрер Йоханнес Соодла, командиром 1-го полка. бывший командир диверсионной группы «Эрна» Ханс Кург, командиром 2-го полка. легионс-штандартенфюрер Туулинг.

Бригада вошла в состав 8-го армейского корпуса 16-й армии и в декабре 1943. январе 1944 года участвовала в антипартизанских операциях на территории Ленинградской области. 20 января 1944 года был издан приказ о переформировании бригады в дивизию. Вскоре из Польши и Эстонии прибыло пополнение (37-й, 38-й полицейские фронтбатальоны, 287-й полицейский вахтбатальон, полицейская рота ПАК, личный состав запасного погранполка) и вместе с новобранцами, призванными в ходе последней мобилизации, влилось в состав бригады, именовавшейся теперь «20-я Эстонская добровольческая дивизия СС». Ее полки стали именоваться «добровольческими гренадерскими полками» №№ 45.46 (эстонские №№ 1.2). 21 февраля 1944 года все части дивизии были переброшены на Восточный фронт. Полки получили участок в 4.5 км северо-западнее Нарвы, 33-й батальон северо-западнее местечка Васа. В марте 1944 года эстонцев ввели в состав 3-го танкового корпуса СС, под командованием группенфюрера СС Феликса Штайнера. Корпус входил в состав оперативной группы «Нарва». 26 мая 1944 года дивизия получила новое название и стала именоваться «20-я ваффен-гренадерская дивизия СС» (эстонская № 1), соответствующие изменения были внесены и в нумерацию полков. Дивизия приняла участие в ожесточенных боях за Нарву, получивших затем название «Битвы европейских СС», ибо советским частям на данном участке фронта противостояли несколько иностранных соединений войск СС.

В начале июня 1944 года дивизия получила новое пополнение, когда из вермахта в ее состав были переведены 658-й и 659-й остбатальоны. На их базе был развернут третий полк под номером 47 (эстонский № 3). Теперь дивизия состояла из следующих частей: 45-й, 46-й, 47-й гренадерские полки СС трехбатальонного состава, 20-й артиллерийский полк СС под командованием штандартенфюрера СС Соболева (4 артдивизиона), 20-й фузилерный батальон (бывший батальон «Нарва»), 20-й инженерный батальон, 20-е подразделение орудий ФЛАК (три батареи ПВО), 20-е разведывательное подразделение (2 роты), 20-й полевой запасной батальон, 20-й полк снабжения, 20-й строительный русско-эстонский батальон (3 роты) и иные учебные и запасные подразделения.