Помимо людей Скорцени, в тылах советской балтийской группировки действовали диверсионно-разведывательные резидентуры Абвера. Абвергруппы 111, 211 и 212 планомерно и постоянно вербовали агентуру из числа местных жителей с целью дестабилизации советского тыла. Только в сентябре 1944 года в тыл советской балтийской группировки было заброшено 8 групп латышей численностью от 3 (группа «Вега») до 120 (группа «Незабудка») агентов.

Абверкоманды 102, 104, 166М («Маринен». военно-морская), 206, 304, АСТ «Остланд», АНСТ «Таллин» и другие специальные органы создали на территории Прибалтики множество специальных школ и курсов по подготовке разведчиков, диверсантов и радистов.

В августе 1944 года после освобождения от немцев территории Мадонского уезда Латвии при прочесывании лесного массива в районе Левайссилс контрразведчиками 2-го Прибалтийского фронта был задержан бывший член организации айзсаргов Л.Э. Лаускис. На допросе задержанный показал, что он вместе с группой других агентов оставлен немцами на оседание в тылу Советской армии для ведения диверсионной и пропагандистской работы. В том же месяце, при попытке перехода линии фронта был задержан П.Я. Беркис, который по заданию начальника Мадонской тайной полевой полиции собирал сведения о советских воинских частях.

В сентябре 1944 года органами военной контрразведки 1-й Ударной армии 3-го Прибалтийского фронта была арестована группа агентов-латышей, оставленных немцами на территории Абренского уезда для сбора разведданных о наступающих советских войсках.

В октябре 1944 года в зоне боевой деятельности 3-го Прибалтийского фронта было ликвидировано несколько диверсионно-террористических групп. Среди них была группа Спрингиса, заброшенная в советский тыл 1 октября 1944 года Абвергруппой-206 для проведения терактов в отношении командного состава советских войск. У группы из семи человек было изъято оружие, 19 ящиков аммонала и 48 противотанковых мин.

В это же время в районе города Смилтене была арестована группа диверсантов-латышей во главе с капитаном немецкой армии Зендером. Диверсанты, подготовленные в разве433 доргане «Цеппелин-Норд» были одеты в советскую военную форму, частично в гражданскую одежду и снабжены большим количеством взрывчатки.

В районе латвийской столицы была ликвидирована разведывательно-диверсионная группа во главе с Р. Пусселем (немец), подготовленная Абвергруппой-112, а вместе с ней и обширная радиофицированная резидентура.

Еще в начале августа 1944 года немцами и их пособниками начали создаваться на территории Латвии специальные склады с оружием, взрывчаткой и продовольствием для снабжения действующих антисоветских повстанческих отрядов и подполья. В Рижском уезде формированием таких отрядов и созданием баз для них руководил бывший генерал латвийской армии Я. Курелис. К концу сентября 1944 года ему удалось создать партизанский отряд из 400 человек, который официально именовался «Группой генерала Курелиса 5-го полка айзсаргов». Личный состав отряда прошел курс подготовки по стрелковому и подрывному делу, а также методам действия мелких групп, применительно к тыловой зоне советских войск. При отступлении вермахта отряд был оставлен в Скриверской волости с заданиями диверсионного характера.

Еще несколько групп айзсаргов были вскрыты и ликвидированы советской военной контрразведкой. В их числе группа диверсантов, заброшенная в окрестности Риги Абвергруппой-212 с задачей всеми средствами тормозить продвижение советских войск после отхода немецкой армии. Аналогичное задание имели также группы П.Э. Леминьша и Дамбитиса, подготовленные тем же разведорганом.

Задолго до начала Второй мировой войны высшее руководство эстонской армии и спецслужб установили контакт с соответствующими службами Рейха. Интересы двух стран в области обмена информацией касались, прежде всего, состояния советских сухопутных и военно-морских сил, военно-стратегических планов СССР, уровня мобилизационной готовности, вооружения и снабжения частей РККА Ленинградского военного округа. В 1935 году сотрудники немецкого посольства в Таллине активизировали свою агентурную деятельность. Представители Абвера проводили регулярные совещания с руководством эстонских спецслужб.

В сентябре того же года начальником 2-го отдела контрразведки Генштаба Эстонии был назначен полковник эстонской армии Рихард Маазинг. После его прихода в контрразведку сотрудничество с Германией развернулось на качественно новом уровне. В 1936 году шеф Абвера Канарис впервые посещает Эстонию и ведет секретные переговоры с руководством Генерального штаба эстонской армии и с Маазингом. На них была достигнута договоренность об обмене разведывательной информацией об СССР. Тогда же Абвер создает на территории Эстонии «Группу 6513». совместного с эстонцами разведцентра. Офицером связи между эстонцами и Абвером назначается Андрей фон Юкскюль.

В июне 1936 года Маазинг нанес ответный визит к шефу Абвера в Берлин. Немецкая разведка получила официальное разрешение правительства Эстонии на активизацию действий и снабдила эстонцев фотоаппаратурой с телескопическими объективами и оборудованием для радиоперехвата и организации скрытого наблюдения за советской территорией на всем протяжении эстонско-советской границы.

Фотоаппаратура устанавливается на маяках Финского залива для съемки боевых кораблей советского военного флота.

В августе 1936 года Абвер направил в Эстонию экспертов технического подотдела для улучшения работы службы радиоперехвата. Вскоре Эстонию наводнили немецкие офицеры и инструктора. В воинских частях появились «стажеры», «отпускники», «изучающие язык», стали приходить небольшие боевые эскадры военных кораблей и прилетать немецкие эскадрильи.

В 1937 году Эстонию посещают Канарис и Пиккенброк с целью активизации и координации разведывательной деятельности против СССР.

В 1938 году полковник Маазинг был отправлен в отставку и отбыл в Берлин. Начатое им дело было передано в надежные руки нового начальника 2-го отдела Генштаба полковника Саарсена, при котором отдел фактически превращается в заграничный филиал Абвера. В том же году состоялась еще одна инспекционная поездка Канариса и Пиккенброка в «эстонский филиал». Во время визита к командующему эстонской армией генералу Лайдонеру (бывшему подполковнику Императорской русской армии) Канарис высказал пожелание об активизации работы по сбору информации о численности и типах самолетов советских ВВС. В мае того же года офицер связи Абвера Клее вылетел на секретное совещание в Эстонию. С 1939 года при эстонском Генштабе была аккредитована группа немецких «форбиндунгс офицеров» для связи с управлением «Абвер-Заграница». Вместе с ними эстонцы проводили отдельные разведывательные мероприятия, через них в Берлин шел поток разведывательной информации.

В 1939 году сложился тройственный союз разведок Германии, Финляндии и Эстонии. В июле того же года офицером связи между тремя спецслужбами был назначен фрегаттенкапитан Александр Целлариус (он же Келлер), руководивший одновременно передовым отделом Абвера в Финляндии «Кригсорганизация. Финляндия.».

Вплоть до 1940 года Абвер совместно с эстонцами забрасывает на территорию СССР диверсионно-разведывательные группы, однако все они были нейтрализованы органами госбезопасности.

Разведслужбы Германии действовали в следующих направлениях:

1. Обеспечение своего правительства информацией о Балтийском флоте и определенных для подрывной деятельности районах Ленинградской и Псковской областей с территории Эстонии.

2. Инфильтрация в государственный аппарат Эстонии.

3. Контроль и использование для сбора информации об СССР выходцев из Германии и русских белоэмигрантов.

4. Оказание поддержки спецслужбам Эстонии в борьбе против поползновений советских спецслужб и их пятой колонны.

Помимо союзников в эстонской армии и спецслужбах Абвер находил опору и в проживавших в Эстонии 20 тысячах этнических немцев. В стране существовало более 100 немецких организаций. Особую активность проявляло «Балтийское братство». Именно из его рядов вышел Альфред Розенберг.