А для Некрасова с осени 1861 г. вновь наступило время тяжелых испытаний. Он вернулся в Петербург около середины сентября, когда вокруг «Современника» начались тревожные и трагические события.
Трудно сказать, насколько глубоко он был посвящен в деятельность своих сотрудников, связанную с противостоянием власти. Скорее всего, предполагал, что такая деятельность осуществляется, в какой-то степени сочувствовал ей, как сочувствовали вольнолюбивым настроениям молодежи многие, но не разделял крайности воззрений членов своей молодой редакции. Ведь он принадлежал по жизни и интересам другому кругу. Однако оппозиционное направление журнала поддерживал и не возражал против того, чтобы в нем печатались антиправительственные материалы. Центром этого вольного содружества был, конечно, Чернышевский, которого, как и Добролюбова, Некрасов по-человечески любил.
Разочарованные крестьянской реформой и ожидая активных народных протестов, журнальные вольнодумцы решили усилить пропаганду, перейти к нелегальной деятельности и всеми средствами просвещать и готовить народ к выступлениям против власти. В июле Михаил Михайлов, руководивший иностранным отделом, привез из Лондона отпечатанную в типографии Герцена прокламацию «К молодому поколению», в которой критиковались действия властей, резко осуждалась реформа и содержался призыв к молодежи «всех сословий» возглавить стихийное крестьянское движение. В середине сентября он был арестован и посажен в Петропавловскую крепость за то, что «с замечательной смелостью» распространил эти прокламации по городу, причем экземпляры ее были даже доставлены по почте некоторым министрам и самому графу Шувалову, начальнику Третьего отделения.
Это был первый политический арест при новом царствовании, он многим показался тогда недоразумением, и Некрасов еще не предполагал, какие потрясения ждут «Современник». Через три недели был арестован другой сотрудник журнала, В.А. Обручев, друг Чернышевского и Добролюбова (и, как многие считали, прототип Рахметова в романе «Что делать?»). И беды последовали одна за другой, не отпуская много месяцев.
17 ноября умер от чахотки Добролюбов, и горе этой потери Некрасов преодолевал очень долго. 14 декабря был совершен публичный обряд гражданской казни Михайлова, и в тот же день перед самой отправкой его на каторгу в Сибирь поэт простился с ним в крепости. 18 февраля 1862 г. после недолгой сердечной болезни умер И.И. Панаев, многолетний и бессменный соредактор «Современника». А 27 февраля Обручев был приговорен к пяти годам каторги и бессрочному поселению в Сибирь. Некрасов остался единоличным редактором журнала, и вместе с Чернышевским они держали его до лета. Но жизнь готовила новые удары. В середине июня было объявлено о запрещении на восемь месяцев журналов «Современник» и «Русское слово» «за вредное направление», 2 июля арестован критик Д.И. Писарев, а 7 июля узниками крепости стали сотрудники «Современника» Н.Г. Чернышевский и Н. Серно-Соловьевич. В конце ноября умер отец, Алексей Сергеевич Некрасов.
За годы совместной работы Некрасов успел понять и полюбить своих молодых коллег. Восхищался их честностью, храбростью, готовностью к страданиям за свои идеи, а главное, стремлением неустанно работать во имя своей цели, действовать. Сам по натуре деятель, поэт глубоко уважал их, сочувствовал многим их идеям, некоторые разделял, но понимал, что сам он – человек другого времени и поколения, иного общественного положения – не может так жить, не готов, как они, следовать политической цели, не готов к борьбе с властью и подвигу. Он живет другой жизнью, хотя и преклоняется перед жертвами, понесенными этими людьми. Небольшая поэма «Рыцарь на час», одно из лучших исповедально-лирических произведений Некрасова, написанная в 1862 г., пронизана этими настроениями. Поэма была послана М. Михайлову на каторгу.
Так сложилось, что тяжелейшее в жизни поэта время оказалось в обрамлении двух его «народных» поэм. «Коробейники» этому времени предшествовали, «Мороз, Красный нос» помогал выйти из кризиса.
В ноябре 1862 г. Некрасов был вызван в деревню к умирающему отцу. Здесь начал он работу над «зимней» крестьянской поэмой, темой которой стало горе крестьянской семьи, потерявшей кормильца, и называлась она поначалу «Смерть Прокла». Этот первоначальный вариант был напечатан в журнале Достоевского «Время» в январе 1863 г.
Однако работа над поэмой продолжалась много месяцев. Текст ее был дополнен несколькими главами, и к прежней теме (смерть крестьянина), прибавилась новая – душевная красота и мужество русской женщины из народа, что обогатило содержание поэмы и придало ей более глубокий смысл. В первом номере «Современника» за 1864 г. поэма появилась в окончательном своем виде и с новым названием: «Мороз, Красный нос».
Выступая с чтением ее 18 февраля на вечере Литературного фонда, Некрасов обратился к слушателям с объяснением, что его произведение «не имеет никакой тенденции» (т. е. он не собирался рисовать лишь тяжкие стороны жизни крестьянства), он просто хотел написать в поэме «несколько картинок русской сельской жизни», т. е. обычной каждодневной жизни крестьян и «изобразить судьбу нашей крестьянской женщины».
Предпосылая поэме слова о русских женщинах «Есть женщины в русских селеньях…», Некрасов дает понять читателю, что его Дарья – из них. Но судьба ее сложилась трудно: «И ты красотою дивила, была и ловка, и сильна, но горе тебя иссушило, уснувшего Прокла жена». Кормилец умер, и на плечи молодой вдовы ложится забота о детях и стариках родителях и весь непосильный для женщины крестьянский труд. И она покорно и мужественно принимает выпавшие ей на долю испытания.
В видениях замерзающей Дарьи раскрывается ее любящее сердце, преданность мужу и семье, стойкость и мужество. Поэзией проникнуты ее воспоминания, ею одухотворено все, что ее окружает. Таким богатым, светлым и поэтическим душевный мир крестьянской женщины был показан в русской поэзии впервые. С нею в поэму органично входят народные обряды, обычаи, приметы, помогающие раскрыть душу народа, полную поэзии, обогащенную извечным близким общением с природой.
Поэма «Мороз, Красный нос» едва ли не вершина творчества Некрасова. В книге французского слависта Ш. Корбе «Некрасов, человек и поэт» (1948) она названа подлинным произведением мирового искусства, в котором великолепно отражены национальные черты русской жизни: пейзажи, язык, нравы, характеры, но своего общечеловеческого мирового значения она не теряет, а Дарью ученый назвал лучшим женским образом всей поэзии Некрасова, идеалом женщины и матери.
После закрытия «Современника» летом 1862 г. в Петербурге ходили упорные слухи, что Некрасов не станет возобновлять журнал или поменяет его направление. Однако в феврале 1863 г. сдвоенный его номер вышел, и имена сотрудников прежней редакции: М.А. Антоновича, А.Н. Пыпина, Г.З. Елисеева, Ю.Г. Жуковского – представлены были на его страницах, что сразу опровергало слухи о ренегатстве Некрасова. Потерявший важнейших сотрудников, журнал сохранил прежнее оппозиционное направление и достаточно высокий уровень публикаций. В журнал пришли Г.И. Успенский с «Нравами Растеряевой улицы», Ф.М. Решетников с повестью «Подлиповцы»; замечательным нововведением стало ежемесячное сатирическое обозрение «Наша общественная жизнь», которое вел М.Е. Салтыков-Щедрин, имевший уже громкое литературное имя и вошедший в состав редакции. А еще через некоторое время появилось сатирическое прибавление «Свисток», в котором и Некрасов часто помещал свои фельетоны. Главным же свидетельством сохраненного курса было объявление о том, что с 3-го номера журнал начнет публиковать новый роман Чернышевского «Что делать?».
Публикация только что написанного в крепости романа в первых номерах возобновленного журнала свидетельствовала о настоящей журналистской хватке и немалом мужестве его редактора, который не только на медведя ходил в одиночку, но и позволял себе поступки гражданские, требующие не меньшей храбрости. Роман был напечатан практически без цензурных изъятий и надолго стал настольной книгой для нескольких поколений молодежи. Только после выхода последней главы власти спохватились, роман был запрещен и до 1905 года в Росси, в легальной печати не издавался.