Зима обошлась без столкновений. К весне 1786 года количество аманатов приблизилось к четырем сотням. Многие работные завели себе жен. Население русской колонии перевалило за 700 человек.

Наталье Алексеевне пришлось пережить длительный период налаживания дружеских отношений с местными жителями. Находясь вместе с мужем и двумя детьми на о. Кадьяк в течение почти двух лет, она развернула энергичную деятельность по сближению с аборигенами. Так, например, она была крестной матерью алеутской женщины, жены Василия Меркульева, передовщика. Кроме того, она лечила алеутов подручными средствами и сама с интересом изучала их быт и традиции. Как женщину ее интересовали и рецепты снадобий, и хитрости кухни, и тонкости местного «этикета».

Вскоре в Трехсвятительской гавани открылась школа, в которой двадцать пять алеутских мальчиков стали обучаться русскому языку и другим наукам. Сам Шелихов уделял большое внимание распространению христианства среди туземцев. В первую очередь это относилось к детям-аманатам, он с удовольствием отмечал «склонность коняг к учению». Чтобы накормить всех, артельные котлы сутками не снимали с огня, и не раз они прогорали. Вскоре закончилась мука, крупы и соль. Хлеб не родился. Из овощей росли только репа и редька, но козы чувствовали себя хорошо. На острове Наталья Алексеевна помогала также в распределении среди работных людей продуктов в долг.

Осенью с Уналашки пришло известие о судьбе пропавшего «Св. Михаила». Из-за нерадивости капитана он потерял оба якоря и был выброшен на берег. Теперь ему предстояла серьезная починка.

Наладив быт в поселениях и оставив распоряжения управляющим, Шелихов решил отправиться в обратный путь. Перед отъездом он позаботился и о том, чтобы на островах Семида, Афогнак и в Кенайском заливе были заложены крепости.

5 мая 1786 года «Три Святителя» с экипажем из двенадцати человек, сорока пассажирами, детьми-аманатами и грузом мехов вышел в море. …Но одного пассажира на борту недосчитались. За полтора месяца до отплытия Михаил Григорьевич Шелихов, семи лет, был похоронен на кладбище Трехсвятительской гавани. С тяжелым сердцем покидала эти земли Наталья Алексеевна, но было и предчувствие радости, ведь они возвращались домой. 28 июня галиот встал на Петропавловском рейде. Хлеба на Камчатке, как всегда, не хватало, а цены на меха упали. Тем не менее Шелихову удалось выгодно перепродать товар перекупщикам, которые отправили груз в Мокао и Кантон. А сам с Натальей Алексеевной и пятнадцатью детьми из числа аманатов с Кадьяка направился в сторону Охотска. Этих мальчиков Шелихов намеревался определить на обучение в Иркутске. Хотя это дело обещало обойтись недешево, купец дальновидно полагал, что оно с лихвой окупится и принесет пользу его делу.

Вскоре пассажиры сошли на берег в Охотске, преодолев прибойную волну на шлюпках. Операция была проведена с особой осторожностью, дабы избежать встречи с начальником охотского порта Иваном Гавриловичем Кохом. Этот Кох был всем известен как страшный мздоимец, а такая слава на просторах ко всему привыкшей Сибири свидетельствовала о многом. Сам же о себе он говаривал так: «На небе Бох, а в Охотске – Кох». Вот только как на старуху бывает проруха, так и на Коха… нашелся добрый молодец, – обвели его вокруг пальца. Прискакав на берег для встречи груза мехов, Кох был встречен широкими улыбками и заверениями купца, что товара нет. Шелихов не обманывал, просто он подсуетился и своевременно обеспечил тылы – весь пушнинный запас был уже на пути в Китай.

В Якутске Шелиховы провели лишь день и двинулись далее по льду Лены на юг. В своем докладе генерал-губернатору Григорий Иванович писал, что в пути пришлось ему и жене претерпеть «несказанные трудности и опасности». Это были и ночевки прямо на снегу при сорокаградусных морозах, и жестокие вьюги, и опасность стать жертвой ватаги разбойников, ведь в кожаной суме они везли наличные деньги, причем немалые. Прибыв в Иркутск, Наталья Алексеевна тут же взялась за хозяйство и устройство алеутских детей, а Григорий Иванович, проверив счета своего приказчика, сел писать пространные и обстоятельные отчеты иркутскому и колыванскому генерал-губернатору. Целью его было обозначить приоритет компании и добиться права монопольной эксплуатации американских земель. Кроме того, Шелихов стремился поставить компанию под формальное руководство иркутского генерал-губернаторства, «дабы ниоткуда, а паче от правительств, устроенных в Охотской области и в Камчатке, не последовало помешательств». Он также настаивал на отправке двух священников и диакона, обязуясь содержать их за свой счет. Просил послать в Америку мастеровых и военных, до ста человек, ну и денег, конечно. Губернатор отправил рапорт в Санкт-Петербург. Бумаги прибыли туда в конце мая, почти одновременно с самим Шелиховым.

Ознакомившись с докладами, государыня изволила пожаловать Г.И. Шелихова и его компаньона И.Л. Голикова почетными шпагами, золотыми медалями и именными грамотами, но в остальном отказала, мотивируя это войной с Турцией. Однако в личном архиве императрицы сохранились записи, из которых становится очевидно, что Екатерина II не доверяла купцам и всерьез опасалась повторения в русском варианте событий, аналогичных Войне США за независимость.

Надо сказать, что Шелихов показал себя дальновидным человеком, когда претендовал получить монополию на пушной промысел. Он рассказывал о детенышах тюленей, умирающих из-за того, что охотники истребили всех маток, о том, что на некоторых островах не осталось вообще морских выдр, – словом, он обещал действовать по-другому: как человек, заинтересованный в постоянном промысле, а не в единовременном обороте. Одновременно он и его супруга посылают два прошения, одно – в Синод о предоставлении священников для «обращения инородцев в веру православную и их духовного возрождения», второе – об отправлении каторжников для колонизации малозаселенных русских земель в Америке. Шелихов обещал на свои деньги построить корабли для переправки этих людей, гарантировал их полное довольствие, а также намеревался взять с собой партию домашних животных для разведения, что свидетельствовало о далекоидущих планах основателей первой Российско-Американской компании.

Пребывание в столице не прошло для Натальи Алексеевны даром, она многое повидала, многому научилась, круг знакомств Шелиховых пополнился «немаловажными персонами». По возвращении из Петербурга Шелиховы построили в самом богатом и почетном месте Иркутска – приходе Тихвинской церкви – большой деревянный дом, где Наталья Алексеевна стала полноправной хозяйкой. Все это демонстрировало местному обществу успехи компаний мужа и укрепляло положение Натальи Алексеевны в среде купечества и дворянства. Так что совсем не зря многие исследователи деятельности Г.И. Шелихова отмечали, что Наталья Алексеевна стала не только надежной спутницей в его странствиях, но и деятельной помощницей в делах. Во время многочисленных отъездов Шелихова в Охотск, где он руководил на месте снаряжением торгово-промысловых экспедиций, строительством судов и другими делами, все текущие вопросы, связанные с хозяйством, взаимоотношениями с разными деловыми партнерами мужа в Иркутске, ложились на плечи Натальи Алексеевны. Лишь письма особо важных персон она пересылала Григорию, по остальным вопросам принимала решения сама. Известно, что она не раз проводила деловые переговоры о торговых операциях от имени своего супруга. Наталья Алексеевна поддерживала тесные отношения с генерал-губернатором и частенько имела честь бывать в гостях у госпожи губернаторши. Хотя тот и прослыл строгим начальником, но с Шелиховыми у Ивана Андреевича Пиля сложились добрые отношения, и он вскоре стал лоббировать интересы их компании. В частности, информацию о том, что усердие компании Голикова – Шелихова может заслуживать высочайшего внимания «особенно в деле снабжения Камчатки и Охотска всякого рода припасом и по части расширения торговли с Китаем», он старательно доводил до императрицы Екатерины II.