Среди профессоров Московской духовной академии в то время преподавали такие известные ученые, как Ф.А. Голубинский, Е.В. Амфитеатров, А.В. Горский. Их лекции производили на молодого студента-священника огромное впечатление, располагая к усиленным научным трудам.
«Между студентами, особенно часто посещавшими академическую библиотеку, – писал бывший бакалавр академии, впоследствии архиепископ Ярославский Леонид (Краснопевков), – приметен был один молодой священник с светлыми волосами, чрезвычайной худобы в теле и с приятной смесью чего-то кроткого, серьезного и добродушного в лице. Его, переходящего с книгами от шкафа к шкафу, и его короткую рясу я врезал в памяти навсегда. Этот священник поступил из Владимирской епархии, где был иереем Муромского собора. Овдовев, он возвратился к науке, и недаром: его скоро поставили в числе первых десяти студентов. Мои лекции были, вероятно, хуже прочих, однако и их он посещал усердно и слушал внимательно. Это мне памятно потому, что одежда резко отличала его от прочих слушателей и он садился впереди».
1 октября 1848 года, в день Покрова Пресвятой Богородицы, молодой студент-священник Иоанн Тихомиров, согласно прошению, был пострижен в монашество с именем Савва, во имя преподобного Саввы Вишерского, чья память отмечалась также в этот день. Постриг совершил ректор академии архимандрит Алексий (Ржаницын), восприемником при пострижении был инспектор академии иеромонах Сергий (Ляпидевский). Митрополит Филарет (Дроздов) прислал новопостриженному иеромонаху параман и рясу.
«Древняя мимоидоша, – писал иеромонах Савва в своем дневнике, – се быша вся нова: новое имя, новая одежда, новые правила жизни; о, если бы Господь обновил и дух правый во утробе моей! С благоговейным трепетом усматриваю я особенное призвание Божие к иноческой жизни во всех прежних обстоятельствах своей жизни. Смотрите, в самом деле, как постоянно и вместе с тем очевидно Господь отрешал меня от мира и призывал на служение Себе; взял у меня родителя прежде, нежели я увидел свет, лишил матери в то время, когда я еще имел крайнюю нужду в попечении, определил испытать мне горький жребий сиротства, с той, конечно, благой целью, чтобы заблаговременно ознакомить меня с тесным путем креста. Но вот, после долгого томления в сиротстве, краткое время дает мне вкусить некоторую сладость жизни в семейном благополучии, но и здесь скоро начинаются опять прежние лишения: умирает сын, который при своей жизни естественно привязал бы меня к миру; наконец лишился того, что привязывало меня к миру, – жены; все это не ясные ли, постепенно, более и более, возвышающиеся гласы божественного воззвания меня от бурного моря к тихому пристанищу монашеского жития? Да будет же благословенна воля Божия, избравшая и посвятившая меня на служение Себе, можно сказать, из чрева матери!»
В 1850 году иеромонах Савва окончил академию со степенью магистра богословия и был назначен митрополитом Филаретом (Дроздовым) Синодальным ризничим. Теперь иеромонах Савва большую часть времени посвящает церковной археологии. Он занимается описанием более примечательных предметов ризницы и библиотеки, и в 1855 году явился составленный им «Указатель для обозрения Московской Синодальной (патриаршей) ризницы». Этот труд принадлежал к числу замечательных явлений ученой литературы по церковной археологии и палеографии и удостоен был Демидовской премии. Служение в должности ризничего позволило ему познакомиться со многими учеными, как русскими, так и иностранными. Среди них С.М. Соловьев, О.М. Бодянский, С.П. Шевырев, Ф.И. Буслаев. С этого времени началось близкое знакомство отца Саввы с отцом Леонидом (Краснопевковым), переросшее в искреннюю дружбу. В письмах отец Савва советовался с отцом Леонидом по самым разным вопросам, будь то обсуждение в обществе смерти великого русского писателя Н.В. Гоголя или сохранение монашеского звания в чистоте от окружающего мира. 1 октября 1852 года отец Леонид писал отцу Савве: «В послании Вашем спрашиваете моего мнения в прогулке на выставку. Скажу не обинуясь: и в церковь иду с предосуждением для себя, если хочу сделать во храме Божием выставку из себя, но и с выставки в манеже могу возвратиться без всякого предосуждения, если мое монашество ходило туда со мною. Мы монахи, но по положению своему не пустынники; нам невозможно и даже не должно вовсе бегать от столкновений с миром, но должно соблюдать себя неоскверненными от мира. Урок наш труден; но кто знает, был ли бы другой легче для нас. Вот мое искреннее мнение, по Вашему требованию высказанное: судите, не осуждайте. Христос посреди нас ныне и вовеки».
15 мая 1855 года отец Савва был возведен в сан архимандрита – звание, которого не имел ни один из прежде бывших ризничих. По свидетельству архимандрита Леонида (Краснопевкова), архимандрита Савву отличала «готовность всякому служить своими знаниями, своим временем, своими учеными связями, делала библиотеку и ризницу общедоступной сокровищницею старины; а лицо Синодального ризничего поставляли в общем мнении так высоко, как оно никогда не возвышалось. И русские не могли довольно похвалиться им, и ученые иностранцы, особенно которые могли говорить с ним по-латыни, делали о нем великолепные отзывы».
Добросовестное исполнение своих обязанностей помешало отцу Савве стать ректором Вифанской духовной семинарии. Когда митрополит Филарет решил определить его на эту должность, известный писатель и историк А.Н. Муравьев возразил владыке: «Архимандрит Савва – ризничий примерный, а ректор будет, может быть, посредственный; на ректорскую должность Вы можете найти способного человека; а где Вы можете взять такого человека на должность ризничего?» Митрополит изменил свое намерение, и ректором был определен архимандрит Игнатий (Рождественский). После этого случая архимандрит Савва еще около двух лет оставался в должности ризничего.
18 мая 1859 года архимандрит Савва был назначен ректором Московской духовной семинарии. «Не без смущения и трепета сердечного вступаю в новую должность. Всего более страшит меня мысль, оправдаю ли ту лестную и утешительную для меня доверенность, какую Вы благоволили оказать мне. Свидетельствуюсь моей совестью, что ревность и готовность к полезной деятельности имею; но успеха в делах ожидаю от помощи Божией и от Вашего архипастырского руководства», – писал он митрополиту Филарету.
«Иным казалось, что, уклонившись в специальность археологии, – писал епископ Леонид (Краснопевков), – он не подымет бремени ректорства; оказалось противное. Умом просвещенным, характером открытым и твердым, без жестокости, он совершенно овладел своей должностью. Он был тяжел только для врагов порядка. В семинарии завелись было преподаватели с либеральными тенденциями – он смело ограничил их; был, конечно, непопулярен в семинарии, но поддержал порядок».
21 января 1861 года, согласно ходатайству митрополита Филарета, Святейший Синод назначил архимандрита Савву ректором Московской духовной академии. Получив новое назначение, особенно его пугало чтение лекций по догматическому богословию, так как он считал себя не подготовленным к этому предмету. Обладая ровным, благодушным, но в то же время твердым характером, он вскоре овладел благорасположением к себе корпорации профессоров и студентов. Но недолго пришлось архимандриту Савве пребывать в стенах духовной академии, так как вскоре ему был приготовлен путь архиерейского служения. «Не долго Вы с нами жили, – писал отцу Савве А.В. Горский, узнав о новом его назначении, – но влияние Вашей деятельности отозвалось благотворно в жизни академической. Этого не забудет академия».
4 ноября 1862 года архимандрит Савва был хиротонисан во епископа Можайского, второго викария Московской епархии. Хиротонию совершал митрополит Филарет в Успенском соборе Московского Кремля в сослужении архиепископа Евгения (Казанцева) и епископов Леонида (Краснопевкова) и Никанора Фиваидского (впоследствии патриарха Александрийского).
«Слезы струились из глаз первосвятителя, – писал преосвященный Леонид, участвовавший в этой хиротонии, – когда у престола, над главой коленопреклоненного поставляемого, читал он тайные молитвы, а Евангелие и руки архиереев возлежали на ней. Да, дивны пути Промысла Божия в судьбе преосвященного Саввы. Сирота прежде рождения достигает и высшего образования, и почестей высшего звания в Церкви. На 32-м году жизни отец Савва только что окончил курс академический, а 43-х лет он – архиерей. При самом выходе из академии сходит с дороги училищной службы и делается впоследствии ректором академии; действует с такой прямотой, что, по-видимому, разрушает свое внешнее благополучие, и, однако же, прежде многих старейших призван к высшему служению Церкви».
