Недовольство зрело и в крепостях. Сформировать множество гарнизонов одновременно из профессиональных военных правительство было не в состоянии и набирало для службы в них людей из низших сословий. Кое-где воеводам разрешено было записывать на службу помещичьих крестьян, вольных людей с посадов, казаков, стрелецких детей и просто гулящих людей. Стекались туда и беглые крестьяне и холопы. Иной раз достаточно было привести с собой лошадь, чтобы быть записанным на службу, — воеводы предпочитали лишних вопросов не задавать. Служба была тяжелой, многие пытались самовольно ее оставить. Беглых били кнутом и заключали в тюрьму. Некоторых ожидала смертная казнь.

Недовольны были и московские стрельцы, которых посылали в эту глушь для укрепления гарнизонов. По уставу они должны были служить там несколько месяцев до прибытия смены, но на деле застревали в крепостях на неопределенное время, оставив в столице семьи и доходные промыслы.

Наконец, за Лжедмитрия горой стояло южное мелкопоместное дворянство. Дворяне неохотно переселялись на южные неосвоенные земли, поэтому правительство отправляло туда на житье детей боярских из мелкопоместных семей принудительно. Им давали небольшие участки земли, но обрабатывать их они должны были сами. Голод и крестьянские законы Годунова поставили этих людей на грань разорения, и терять им было нечего.

Весной 1605 года правительственные войска полностью утратили боеспособность. В течение многих недель огромная армия стояла под небольшой крепостью Кромы, которую удерживали сторонники Лжедмитрия. Дожди, болезни и весеннее половодье измотали войско, солдаты разбегались. Многие знали, что царь болен и долго не протянет. И действительно, 13 апреля 1605 года Борис Годунов скончался. Приближенные его сообщают, что в последние недели перед смертью он все чаще впадал в сомнения, почти лишался рассудка и не знал, верить ли ему, что Дмитрий жив или что он умер.

К лету 1605 года все южные области России, в освоение которых правительство Годунова вложило столько сил и средств, оказались охвачены восстанием. Дорога на Москву была открыта.

Через три дня после смерти Бориса Годунова Москва присягнула его 16-летнему сыну Федору Борисовичу. Присягнули и крупнейшие города России — Новгород, Казань, Астрахань, а также Поморье и Сибирь. Возможно, Федор стал бы неплохим государем. Он получил прекрасное образование и обладал явными способностями. Но он был внуком Малюты Скуратова, это и обрекло его на гибель.

Как ни странно, роковую роль в судьбе Федора сыграл текст присяги. Там не было ни слова о беглом монахе, воре и еретике Гришке Отрепьеве, которого правительство Годунова неустанно обличало, но шла речь о неком «князе Дмитрии Углицком». В результате сомнения подданных только усилились. Кто этот «Дмитрий Углицкий»? Не подлинный ли это царевич? Уже через несколько дней после присяги пошли слухи, что Борис покончил с собой в страхе перед сыном Грозного. В Москве начались волнения. Народ немного успокоился лишь после приезда в Москву князя Мстиславского и братьев Шуйских. Князь Василий Шуйский, руководивший следствием в Угличе, поклялся, что царевича Дмитрия нет в живых, а «путивльский вор» — это беглый монах Отрепьев.

Правительственные войска между тем еще оставались под Кромами. На подмогу армии был направлен герой обороны Новгорода-Северского Петр Басманов (свой героизм, впрочем, он проявлял там не в сражениях, а в искоренении «измены»). Под Кромами Басманов продолжил свою сыскную деятельность. Очень скоро ему стало ясно, что в войске куда больше тайных приверженцев Лжедмитрия, чем тех, кто хранит верность правительству. После некоторых колебаний Басманов, у которого к родне нового царя были собственные счеты, вошел в заговор, в котором участвовали некоторые воеводы и дети боярские из Тулы, Рязани и северских городов. Поддерживала заговорщиков и чернь — холопы, казаки, «даточные люди» и часть стрельцов. Заговорщики планировали захватить командный состав и присягнуть Лжедмитрию.

Мятеж начался 7 мая перед рассветом. Все прошло, как и задумывалось. Басманов распорядился связать командиров, его люди подожгли с нескольких сторон лагерь. Поднялась суматоха, заговорщики с криками «Да здравствует царь Дмитрий!» решительными действиями изгнали своих противников из лагеря. Обошлось без стрельбы. Верные правительству воеводы могли бы уничтожить изменников огнем из пушек, но не решились. Вместе с ними из-под Кром ушли и тысячи дворян и прочих ратных людей. Нестройными толпами они три дня шли к Москве.

На стороне самозванца оказалась многотысячная армия и способные военачальники. Через несколько дней войско было приведено к присяге Лжедмитрию, а уже утром 1 июня в Москву в сопровождении казачьего отряда вошли его посланцы — дворяне Гаврила Пушкин и Наум Плещеев. С Лобного места они огласили грамоту «истинного царя», обещавшего всем высшим сословиям льготы и милости, а тем, кто воевал против него, — прощение. Народу же были обещаны «тишина», «покой» и «благоденственное житье». В распоряжении царя Федора Борисовича и Боярской думы было несколько тысяч стрельцов и пушки, но сделать они ничего не могли. В городе началось восстание. Бояре еще пытались вовлечь Пушкина и Плещеева в переговоры, а казаки и присоединившиеся к ним москвичи уже освободили из тюрем заключенных (к тому времени в московских тюрьмах томилось огромное количество «воров» и пленных). На Красной площади собралась несметная толпа, которая ворвалась в Кремль. Царь успел укрыться, но его поначалу и не искали — люди бросились грабить царские хоромы, дворы Годуновых (да и прочие богатые дворы). Убийств не было, но и без жертв не обошлось: толпа разгромила винные погреба, и около 50 человек упились до смерти. К полудню волнения утихли — москвичи не знали, что делать дальше. Позже царь и его мать были обнаружены и заключены под домашний арест. 3 июня бояре поехали в Серпухов на поклон к самозванцу.

Из Серпухова по дальним городам полетели грамоты о предстоящем восшествии самозванца на престол. Уже прибыли руководители приказов и иностранные дипломаты. Бояре устроили в честь «царевича Дмитрия» роскошный пир. Все говорило о том, что вопрос о его восшествии на престол уже решен, и дело лишь за условиями его соглашения с правящей верхушкой. Бояре же были готовы на все. Из усыпальницы в Архангельском соборе извлекли тело Бориса Годунова и выставили его на поругание. «И камение на нь метали, и ногами пхати тело его поверженное и на земле лежащее», — сообщает летопись. Однако самозванцу и этого было мало. Он объявил, что не приедет в Москву, «прежде чем не будут уничтожены те, кто его предал… Пусть уберут с дороги также и молодого Федора Борисовича с матерью». 8 июня в Москву с предписанием об уничтожении царской семьи прибыла особая комиссия под руководством боярина князя Василия Голицына. Приказ без промедления был выполнен. Палачи удавили царицу и ее сына. Дочери Годунова Ксении сохранили жизнь. (По некоторым сведениям, Лжедмитрий надругался над ней и несколько месяцев держал ее при себе, прежде чем отослать в монастырь.) Сразу после расправы князь Голицын объявил, что царская семья покончила с собой, но никто этому не поверил. Гробы с телами были выставлены на всеобщее обозрение, и тысячи москвичей своими глазами видели следы от веревок. Комиссия Голицына расправилась и с патриархом Иовом, до конца хранившим верность Годуновым. Его лишили сана и заточили в Успенский монастырь в Старице.

20 июня 1605 года Лжедмитрий I торжественно, под колокольный звон вступил в Москву. Народ ликовал. На Лобном месте самозванца встретили представители московского духовенства. После молебна Лжедмитрий, посетив Успенский и Архангельский соборы, занял престол в Тронном зале. Под окнами дворца стояли польские роты с развернутыми знаменами.

В тот же день Лжедмитрий сменил всю кремлевскую стражу, а на другой день велел созвать священный собор, чтобы выбрать новое церковное руководство. Патриархом стал выходец с Кипра Игнатий, архиепископ рязанский. Игнатий принял сторону самозванца еще в Путивле и теперь получил заслуженную награду. (Чтобы соблюсти видимость законности, собор вначале восстановил Иова в сане и тут же снова лишил его патриаршества).