Успех проповедников-старообрядцев тревожил светские власти и духовенство, и в 1681 году был созван церковный собор. Речь на нем шла об укреплении официальной церкви и о том, как подавить сопротивление реформе. Главным итогом собора стало требование предавать противников церковной реформы «градскому суду». Хотя молодой царь выступал за смягчение наказаний, это решение стало основанием для жесточайших репрессий против раскольников (по Соборному уложению 1649 году за ересь полагался костер; вопрос был в том, считать ли старообрядцев заблудшими братьями или закоренелыми еретиками). Весной 1682 года вспыхнул главный костер раскола — в деревянном срубе «за великие на царский дом хулы» был сожжен протопоп Аввакум.

Смягчение уголовных наказаний, предпринятое правительством Федора Алексеевича, знаменовало новый поворот в развитии страны. Прежде ничего подобного Россия не знала. В 1679 и 1680 годы указано было преступникам «рук и ног и двух перстов не сечь», а ссылать в Сибирь «на вечное житье на пашню». В те же годы все чаще отменялась одна из самых жестоких казней, как правило, применявшаяся к женщинам, — «окапывание» в землю (преступниц закапывали вертикально, оставляя на поверхности только голову, и спустя несколько дней они умирали). А в 1680 году по всем городам разослали грамоты о том, чтобы в тюрьмах никого долго до решения дел не держали, а решали бы дела без промедления.

^{Сожжение разрядных книг при царе Федоре Алексеевиче. 1682 г.}

В начале 1682 года царь Федор провел главную свою реформу — отменил местничество. Обычай этот подрывал единство российской знати и самым пагубным образом сказывался на боеспособности русской армии. Требовалась коренная реформа вооруженных сил, а без отмены местничества провести ее было бы невозможно. В конце 1681 года царь повелел составить комиссию, в которую вошли выборные представители служилых людей. Возглавил ее один из знатнейших бояр, князь Голицын. 12 января 1682 года царь объявил, что от местничества «происходила великая пагуба и ратным людям великое умаление», и велел сжечь разрядные книги, куда записывались все распоряжения правительства о назначениях на военную и гражданскую службу и которые служили основанием для местнических споров. Как ни странно, никаких возражений не последовало. Минувшие военные кампании уже приучили бояр к тому, что на войне они «без мест» — то есть решающее значение придавалось компетентности, а не знатности. Приближенными государя все чаще становились люди совсем неродовитые — как Афанасий Ордын-Нащокин при Алексее Михайловиче, которому Россия обязана дипломатическими успехами 1660-х годов.

Незадолго до смерти Федор самое пристальное внимание уделял проекту создания высшей школы — Академии, где «науки гражданские и духовные, начиная от грамматики, пиитики, риторики, диалектики, философии разумительной, естественной и правной, даже до богословии, учащей вещей божественных и совести очищения, постановить». Проект Академии возник не на пустом месте — в 1680 году при Печатном дворе в Москве открылась школа, где обучали греческому языку несколько десятков учеников. Славяно-греко-латинская академия, открытая в Москве в 1687 году, во многом соответствовала этому первому плану.

Федор скончался 27 апреля 1682 года, не оставив наследника. Царица Агафья умерла при родах 14 июля 1681 года, а через несколько дней умер и сын Федора.

Жизнь шла своим чередом, а между тем в России начинался очередной династический кризис.

^{Князь В. В. Голицын. Гравюра Л. Тарасевича.}

По праву наследовать престол должен был брат Федора Иван Алексеевич. Однако тот был почти слеп и сильно отставал в умственном развитии. Все понимали, что за него будут править другие, а именно царевна Софья с Милославскими. Возвращение Милославских к власти не устраивало не только приближенных покойного царя, которым грозила неминуемая опала, но и сторонников другого царевича, десятилетнего Петра. Они догадывались, что с воцарением Ивана его приближенные сделают все, чтобы Петр никогда не смог претендовать на престол. Государственная необходимость, логика и чувство самосохранения подсказывали боярам объявить царем совершенно здорового Петра. Их поддерживал и патриарх Иоаким. Атмосфера накалялась. К счастью, обошлось — Иоаким обратился к собравшимся на площади людям, те выкрикнули Петра, и патриарх сейчас же благословил его на царство.

^{Иван V и Петр I Алексеевич. Гравюра Ф. Иоллана. 1685 г.}

Но Петр был мал, и, по обычаю, правление должно было перейти к его матери, Наталье Нарышкиной. Софья, чтобы не допустить правления мачехи, была готова на все. Милославские умело воспользовались недовольством стрельцов, которые еще при жизни Федора выражали недовольство поборами своих полковников и незаконными вычетами из жалованья. Челобитные их, однако, возымели обратные последствия: жалобщиков били кнутом и отправили в ссылку.

Смена государя подтолкнула стрельцов к действиям, и на третий день после воцарения Петра они явились во дворец и потребовали взыскать с полковников все невыплаченные им деньги (сумма доходила до 2 тысяч рублей). Правительство обещало наказать полковников. Почувствовав силу, стрельцы стали свободно распоряжаться в городе. Царевна Софья, Милославские и знаменитый воевода Иван Хованский всячески их подстрекали. Заговор готовили тщательно. Не забыли составить и список тех, кого надо убить.

Бунт начался 15 мая, когда сторонники Милославских объявили, что Нарышкины задушили царевича Ивана. Стрельцы ударили в набат и двинулись к Кремлю. Стрелецкие слободы находились в пригородах, и бунтовщикам нужно было пройти Земляной город и Белый город. Ворота этих мощных крепостей были открыты. Не успели запереть и кремлевские ворота, и Наталье Нарышкиной ничего не оставалось, как выйти вместе с патриархом, Петром и Иваном на Красное крыльцо. Стрельцы заподозрили было обман, спрашивали у Ивана, точно ли он настоящий царевич Иван Алексеевич и не «изводит» ли его кто. Иван сказал, что ему не на что жаловаться. Бояре начали увещевать стрельцов и почти добились успеха, как вдруг явился глава стрелецкого приказа князь Долгорукий и обрушился на своих подчиненных с бранью и угрозами. Стрельцы тут же забыли все увещевания, схватили своего ненавистного начальника и бросили его на копья. Пролилась первая кровь, и остановить стрельцов было уже невозможно — с оружием они ворвались во дворец. Наталья Нарышкина едва успела укрыться в Грановитой палате.

Три дня продолжался бунт. В первый день, 15 мая, многие из «черного списка» были убиты, но Ивана Нарышкина бунтовщики так и не нашли. На другой день стрельцы, угрожая перебить всех бояр, потребовали его выдать. Нарышкина стрельцы считали главным изменником и, не получив его, успокоиться не могли. В Кремле понимали это, и 17 мая Нарышкина отдали на растерзание. Его долго пытали, а потом рассекли на части на Красной площади. После этого бунт пошел на убыль. Еще несколько дней стрельцы вымогали у правительства деньги и имущество убитых, требовали наказать неугодных им лиц. Правительство шло им навстречу — цели подстрекателей бунта были достигнуты, Милославские убрали своих противников. Но реальной правительницей сделалась Софья — кроме нее, никто не рискнул взять на себя ответственность.

Между тем, пока царем оставался Петр Алексеевич, правление Софьи не могло быть законным. Сторонники царевны снова использовали стрельцов — те потребовали, чтобы оба брата, Иван и Петр, царствовали вместе. Бояре и патриарх не противились, и в России установилось двоецарствие, причем Ивана объявили первым царем. Стрельцы, однако, на этом не успокоились и потребовали теперь, чтобы правительницей при молодых царях стала царевна Софья Алексеевна. Никто не стал возражать.