Неклассическое научное знание организовано как совокупность разных научных парадигм (греч. παράδειγμα – образец), между которыми не обязательно существует отношение строгой преемственности: каждая из них по-своему определяет исследуемую эмпирическую реальность и руководствуется специфической исследовательской программой (Кун, 1977; Лакатос, 2003). Коль скоро единая «окончательная теория» здесь принципиально невозможна, основной формой научного знания считается не всеобщий закон, а научная гипотеза, выдвигаемая и тестируемая в рамках некоторой частной онтологии согласно определённым правилам, которые могут быть разными для дисциплин, изучающих разные фрагменты реальности. Важной частью этой общенаучной парадигмы является эволюционная эпистемология, уподобляющая историческое развитие науки и научных дисциплин процессу биологической эволюции, при этом вместе с эволюцией самой науки меняются и критерии научности знания (Hull, 1988; Гайденко, 1991; Меркулов, 1996; Хахлеег, Хукер, 1996; Поппер, 2000).

Признание столь сложного характера познавательной ситуации сделало в высшей степени актуальным тесное взаимодействие собственно науки и философии науки. Если классическое естествознание позволяет себе отвергать это взаимодействие как якобы препятствующее прогрессу знания о том, что есть «на самом деле» (Вайнберг, 2008), то в неклассической науке это взаимодействие считается фундаментально значимым (Griffiths, 1974; Мейен, 1990; Койре, 2003; Hofynski, 2005). Это значит, прежде всего, что серьёзное, а не декларативное обсуждение научной состоятельности той или иной таксономической доктрины, включая оценку научности её методологии, невозможно без обращения к критериям научности, которые не существуют сами по себе, вне философии науки.

Становление неклассической науки сыграло важную роль в новейшей судьбе биологической систематики. Действительно, метафизичность и локальность таксономического знания и сам метод классифицирования в свое время дали основание физикализму, как вершине классического рационального естествознания, не признавать за ней статуса научной дисциплины. Неклассическая наука, развенчав «миф физикализма», утвердилась в признании того, что метафизичность и локальность научного знания неизбежны (Кун, 1977; Хакинг, 1998; Баранцев, 2003; Моисеев, 2008), а классифицирование и измерение – равноправные способы описания объектов, разных по своей природе (Розова, 1986; Заренков, 1989; Субботин, 2001; Кожара, 2006). Это вернуло научную респектабельность классификации как форме отражения структуры разнообразия мира вещей и идей (Мауг, Воск, 2002). На этой основе сформировалось классификационное движение как некий организующий фактор для развития общих принципов классифицирования (Розова, 1986; Кожара, 2006; Стёпкина, 2006). Такого рода изменения в первую очередь отразились на биологической систематике как наиболее продвинутой классифицирующей дисциплине, где классификационные традиции более всего развиты. Это не только освободило систематику от «синдрома Золушки» и статуса периферийной как-бы-науки, но и придало ей дополнительный стимул развития (Rosenberg, 1985; Заренков, 1988; Panchen, 1992). Частью этого развития стал отмеченный в Предисловии рост внимания философов к таксономическим проблемам: в новейшей систематике вновь формируется важное для развития её теории некое философское мышление, призванное в паре «лошадь-телега» играть роль тягловой силы (Faith, 2006).

Каждой общенаучной эпистемологической доктрине можно поставить в соответствие некоторую таксономическую доктрину или концепцию, реализующую её в рамках биологической систематики. Так, можно в самом общем смысле говорить о классической и неклассической систематике; впрочем, здесь единообразие мнений и оценок невозможно (Мейен и др., 1977; Мейен, 2001; Скворцов, 2005; Павлинов, 2006, 2007а, 2010а; Любарский, 2006). Придерживаясь только что изложенного понимания классической и неклассической науки, соответствующие ветви систематики можно определить так. Классическая систематика стремится к разработке некой единой классификации (таксономической системы), посредством которой так или иначе выражался бы всеобщий закон или принцип упорядочения таксономического разнообразия: эта позиция обозначается как таксономический монизм. Таковой является Естественная система (или Естественный порядок), способом достижения которой служит «естественный метод», по определению единственный в силу своей постулируемой истинности. Этот идеал схоластики воплощают разные таксономические концепции – от типологии до рационально-эмпирической систематики. В отличие от этого, неклассическая систематика ориентирована на таксономический плюрализм как частный случай научного плюрализма (Hull, 1997; Dupre, 1999; Ereshefsky, 2001 а, b; Павлинов, 2003а, 2006, 2007а, 2010а). Она допускает равноправие разных классификационных концепций и разрабатываемых на их основе частных классификаций с помощью разных методологий и методов, адекватных структуре фиксированной эмпирической реальности (см. 6.1.1).

Такого рода соответствия можно устанавливать и дальше: например, таксономическую доктрину, реализующую позитивистскую идею (Gilmour, 1940), можно обозначить как позитивную систематику (см. 5.2.2); идеи немецкой натурфилософии начала XIX столетия реализует натурфилософская систематика (Окей, 1836; см. 3.7.3). Фундаментальную идею классического научного рационализма воплощает рациональная систематика двоякого рода (см. 5.5): её онтологически рациональная версия тяготеет к натурфилософским конструктам, эпистемологически рациональная – реализует схоластическую идею метода как такового. При этом последняя в некоторых своих проявлениях тесно смыкается с эмпирической систематикой, которая, хотя и декларирует свою приверженность идеям философского эмпиризма, изначально противопоставленного рационализму (см. 4.1), в некоторых своих развитых формах неизбежно тяготеет к последнему в силу ориентированности на рациональный метод (см. 4.1.1, 5.2.2).

Таксономические доктрины и концепции, формирующиеся и функционирующие как исследовательские программы биологической систематики, могут быть более общими, (эволюционная, типологическая, численная систематика), или частными, соответствуя отдельным школам (неотипология, биосистематика, численная фенетика и филетика). Эти последние в свою очередь могут дробиться на конкретные подходы к решению каких-то однотипно определённых классификационных задач. В истории систематики их смена и расхождение наиболее заметны: в начале XIX века были популярны отчасти взаимосвязанные типологическая и натурфилософская концепции, затухшие в связи с формированием эволюционной доктрины; в середине-второй половине XX века был весьма ярок, хоть и недолог всплеск фенетики, которую вытеснила современная филогенетика.

Общей причиной появления и расхождения исследовательских программ в систематике является специфическое понимание того, что такое научное знание в этой дисциплине и каковы принципы его получения: на этой основе разграничиваются, например, теоретико-зависимая и теоретико-нейтральная (эмпирическая) таксономические доктрины. Более частными причинами являются специфические трактовки основополагающих понятий и методов систематики, так или иначе реализующих общие представления о смысле и характере таксономических исследований. Это иллюстрирует, например, новейшая история эволюционной доктрины: так, благодаря разной трактовке концепции монофилии в середине XX столетия обособились две филогенетические школы – эволюционная таксономия (Simpson, 1961; Симпсон, 2006) и кладистика (Hennig, 1950, 1966). Примерами школ, призванных по-разному решать однотипные таксономические задачи, могут служить линнеевская и адансоновская трактовки «естественного метода» разработки Естественной системы, методологии филогенетических реконструкций в классической и новой филогенетике. При этом каждый такой подход стремится подчеркнуть свою оригинальность, чему особенно много примеров на протяжении XX столетия: появление «новой систематики» провозглашалось популяционистами (Huxley, 1940а; Майр, 1947), по нескольку раз – «нумеристами» (Смирнов, 1923, 1938; Sneath, 1958; Cain, 1959а; Schram, 2004), сторонниками молекулярных подходов (Hawksworth, Bisby, 1988) и их противниками (Wheeler, 2008а, b), типологами (Любарский, 1996а; Васильева, 1999).