По Аристотелю, все животные делятся на бескровных и с кровью. Животные бескровные делятся на роды Мягкотелых (ракообразные), Черепокожих (моллюски кроме головоногих) и Насекомых; сюда же отнесена некая сборная группа, позже названная Зоофиты. Животные с кровью (позвоночные) делятся по способу рождения, конечностям, покровам; к признакам некоторых «очевидных» высших родов Стагирит добавляет дополнительные характеристики. Соответственно выделяются: Четвероногие с волосами (млекопитающие); Яйцеродящие четвероногие или безногие, со щитками на коже («гады», т. е. рептилии и амфибии); Яйцеродящие двуногие, летающие, с перьями (птицы); Живородящие безногие, водные, дышащие лёгкими (киты и дельфины, тюлени); Яйцеродящие, редко живородящие, безногие, водные, с жабрами (рыбы). Примечательно, что формальный анализ аристотелевских групп животных, проведённый методами кладистики, показал, что не менее половины из них отвечают критерию монофилии, т. е. является естественными также и филогенетически (Lieven, Humar, 2008).

Первую ботаническую классификацию оставил ученик Аристотеля Феофраст (Теофраст, Θεόφραστος, лат. Theophrastos; наст. имя Тиртамос, Τψρτάμοσ; прозвище «Феофраст» получил от Аристотеля, означает «божественный оратор»; ок. 370–288/285 до н. э.), заслуживший в истории науки титул «отца ботаники» (Лункевич, 1960). Его представления о строении и разнообразии растений сведены в двух трудах, изданных переложениями в эпоху Возрождения в виде многотомных книг – 10 томов «Истории растений» (Historia Plantarum) и 8 томов «О причинах растений» (De Causis Plantarum). Существует предположение, что Феофраст изложил и по-своему дополнил сочинение Аристотеля по растениям, аналогичное его «Частям животных», но не дошедшее до Нового времени и известное лишь по названию «Qewria peri jutvn» (Greene, 1909). В «Истории растений», посвящённой собственно классификации, нет ничего похожего на изложение метода, но присутствует понимание того, что Природа действует сообразно своим собственным предначертаниям, а не с целью быть полезной человеку. Феофраст рассматривает части растений (корень, стебель, листья, плоды) с точки зрения их существенности (в аристотелевском понимании) и по совокупности признаков, «которые все вместе дают цельный и ясный облик всего растения» (Феофраст, 2005, с. 12), разделяет растительный мир на четыре «главных вида» – деревья, кустарники, многолетние полукустарники и травы. Как видно, это деление вполне соответствует основным жизненным формам растений, которые выделяет народная систематика (см. 2). Каждый из этих четырёх «главных видов» он разделяет на две части – дикие и культурные растения, подразделения более низких рангов весьма непоследовательны: Феофраст одновременно выделяет растения вечнозеленые и листопадные, суши и вод, и т. д.

По энциклопедично сти с трудами вышеназванных греков может сравниться ещё только один выдающийся памятник естественной истории Античности – состоящая из 37 книг «Естественная история» (Naturalis Historiae) римлянина Плиния (Caius Plinius Secundus; 23–79). В ней четыре тома (книги 8-11) посвящены животным и человеку и ещё более того (книги 12–32) содержат сведения о растениях. По правде сказать, это было скорее нечто вроде практического руководства по использованию животных и растений для нужд человека, по уходу за ними и способам извлечения из них пищевых, лекарственных и иных потребных веществ. Тем не менее, огромный труд Плиния долгое время служил не только основным источником письменных сведений о животных и растениях Европы и присредиземноморских территорий Азии и Африки, но и образцом для написания аналогичных трудов вплоть до эпохи Великих географических открытий и появления первых систематиков-«методистов».

Ещё одним авторитетным античным источником сведений о растениях является пятитомное издание «О лекарственных веществах» (Περί ύλης ιατρικής, лат. De Materia medica libri) греческого врача и натуралиста Педания Диоскорида (Πεδάνιος Διοσκορίδης, лат. Pedanius Dioscorides; ок. 40–90). В отличие от многих других книг такого свойства, она никогда не выпадала из обращения: к ней обращались медики и составители «травников» вплоть до XVI века, на протяжении этой долгой истории Диоскорида неоднократно переписывали и дополняли.

Особое значение для последующего развития учений Платона и Аристотеля и их вхождения в рационалистическую программу схоластики (см. 3.2) имеет неоплатонизм. Это относящееся к поздней Античности натурфилософское (большей частью эзотерическое) учение, в рамках которого получил оформление логический метод описания мира идей и вещей (Асмус, 1976). Как полагает Уилкинз, именно неоплатоники послужили основным связующим звеном между Аристотелем и биологической систематикой (Wilkins, 2003). Одной из центральных фигур здесь является Порфирий (Πορφύριος, 232/233-304/306; наст, имя Малх, или Мелех), более всего известный по трактату «Введение» (Είσγωγή; Introductio; нередко упоминается как «Введение в Категории Аристотеля»), где кратко изложен метод Аристотеля. Своими «Комментариями к Порфирию» (Boethii commentaria in Porphyrium…) значимый вклад в развитие начал европейской преднаучной мысли внёс ещё один философ-неоплатоник – римлянин Боэций (Anicius Manlius Torquatus Severinus Boëthius; ок. 480–524). Главным образом по их комментариям и частью переводам с древнегреческого на латынь христианский мир впервые познакомился с некоторыми трудами античных мыслителей (позже были более полные переводы с арабского). Примечательно, что именно отсюда исходит та особая озабоченность сначала схоластами, а затем и биологами-систематиками проблемой вида, которая выражена формулой «если мы не будем знать, что такое вид, ничто не спасёт нас от заблуждений» (Боэций, 1990, с. 12).

Идейным наследием Античности стало не только разнообразие философских доктрин, далеко не исчерпывающееся мировоззрениями Аристотеля и Платона и их последователей (была ещё «линия Демокрита», атомисты, пифагорейцы, киники и др., см. Асмус, 1976), которое в конечном итоге отразилось на разнообразии базовых онтологических моделей будущей биологической систематики. Фактически их трудами были заложены две основные научные традиции, существующие в этой науке по сю пору: В.В. Зуев (2002) их обозначил как коллекторская и исследовательская программы. Поскольку второй термин преоккупирован понятием исследовательской программы по Лакатосу (см. Лакатос, 2003), далее она будет обозначаться как методическая: это соответствует линнеевскому делению ботаников на «коллекторов» («гербалистов») и «методистов» (Линней, 1989). Первая программа связана главным образом с собиранием и изложением «позитивных» сведений об организмах. В её начале – труды Аристотеля о животных, Феофраста, Плиния, Диоскорида о растениях: её продолжили (частью возродили) труды этого же типа в так называемую «эпоху травников» (см. 3.3). В сущности, в рамках этой традиции действует вся та нынешняя эмпирическая систематика, основной задачей которой является (в современных терминах) инвентаризация таксономического разнообразия. Вторая программа, начала которой положены «Метафизикой» Аристотеля и трудами неоплатоников, знаменует собой обращение к способам познания и описания «природы вещей». Она была подхвачена схоластами, систематика стала её осваивать в форме идеи естественного метода начиная с XVI века (Чезальпино), одной из вершин её развития стала середина-вторая половина XVIII века (Линней и Адансон), в XIX–XX веках она оформилась как самостоятельный теоретический раздел систематики – таксономия.

В истории естествознания следующий за Античностью огромный период развития европейской познавательной культуры, длившийся более тысячи лет, обычно считается «тёмным» – в том смысле, что породил минимум нового знания о «природе вещей». В связи с превращением христианства в официальную государственную религию, активно (часто насильственно) отстаивающую своё право на обладание окончательной истиной, основным источником последней было предложено считать Книгу откровения – Библию. Это фактически превратило познавательную деятельность в патристику – изучение «Священного писания» и «Священного предания» и комментирование как их самих, так и их предыдущих комментаторов. Это привело к утрате интереса к собственно естествознанию как к «коллекторской» программе, но породило мощную работу мысли в рамках «методической» программы (о них см. 3.1), оформившейся как схоластика.