Ни сами группы-универсалии, ни обозначающие их признаки при таком способе классифицирования не фиксированы: и те, и другие являются логическими классами, зависящими от выбранного основания деления. С современной точки зрения, оформляющим началом которой служит «линнеевская парадигма» (см. 3.5), это выглядит как нестабильность названий таксонов. Для её устранения в последующем была введена таксономическая номенклатура как совокупность достаточно чётко прописанных правил именования таксонов. Первая попытка их фиксации принадлежит немецкому ботанику Августу Ривиниусу (Auguste Rivin, или Rivinius; наст, имя Bachman; 1652–1723), который вводит принцип «один таксон – одно название» и жёстко связывает каждый род растений с уникальным односложным родовым названием, выразив это афоризмом: «столько отдельных родовых имён растений, сколько есть отдельных родов» (цит. по: Куприянов, 2005, с. 41). Строго согласно схоластической традиции Ривиниус полагает, что названия должны быть значимыми, отражая в возможно кратчайшей форме сущность растений. При этом род обозначается одним словом, а название вида обычно состоит из этого слова и специфического видового эпитета: здесь уже принцип бинарной номенклатуры вполне очевиден. Приверженность Ривиниуса схоластическому принципу видна и из того, что в вводной книге (Introductio generale…) к своему многотомному труду «Порядок растений…» (Ordo Plantarum…, 1690–1699 г.) в качестве такого основания он использует только признаки фруктификаций, тем предваряя метод Линнея.

Начиная со второй половины XVII века интеллектуальным центром сообщества систематиков становится франкоязычная часть Европы. Первым в славном списке систематизаторов-ботаников стоит француз Пьер Маньоль (Pierre Magnol; 1638–1715), который в труде «Введение в общую историю растений…» (Prodromus historiae generalis plantarum…, 1689 г.) предпринимает попытку частично «биологизировать» иерархию родовидовой схемы. Для этого он вводит категорию семейства, тем подчёркивая естественный статус надродовых групп, отражающих «семейное сродство» организмов и характеризуемых некоторой уникальной комбинацией нескольких признаков, а не выстраиваемых по единому основанию деления (Stafleu, 1969). В практику зоологии эту категорию ввёл несколькими десятилетиями позже уже упоминавшийся (см. 2) Якоб Кляйн (Боркин, 2009). Идею более чёткого ранжирования таксонов развивает ученик Маньоля Жозеф Питтон де Турнефор (Joseph Pitton de Toumefort; 1656–1708), внёсший важный вклад в развитие естественного метода классической систематики. Он редуцирует формальную иерархию родовидовой схемы до нескольких чётко фиксированных и к тому же номенклатурно обозначенных основных таксономических категорий, позже вошедших во всеобщее употребление. В его основном трёхтомном сочинении «Элементы ботаники…» (Elements de botanique…, 1694 г.) растения организованы в классы, порядки, роды и виды. Фиксация Турнефором категорий рода и вида и раздельное описание их признаков обозначает явный отход как от традиции народной систематики объединять низшие единицы разнообразия организмов в родовиды (см. 2), так и от схоластической традиции считать род и вид просто разными уровнями родовидовой схемы (см. 3.2). Это позволяет считать, что в такой интерпретации они выступают не просто как единицы классификации, но и как самостоятельные биологические сущности (Sachs, 1906). Примечательно, что Турнефор делит роды на первичные и вторичные: последние служат в основном для удобства, позволяя сохранять приблизительно одинаковый объём родовых подразделений (Atran, 1987; Stevens, 1997а). Как и Ривиниус, он подчёркивает эссенциалистское толкование имён растений, жёстко связывая их с признаками: «идея признака, существенным образом отличающего одни растения от других, должна быть неизменно связанной с именем каждого растения» (Tournefort, 1694, р. 2).

Следует подчеркнуть, что указанные фиксированные категории (таксономические ранги) Маньоля-Турнефора, видимо, неслучайно совпадают с той базовой четырёхступенчатой родовидовой иерархией, которая выработана неоплатониками и схоластами (см. 3.2):

Genus sum mum = Classis

Genus intermedium = Sectio (Order) = Familia

Genus proximum = Genus

Species infima = Species

На данное обстоятельство однозначно указывает К. Линней в «Философии ботаники», который принял эти фиксированные категории (Линней, 1989, § 155), позже названные линнеевскими. Из этого видно, что данные категории введены как часть схоластического метода и потому являются по преимуществу логическими (Stafleu, 1969). Тем не менее, иногда высказывается предположение, что своим прообразом они имеют некие онтологические категории, присущие самой Природе и потому распознаваемые людьми с самых корней народной систематики (Berlin, 1992; см. 2); такое допущение иногда приписывается Линнею (Ereshefsky, 1997). На этом основании в современной научной систематике они (плюс некоторые другие, добавленные позже – такие как царство) считаются основными, им иногда присваивается особый онтологический («естественный») статус, отличный от статуса промежуточных категорий (Медников, 1974, 2005; Шаталкин, 1996а).

Иерархическая форма классификаций того времени имеет два основных способа представления. Простейший из них – так называемые «ступенчатые» списки таксонов, в которых ранг таксона определяет размер абзацного отступа строки, где помещено его название. Этот способ в современной систематике является весьма популярным; новейшая «клад истине екая революция» в номенклатуре предлагает сделать его основным, заменяющим номенклатурные (через унификацию категорий и названий таксонов) способы указания рангов (Ereshefsky, 1997, 2001b,с; см. 5.7.4.5). Второй способ – упоминавшееся выше классификационное дерево: в собственно таксономических системах оно используется до середины XIX века, позже фигурирует главным образом в определительных ключах (Свиридов, 1994).

В той систематике, которая соединяет концепцию Естественной системы с существенным признаком, наиболее ярким выразителем и в известном смысле завершителем схоластической традиции является крупнейший шведский естествоиспытатель Карл Линней (Carl Linne, лат. Carolus Linnaeus; 1707–1778). Он получил университетское образование в Лунде, где в то время было очень сильно схоластическое влияние (Бобров, 1970; Stafleu, 1971), поэтому неудивительно, что его общий подход к классифицированию является преимущественно дедуктивным аристотелевским и в определённом смысле уже морально устаревшим для эпохи, склоняющейся к эмпиризму (Cain, 1958, 1959b,с; Ereshefsky, 2001b). Основные идеи Линнея-«методиста» изложены в книгах «Критика ботаники» (Critica botanica… 1737 г.), «Роды растений» и затем «Классы растений» (Genera plantarum…, 1737 г.; Classes plantarum…, 1738 г.); особенно значима «Философия ботаники» (Philosophia botanica…, 1751 г.; русск. пер.: Линней, 1989), где в форме «канонов» сформулированы основные положения линнеевского естественного метода. Практическим приложением этого метода стала «Система Природы» (Systema Naturae…, 1-е издание – 1735 г., 10-е «номенклатурное» – 1758 г.): это придало методу общебиологическую значимость и оформило в качестве парадигмы описания таксономического разнообразия, ставшей основной в систематической науке XIX и XX столетий; она получила название линнеевской. С ряда фундаментальных работ Линнея ведётся отсчёт таксономической номенклатуры в ботанике и зоологии.

В своих онтологических основаниях «ранняя» линнеевская парадигма является умеренно реалистической, хотя Линней и исповедует Лейбницев принцип непрерывности («Природа не делает скачков»: Линней, 1989, § 77), составляющий основу номинализма в схоластике вообще и в систематике в частности (см. 3.2). Базис этой онтологии составляют естественные группы низшего ранга – виды и роды. Первые естественны, потому что происходят от форм, изначально созданных Творцом (§ 157); вторые естественны, потому что они произведены сходными по строению естественными видами (§ 159). На этом основании можно полагать, что для Линнея виды первичны относительно родов и в определённом смысле фундаментальнее их (Скворцов, 1967, 2005; Павлинов, 1996а). Впрочем, есть основания предполагать противоположное соотношение: данное мнение отчасти оправдано тем, какое значительное внимание уделяет Линней рассмотрению именно родов (Cain, 1956, 1959с; Ereshefsky, 1997). Во всяком случае, в «Родах растений» Линней повторяет вслед за Чезальпино (см. 3.4), что «если перепутать роды, неизбежно перепутается всё» (цит. по: Линней, 1989, с. 94). Как бы там ни было, утверждением объективного (реального) статуса вида Линней решительно порывает с аристотелевой (схоластической) традицией и закладывает фундамент для последующей естественно-научной трактовки этой категории.