Здесь уместно отметить, что причины Естественной системы или Естественного порядка в пору формирования и активного использования этого понятия в биологии виделись в основном сверхъестественные – план божественного творения (Heslop-Harrison, 1960). Сохранение у приверженцев естественной истории благоговейного отношения к Природе подкрепляет убеждение ранних систематизаторов в том, что постижение Системы или Порядка и представление их в форме некой таблицы – не просто описание видимого мира, но изложение названного плана на особом языке, каковым и является Естественная система, выражающая собой Систему природы как таковую (Breidbach, Ghiselin, 2006).

В характеризуемый период систематика остаётся в основе своей сугубо описательной, а разрабатываемые ею классификации есть по преимуществу «системы памяти» (Cain, 1958). Если физика, химия, астрономия начинают активно применять и разрабатывать математические методы, то систематика, всерьёз осваивает схоластический метод классифицирования (см. 3.2). Её неопифагорейство частично проявило себя лишь эпизодически в начале XVII века, но более всего, хотя существенно по-иному, чем в только что названных точных науках, – в начале XIX столетия (см. 3.7.2).

Следует, впрочем, отметить, что разработка первых научных классификаций в систематике вдохновлялась той же рационалистической парадигмой, которая направила естественную философию (по Бэкону) по пути математизации. В этом проявилось отмеченное выше сохраняющееся единство всего естествознания на уровне лейбницевой рационалистической картины мира. Применение формальных процедур и языка классифицирования было в известной мере аналогично применению математических формул: в этом смысле характер описательного метода биологии, химии, медицины того времени был вполне единым (Lesch, 1990). С этой точки зрения понятно, почему, кроме вышеуказанных утилитарных нужд, внимание первых биологов-систематизаторов было обращено главным образом к растениям: они проще животных и по своим конструктивным особенностям «ближе» к косной материи, делая указанную аналогию более полной.

К более активному развитию систематики в рационалистическом ключе её подтолкнуло всё то новое, что принесла с собой эпоха Великих географических открытий в XV–XVI веках. Обнаружившееся ошеломляющее разнообразие растений и животных показало совершенную недостаточность сложившейся традиции «травников», основывавшихся главным образом на местной флоре и фауне и на их описаниях античными авторитетами. Возникла настоятельная потребность в новом осмыслении как самих принципов упорядоченности Природы, так и способов её представления, которые позволили бы привести в естественный порядок новые факты. Правда, основной задачей поначалу было привести последние в соответствие с уже имеющимися системами: это породило заметный евроцентризм в классификациях XVI–XVIII столетий – точно такой же, какой был свойствен античным систематизаторам (Atran, 1987a,b; Stevens, 1994).

Согласно ключевой идеи рационализма, истинная наука начинается с истинного метода (в широком смысле). Поэтому Естественная система понимается как такая, которая основана на естественном методе раскрытия истинной системы сродства между природными телами, в том числе организмами (Фуко, 1994). Привнесение этой общей идеи в познание разнообразия организмов знаменует собой завершение «эпохи травников» как протосистематики и рождение систематики как науки. На этом этапе оно связано с освоением систематикой единственно доступного для неё в это время рационалистического метода – схоластического.

Имея в виду такое во многом «инструменталистское» понимание Естественной системы, можно полагать, что первый значительный шаг от прото- к научной систематике сделал итальянский философ-аристотелик, врач и естествоиспытатель Андреа Чезальпино (Andrea Cesalpino, лат. Andreas Caesalpinus; 1519–1603). В его главном ботаническом сочинении «16 книг о растениях» (De plantis libri XVI, 1583 г.) впервые применена дедуктивная родовидовая схема деления понятий (о ней см. 3.2) и последовательное использование логических категорий genus, species и differentia, которые отныне становятся центральными для «логической» систематики (Thompson, 1952). Сам Чезальпино прямо подчёркивает, что при изложении «истории растений» он применяет общенаучные принципы классифицирования. Хотя Чезальпино по праву слывёт аристотеликом, в его методе ключевым является понятие рода – т. е. «второй сущности» довольно высокого порядка. Соответственно этому мнение неоплатоников и ранних схоластов о фундаментальности вида он переносит на роды, полагая, что «если перепутать роды, неизбежно перепутается всё» (цит. по: Stevens, 2002, р. 14). Поэтому практически вся начальная научная систематика, от Чезальпино до Линнея, является преимущественно систематикой родов (Cain, 1959с). В качестве высших родов растений он принимает и философически обосновывает традиционное деление на деревья и травы по строению стебля, вторичные роды выделены по строению семян, цветков и плодов (отчасти вслед за Геснером, см. 3.3).

Для такого обоснования Чезальпино фактически вводит нечто вроде прообраза будущего принципа субординации признаков (см. 4.2.2), ранжируя последние согласно их значимости (существенности) для жизнедеятельности организма (Arber, 1950). В этом Чезальпино радикально порывает с традицией «травников», характеризуя и классифицируя растения не по их значению для человека, а по их собственным существенным свойствам. Однако таких свойств много: это ставит фундаментальную проблему естественного выбора единственного основания деления. Следуя Аристотелю, Чезальпино наделяет растительный организм «душой», постижение коей и означает понимание его главной сущности, которая проявлена в определённой анатомической структуре. У растений это фруктификация, поэтому схоластический fundamentum divisionis для Чезальпино обращается в fundamentum fructificationis: этот постулат – центральный в его естественном методе (Stafleu, 1969; Sloan, 1972). Общность главной сущности означает существенное сходство между организмами, указывающее на их сродство (affinitas). Признаки, связанные с сущностью и в этом смысле сущностные (существенные), составляют fundamentum divisionis, прочие исключаются из него и из основанной на нём классификации. Таким образом в научную систематику вводится имеющий для неё основополагающее значение принцип неравноценности признаков (Заренков, 1988; см. 6.1.2), присутствующий во многих её более поздних доктринах (типология, филогенетика, рациональная систематика).

Важную часть рассматриваемого метода составляет последовательность описания родов и видов: Чезальпино фиксирует сложившуюся в «эпоху травников» (см. 3.3) традицию начинать описание рода с подробной характеристики его наиболее известного или примечательного вида, а прочие виды сравнивать с ним, добавляя нужные отличительные признаки. То же самое применяется к изложению системы низших родов. Такой способ изложения важен тем, что связывает виды и роды в единую систему, в которой их характеристики оказываются не случайными друг относительно друга, а взаимообусловленными. Данный приём позже берут за основу Линней (§ 153, 193 его «Философии ботаники»; см. 3.5), Кювье (см. 4.2.2). Обобщая этот приём с точки зрения научной методологии, Уэвелл (1867) назвал его методом типа (см. 4.2.4).

Хотя вышеуказанное сочинение Чезальпино нередко аттестуют как открывшее эпоху искусственных классификаций, на самом деле это было создание первой методологии научной систематики – аристотелева «естественного» метода описания видов и родов, положившего начало исследовательской программе систематиков-«методистов» (Atran, 1987b). Эта методология основана на аристотелевских принципах (см. 3.1): начиная с конца XVIII века последние подвергаются серьёзной критике с точки зрения эмпирических (индуктивных) подходов (см. 4.1), однако для своего времени это был решительный шаг в направлении разработки научных (в тогдашнем понимании) оснований биологической систематики. После Чезальпино всякий уважающий себя систематизатор начинает свой труд с изложения своего понимания названного метода, а всякая серьёзная классификация понимается как Метод, в той или иной мере раскрывающий Систему (или Порядок) природы.