Абсолютное доминирование в зрелой схоластике рационального начала оформилось в доктрину рационализма (лат. ratio – разум), обязывающую в познании полагаться на доводы рассудка и потому ставшую одной из основ науки Нового времени. Эта доктрина исходит из веры в некую «разумность», рациональность естественной упорядоченности Природы и наличия в ней внутренней логики, которой подчинено действие детерминистических законов (онтологическая рациональность), что предполагает её познаваемость средствами разума и логики (эпистемологическая рациональность); обе эти формы рациональности представлены в новейшей систематике (см. 5.5). Античная философия обосновывает рациональную познаваемость, полагая изоморфизм познаваемой Природы и познающего сознания (Ахутин, 1988); точнее – изоморфизм движений Природы и движений сознания, из коих эти вторые движения составляют метод познания. Современный классический рационализм (Декарт, Лейбниц и др.) исходит из противоположного: проецирует разумность человека на Природу, что позволяет считать разум как источник, а разумность – как критерий истинности научного знания. В таком качестве разум противостоит не только слепой вере в Книгу откровения, но и опыту и чувствам как декларируемым эмпириками-сенсуалистами способам прочтения Книги природы (Гайденко, Смирнов, 1989; Гайденко, 2003; см. 4.1).
Отсюда вытекает нацеленность и схоластики, и выросшей из неё рациональной науки Нового времени на поиск всеобщего Метода (именно так, с заглавной буквы) как особой системы, «органона» – рационального способа организации познавательной деятельности. Поэтому неудивительно, что ранняя систематика отождествляет Систему с Методом, видя в ней способ не только представления, но и поиска естественного порядка вещей, причём «истинный» метод единственный, так же как единственна Система, к которой он ведёт. Так, один из представителей эмпирического рационализма в систематике XVIII века М. Адансон полагает, что Природа и метод тесно связаны, благодаря чему метод служит «мостиком» между Природой и исследователем (см. 4.1.1). Новейшим отголоском этой убеждённости является, например, разработка метода общей типологии как универсального инструмента научного познания разнообразия всего сущего и мыслимого (Любарский, 1996а; Раутиан, 2001, 2003). Нацеленность на метод как таковой порождает такой эпистемологический феномен как инструментализм, замыкающий метод познания сам на себя и лишающий знание эмпирических критериев истинности, а тем самым и научности; в новейшей систематике он является «родовой болезнью» многих количественных подходов (Rieppel, 2007а; см. 5.3).
Порождением рационализма является вышеупомянутая (см. 3.1) родовидовая схема деления понятий, которая составляет методологическую основу классификационной деятельности в ранней, а отчасти и зрелой систематике; её нередко называют «аристотелевской». Названная схема иерархическая, её иерархия заключена между общим, или высшим родом (Genus summum) и последним (или собственно) видом (Species infima vel proprius); роды любых промежуточных рангов так и называются промежуточными (Genus intermedium), из них особо значим ближайший к виду род (Genus proximum). Эта схема соответствует дедуктивной логике определений, согласно которой всякая вещь или идея познаётся через ближайший род и видовые отличия (Genus proximum et Species differentia), или родовое общее и видовое особенное. «Поскольку вид является тем, что он есть, благодаря роду, постольку при описании вида без рода обойтись невозможно» (Боэций, 1990, с. 52). Поэтому «надо сначала сказать об отправлениях, присущих всем животным», а затем – «каждому роду и каждому виду» (Аристотель, 1937, с. 51–52). Родовидовая схема в начальном варианте, восходящем к Платону, предполагает дихотомический алгоритм деления, на чём построена вся классическая бинарная (двузначная) логика: высший и всякий промежуточный род делится строго на два дискретных рода нижеследующего уровня, ближайший род – на два вида. Такое деление считается наиболее экономным в том смысле, что позволяет дать исчерпывающее описание разнообразия за наименьшее число шагов (Sokal, Sneath, 1963; Мейен, Шрейдер, 1976; Воронин, 1985). Эта дихотомия лежит в основе некоторых методов современной кладистики (см. 5.7.4.4).
Деление логических родов ведётся с помощью набора аристотелевских категорий, в настоящее время объединяемых общим понятием «признак». Существенный признак (essentia) с необходимостью определяет данный класс объектов, выражая общую для них сущность. Из него логически может быть выведен собственный признак (proprium), который свойствен всем объектам данного класса, но не является непременно существенным. Случайный (несобственный) признак (accidens) свойствен лишь некоторым объектам данного класса и не может быть логически выведен из существенного признака. Если связь между существенными и собственными признаками является выводимой – например, на основании знания законов композиции элементов объектов, такие объекты являются анализируемыми сущностями; в противном случае следует говорить о неанализируемых сущностях. Примером первых могут служить геометрические фигуры или механические системы, отчасти химические элементы; примером вторых – живые организмы (Cain, 1958, 1959b; Симпсон, 2006).
Применение родовидовой схемы порождает включающую (гнездовую, матрёшечную) иерархию понятий как логических универсалий. К низшему уровню иерархии относятся логические виды, они включают единичные объекты и логически не делятся, но сами являются результатом деления логических родов. Поскольку схема логическая, это означает, что в ней нет фиксированных рангов: одна и та же универсалия может быть промежуточным родом в одной схеме, низшим родом в другой и видом в третьей – в зависимости от того, с чего начинается и на чём заканчивается деление соответствующей иерархии понятий и определяемых ими классов разных уровней общности (Wilkins, 2010). С другой стороны, у этой схемы нет нижнего предела: деление может быть сколь угодно дробным, если это обусловлено потребностью классифицирования и допускает наличное разнообразие вещей. В частности, согласно одному из крупнейших логиков XIX века Дж. Миллю, ничто не мешает называть видами расы человека, коль скоро они чётко различаются (Милль, 1900): данный тезис во второй половине XIX века способствовал развитию кризиса концепции вида (см. 4.1.3).
Важной частью рассматриваемой схемы является методологический принцип единого основания деления – один из ключевых для классификаторов-схоластов. Здесь в качестве основания деления (fundamentum divisiones) выступает та или иная сущность. Этот принцип означает, что использование разных оснований деления запрещено, причём запрет имеет двоякий смысл. С одной стороны, на разных уровнях родовидовой схемы нельзя обращаться к разным сущностям: деление должно идти строго по тому основанию, которое указывает сущность высшего рода. Например, высший род «животные с ногами» нельзя делить на промежуточные роды «животные с хвостами» и «животные с ушами» – можно делить только по свойствам их конечностей. С другой стороны, нельзя одновременно обращаться к тем свойствам, которые дают несовпадающие (логически противоречивые) деления. Например, всё тот же род «животные с ногами» нельзя делить на «двуногих» и на «коротконогих» ввиду их несовпадения, но можно на «двуногих» и «четвероногих» или на «коротконогих» и «длинноногих».
Следует напомнить (см. 3.1), что исходно родовидовая схема является методом дефиниций – последовательно классификации сущностных характеристик вещей, а не их самих (Pellegrin, 1987, 1990; Panchen, 1992; Wilkins, 2010). Это значит, что родовидовая схема – это прежде всего процедура субординации признаков, а не таксонов (Hopwood, 1959). Основная задача состоит не в том, чтобы выделить некоторую группу объектов и указать её место в общей системе других объектов того же рода, а определить род как таковой – т. е. как идею или как существенное свойство некоторой группы объектов, и тем самым отличить этот род-сущность от других родов-сущностей. Иными словами, если это и классифицирование, то скорее свойств объектов (сущностей, признаков), нежели их самих и их групп (таксонов): следовательно, решаемая задача изначально относится к сфере мерономии, а не таксономии (о них см. 6.1.1). Такое понимание классификации как последовательного деления существенных признаков отчётливо присутствует в ранней систематике XVII–XVIII веков (см. 3.4). Собственно таксономическим содержанием, означающим прежде всего классифицирование самих организмов, а не их признаков (сущностей), родовидовая схема наполняется благодаря её разработке зрелой схоластикой, где она обсуждается и дорабатывается в первую очередь в плане возможности онтологизации универсалий (реальные vs. номинальные группы организмов, см. выше). В биологической систематике такое понимание смысла классифицирования первыми воплощают эмпирическая и типологическая доктрины (см. 4.1, 4.2), оно становится основным начиная с середины XIX столетия.
