Царская семья и слуги обедали вместе с чекистами, которые, как и люди охраны, когда им только заблагорассудится, входили в комнаты Царской семьи. Большею частью они бывали пьяными, и их грубостям и издевательствам не было границ. Глубокая, безграничная вера Царственных мучеников, их безропотная покорность воле Божией, незлобливость и смирение давали им силы твердо переносить все страдания. Они уже чувствовали себя на той стороне бытия и, с молитвой в душе и на устах, готовились к своему переходу в жизнь вечную. Государыня и Великие княжны, пребывая в этом чекистском аду, постоянно пели молитвы, вызывая у своих тюремщиков невольное смущение. Пораженные их простотой, мягкостью, человеколюбием и смирением, и эти потерявшие человеческий образ тюремщики были ими покорены. Их первоначальная озверелость сменилась глубоким сочувствием к заключенным. Под влиянием их христианской твердости и величия их душ даже закоренелый преступник-каторжник Авдеев осознал свое собственное ничтожество и подлость. «Дом особого назначения» был ничем иным, как отделением «Чеки» — того всемогущего учреждения, на котором держалась тогда и продолжает держаться ныне советская власть. Екатеринбургская «Чека», как и всякая другая «Чека» в провинции, непосредственно подчинялась главному ее правлению — Всероссийской Чрезвычайной Комиссии (В.Ч.К.), находившейся в Москве и подчиненной кровавейшему из палачей российского народа, поляку Феликсу Дзержинскому.

Уральский Областной Совет состоял приблизительно из 30 членов. Председателем его был Белобородов (Вейсбарт). Президиум его представлял собой Исполнительный Комитет этого Совета, в состав которого входили: председатель — еврей Вейсбарт (Белобородов) и члены: Шая Голощекин и Войков — евреи, Сафаров — татарин и Сыромолотов — русский, каторжник. Наиболее влиятельными членами екатеринбургской «Чеки» были: Янкель Юровский, Шая Голощекин и Войков; Авдеев был подчинен им и другим комиссарам, членам Президиума «Чека». Так выглядели большевистские учреждения г. Екатеринбурга и их представители, непосредственно выполнявшие порученное им советской головкой истребление Царской семьи.

Представители этих учреждений не могли не заметить наступившей резкой перемены в чувствах тюремщиков по отношению к Царственным узникам. Эта перемена стала известна и в Москве, вызвав там серьезные опасения. В связи с этим Свердлов вызвал в Москву комиссара Шаю Голощекина. 4 июля 1918 года Вейсбарт-Белобородов послал в Москву Янкелю Свердлову и Шае Голощекину телеграмму следующего содержания: «Сыромолотов выехал в Москву для организации дела, согласно указаниям из Центра. Напрасные опасения. Авдеев отстранен. Мошкин (помощник Авдеева. — Н.О.) арестован. На место Авдеева назначен Юровский. Внутренняя охрана заменена другими. Белобородов». В этот день Авдеев и Мошкин были арестованы комиссарами Янкелем Юровским и его помощником Никулиным. Юровский привел с собой десять человек отборных палачей екатеринбургской «Чеки», которые заняли все внутренние посты в доме Ипатьева. Смененная ими охрана, состоявшая из русских рабочих, была переведена в соседний дом Попова и занимала лишь наружные посты. В это время план убийства всех членов Царской Фамилии был окончательно разработан Янкелем Свердловым и утвержден Лениным и другими членами советского правительства.

Командированный в Москву для организации дела согласно с указаниями из Центра, Сыромолотов вместе с Голощекиным вернулся в Екатеринбург, привезя с собой инструкции, полученные лично от Свердлова. Одновременно Юровский начинает разъезжать верхом в окрестностях Екатеринбурга в поисках укромного места, где должно будет произойти бесследное исчезновение тел Русского Православного Царя, его семьи и союзников. Для этого им была облюбована поляна в лесу, вблизи заброшенной шахты, недалеко от деревни Коптяки, находящейся в 20 верстах на северо-запад от г. Екатеринбурга.

В воскресенье, 14 июля, Царская семья и ее союзники присутствуют на последнем богослужении, которое совершает священник отец Иоанн Сторожев, — последний человек извне, который видит Царскую семью еще живой. На другой день, 15 июля, Юровский отдает распоряжение о переводе 14-летнего Леонида Седнева в дом Попова, в котором помещается внешняя охрана «дома особого назначения», состоящая из русских рабочих, подчиненная комиссару-чекисту Павлу Медведеву, пользовавшемуся полным доверием Янкеля Юровского.

16 июля, в 7 часов вечера, Юровский отдает Павлу Медведеву приказ — принести ему 12 револьверов системы «Наган», входивших как добавочное вооружение отряда из русских рабочих. Когда Медведев приносит наганы Юровскому, последний сообщает ему, что сегодня ночью вся Царская семья будет умерщвлена, одновременно он приказывает Медведеву сообщить об этом позднее русской охране. Около 10 часов вечера Медведев сообщает об этом своим подчиненным.

Через несколько минут, по прошествии 12 часов ночи, Юровский входит в комнаты Царской семьи и лиц, разделяющих с ней заключение, и приказывает им одеться, чтобы следовать за ним. Как причину он выставляет будто бы происходящее в Екатеринбурге восстание, поясняя при этом, что в помещении полуподвального этажа дома они будут находиться в большей безопасности. Перед этим Юровский посещает Наследника Цесаревича и справляется о его здоровье. Такое поведение Юровского свидетельствует о том, как он озабочен, чтобы не вызвать никаких подозрений у своих жертв, — чтобы убийство их прошло бы в возможно наиболее спокойной обстановке. Вскоре все готовы и, захватив с собой некоторые мелкие вещи и подушки, спускаются по внутренней лестнице, выходят во двор и оттуда направляются в комнату подвального этажа. Во главе шествия идут Юровский и Никулин, за ними следует Государь, который несет на руках больного Наследника, за ним следуют: Государыня, Великие княжны, доктор Боткин, Анна Демидова, Харитонов и Трупп. Здесь происходит довольно долгая остановка, во время которой вышедший Юровский дает последние распоряжения убийцам, распределяет между ними жертвы, причем себе он выбирает Государя и Наследника. В ожидании дальнейших событий узники просят, чтобы им принесли стулья. Им приносят три стула. Больной Наследник, который не может стоять на ногах, садится на стул посередине комнаты. Государь садится влево от него, доктор Боткин становится справа от него, несколько сзади. Государыня садится возле стены — вправо от двери, через которую они вошли, недалеко от окна. Сзади нее стоит Великая княжна Татьяна Николаевна. В углу комнаты, с той же стороны, стоит Анна Демидова, в руках она держит две подушки. Великие княжны Ольга, Мария и Анастасия стоят, прислонившись к задней стене, справа от них — в углу стоят Харитонов и старик Трупп. Ожидание затягивается…

Неожиданно в комнату входит Юровский в сопровождении семи человек, бывших германо-австрийских военнопленных и трех своих друзей-каторжников, уголовных преступников, выпущенных на свободу Керенским: Ермакова, Ваганова и Медведева — палачей местной «чрезвычайки». Юровский приближается к Государю и говорит: «Ваши хотели Вас спасти, но им это не удалось, и мы принуждены Вас убить». Не расслышав, что сказал Юровский, Государь спрашивает: «Что?» «А вот что!» — отвечает Янкель Юровский и стреляет одновременно в Государя в упор. Государь падает, убитый наповал. Выстрел Юровского служит сигналом к общей пальбе. Смерть большинства узников наступает почти мгновенно, но не всех. Лежащий на полу рядом с отцом Алексей Николаевич ощупывает рукой шинель отца и издает стон. Один из палачей ударяет его ногой в висок, после чего Юровский приставляет дуло своего револьвера к уху Наследника и дважды стреляет в него. Анастасия Николаевна только ранена и начинает кричать. Убийцы добивают ее штыками. Анна Демидова благодаря подушкам, которыми она прикрыта, остается невредимой. Она мечется из угла в угол, пока не падает мертвой под ударами убийц.

После убийства комиссары снимают с жертв драгоценности, а тела относят и укладывают на грузовик, который стоит возле ворот — между первой и второй дощатой стеной, окружающей «дом особого назначения». Затем грузовик направляется через погруженный в сон город в сторону леса; никакого восстания в городе не происходит. Для предосторожности на некотором расстоянии впереди грузовика верхом на лошади едет комиссар Ваганов. Недалеко от поляны, где должно произойти «бесследное» исчезновение останков Царской семьи и их союзников, Ваганов замечает двигающуюся навстречу по дороге из деревни Коптяков крестьянскую телегу. В телеге находится крестьянка, ее сын и его жена — все из деревни Коптяки; они направляются в Екатеринбург для продажи наловленной ими рыбы. Подъехавший к телеге Ваганов приказывает им немедленно повернуть и направиться обратно в деревню; под страхом смерти он запрещает им оборачиваться и смотреть назад. Чтобы быть уверенным, что приказание его будет исполнено в точности, Ваганов часть пути сопровождает мчащуюся во весь опор телегу, скача рядом с ней. Однако крестьяне успели заметить в предутреннем рассвете контуры далекого грузовика и по прибытии в деревню рассказывают о происшествии своим односельчанам. Заинтересованные рассказом крестьяне отправляются на разведку и натыкаются на цепь часовых, расставленных в лесу.