Присяжные располагаются в зале перед возвышением. За ними, за деревянной перегородкой, устраивается публика. Обвинители, обвиняемые и свидетели произносят свои речи с возвышения, когда их вызывает туда из публики секретарь архонта, председателя суда.

Сначала в зал входят гелиасты — в дверях стражники выдают им свинцовые жетоны, по которым они после завершения суда получат свои два обола (по закону Перикла о вознаграждении магистратов). Потом входит публика. Все рассаживаются на деревянных скамьях. Суд длится с утра до вечера с двумя перерывами: во время первого перерыва гелиасты голосуют за или против обвинения, во время второго — за меру наказания, если подсудимый признан первым голосованием виновным. Во время перерывов секретарь подсчитывает количество белых и чёрных бобов, высыпав их из урны на мраморный стол. По результатам его подсчётов архонт-председатель объявляет о решениях суда: виновен или невиновен подсудимый, каково наказание, если подсудимый признан виновным. Суд длится не более девяти часов.

Первыми выступают обвинители. На суде Анаксагора это были Зенодот и Клеон. Зенодот, произнося обвинительную речь, то и дело обращался к секретарю суда с просьбой прочесть отрывок из сочинений Анаксагора, предварительно им же переписанный и хранящийся теперь в сосуде для документов на столе секретаря. Клеон прибегал к показаниям свидетелей, которые в один голос подтвердили, что Анаксагор переправлял письма в Персию, адресуя их то самому Артаксерксу, то его сатрапам. Свидетелями были капитаны торговых судов, ходившие в персидские порты Ионии и Египта.

Когда секретарь вызвал на возвышение Анаксагора, тот не смог подняться со скамьи — так он был слаб. Перикл поднял его и, держа за плечи, вышел с ним на возвышение.

   — Смотрите, — сказал Перикл, — позор убивает его. Теперь я хочу спросить вас, сделал ли я что-либо худое для вас, афиняне?

   — Нет! — закричали дружно из зала вопреки требованиям секретаря, призывавшего всех к тишине.

Я не сделал для вас ничего худого, Анаксагор же — учитель мой! Стало быть, ничему худому он научить не может. Оправдайте его! — попросил Перикл.

Председатель разрешил Анаксагору говорить сидя. Голос Анаксагора был слаб — его едва слышали гелиасты, сидевшие в первых рядах, а речь его оказалась такой короткой, что секретарь, остановив клепсидру, сказал, что воды в ней ещё больше половины, и предложил Анаксагору продолжить речь.

Анаксагор отказался, сказав, что он готов выпить воду, оставшуюся в клепсидре, так как его мучит жажда. Ему принесли чистой воды в большом кубке. На вопрос, хочет ли он, чтобы выступили его свидетели, Анаксагор ответил отрицательно — так он был подавлен происходящим. Свидетели стали кричать из зала — Перикл, Протагор, Геродот и Фидий, — что готовы выступить. Председательствующий на суде архонт, друг Фукидида, свидетелям Анаксагора в слове отказал — это было его право.

Гелиэя большинством голосов проголосовала за обвинение Анаксагора. Зенодот и Клеон потребовали для Анаксагора смертной казни.

   — Казните меня — и делу конец, — сказал в заключительном слове Анаксагор. — Я так устал, что хочу умереть.

Суд приговорил его к смертной казни. Из зала суда скифы унесли философа в тюрьму.

Перикл обиделся на Анаксагора и мысленно бранил его за то, что тот потерял волю, не вступил в борьбу с обвинителями, не воспользовался речью, которая была написана для него и которую он выучил наизусть и, стало быть, мог бы произнести на суде, если бы собрался с силами и захотел. Потерял волю, не собрался с силами, не захотел... Испуганный слабый старик, утративший вкус к жизни, смиренно принявший смертельный удар. Зенодот и Фукидид издевались над ним, а он, в сущности, промолчал, склонив голову. А ведь начал он свою жизнь смело, бросив дерзкий вызов всему — обычаям и богам. На родине, в Клазоменах, он был знатен и богат, но в один прекрасный день заявил, что отказывается от своего богатства, раздарил его родственникам и отправился в Афины беседовать с мудрецами о солнце, луне и небе.

Братья спросили его, когда он садился на корабль:

   — Вернёшься ли ты? Как бы не умереть тебе на чужбине.

   — Спуск в Аид отовсюду одинаков, — ответил им Анаксагор.

Когда скифы несли его на носилках в тюрьму, а друзья провожали его, Перикл сказал ему:

   — Не надо было говорить, что ты хочешь умереть — этим ты только обозлил судей. Да и нас очень опечалил: тебе ещё жить и жить, а ты так говоришь. Рано тебе ещё умирать.

   — Когда бы у человека было несколько смертей, — лёжа на носилках, ответил Анаксагор, — тогда можно было бы сказать: «Вот это ранняя смерть, а вот эта поздняя». Но смерть — одна; стало быть, не бывает смерти ни ранней, ни поздней. Когда ни умрёшь — спуск в Аид всегда одинаков.

Он был нездоров, и Коллегия Одиннадцати, ведавшая тюрьмами и казнями, отложила его казнь до выздоровления, чтобы не получилось так, будто он умер от болезни, а не от яда.

Перикл приставил к нему Гиппократа, чтобы тот лечил его по всем правилам, но не торопился объявлять, что Анаксагор поправился и здоров.

Пока Анаксагор находился в тюрьме и был болен, в Афины пришла весть, что оба его сына погибли в схватке с пиратами, что их корабль затонул у берегов Эгины. Гиппократу поручили сказать об этом Анаксагору и поддержать его всеми возможными способами, если весть о смерти сыновей сразит его. Анаксагор, узнав о гибели сыновей, заплакал и сказал, отказавшись от лекарства, которое тут же предложил ему для поддержания сил Гиппократ:

   — Я знал, что мои сыновья родились смертными, что природа давно уже вынесла им свой смертный приговор. И мне тоже.

Тела сыновей Анаксагора были выловлены в море и доставлены в Афины для похорон. Философа по этому случаю выпустили из тюрьмы, чтобы он мог похоронить их.

Члену Коллегии Одиннадцати, которому было поручено находиться постоянно рядом с Анаксагором, когда он выйдет из тюрьмы, мудрец сказал:

   — Если меня отпустили на похороны сыновей, которые лишь часть меня, то, может быть, меня отпустят на собственные похороны? Ведь я не часть себя, а всё, что называется Анаксагором.

   — Когда же твои похороны? — спросил член Коллегии.

   — Да вот как похороню сыновей, так и покончу с собой, чтобы тебе долго не ходить следом за мной.

Слышавший этот разговор Гиппократ тотчас сообщил о нём Аспасии, а та — Периклу.

   — Вот случай спасти Анаксагора, — сказала Аспасия Периклу, — пусть Гиппократ даст ему такое снотворное снадобье, чтобы погрузившийся в сон узник стал похожим на мертвеца. И пусть Анаксагор перед принятием яда — а это будет не яд, а снотворное снадобье Гиппократа — завещает похоронить своё тело на родине, в Клазоменах. Или в каком-нибудь другом городе, чтобы его можно было тотчас увезти из Афин.

Коллегия Одиннадцати не позволила философу покончить с собой. Сразу же после того, как его сыновья были погребены на кладбище в Керамике, Анаксагора возвратили в тюрьму и, видя, что он уже здоров, — мудрец собственными руками засыпал могилу землёй, — назначили ему время казни — нынче же после захода солнца.

Вечером к нему в тюрьму пустили его друзей — на прощальный пир. Пришли Перикл, Сократ, Гиппократ, Фидий, Протагор и Геродот. Софокл был болен и не смог прийти, Продик уплыл в Фурии для составления тамошних законов — по просьбе Перикла. Полигнот от посещения тюрьмы отказался, сказав, что пировать в тюрьме — дурная примета: кто пирует в тюрьме, тот вскоре сам туда попадёт; а проститься с Анаксагором он придёт на кладбище.

Пока шёл пир, люди Перикла готовили всё для мнимой казни: Гиппократ принёс снадобье, похожее на стёртую цикуту. Снадобье вручили дежурному члену из Коллегии Одиннадцати, тот передал его тюремщику, из рук которого пленник должен был принять «яд» в смертной чаше и которому доверялось, удостоверить наступление смерти. Всё это стоило немалых денег, большую часть из которых внесла Аспасия, не уведомляя о том Перикла ради его спокойствия, остальные — Софокл, Фидий и Протагор. Доля участия Гиппократа была в приготовлении снадобья, доля Геродота — в предоставлении корабля для побега, доля Сократа — в организации похорон мнимо умершего. Только самого Анаксагора ни о чём не предупредили: о плане побега, о снадобье, о подкупе тюремщиков, о мнимых похоронах и об отплытии на корабле. Боялись, как бы он не стал противиться всему этому или, согласившись с планом спасения, не проговорился о нём до времени.