Руководству Эйтингон был известен своими успехами в целом ряде операций. Он был осторожным, внимательным ко всем деталям человеком, и именно поэтому ему была поручена работа с нелегалами.

Немало поездивший к тому времени по свету Эйтингон очень хорошо чувствовал, насколько человек в соответствии с его характером и наклонностями сможет вписаться в ту или иную среду, найти общий язык с местными жителями, особенно в буржуазном обществе. Здесь он редко ошибался, и к тому же мог дать новому сотруднику много дельных советов, которые нередко спасали тому жизнь.

После преобразования ОГПУ в НКВД и назначения начальником И НО Слуцкого (вместо Артузова, который позже был арестован) перед разведкой был поставлен ряд новых задач, в том числе добывание экономической и научно-технической информации. Но тут началась гражданская война в Испании, и лучшие кадры ИНО были направлены туда.

В 1936 году Эйтингон прибыл в Испанию в качестве заместителя резидента, в функции которого входили партизанские операции, включая диверсии на железных дорогах.

Гражданская война в Испании в той или иной форме продолжалась почти целое десятилетие. В 1931 г. была провозглашена республика и был положен конец правлению короля Альфонсо XIII. По одну сторону баррикад оказались «националисты», консервативные силы, а по другую «республиканцы». Антимонархическое движение, однако, было крайне неоднородным: силы республиканцев состояли из социалистов, коммунистов, троцкистов, анархо-синдикалистов, а также баскских и каталонских сепаратистов. Выборы в 1933 году выиграли фалангисты — испанская фашистская партия. Помещики и фабриканты, отпраздноцав победу, начали увольнения рабочих, отмену проведённых социальных реформ и уменьшение заработной платы.

Ответом была всеобщая забастовка 1934 года. В 1936 году, на волне рабочих выступлений, к власти пришли социалисты. Они начали наступление на позиции фабрикантов и церкви, коллективизацию ферм.

В 1936 году движение «националистов» возглавил генерал Франсиско Франко, Он, используя самолёты, присланные Гитлером и Муссолини, начал боевые действия против республиканских сил.

На стороне Франко сражались итальянские и германские части.

В ответ Москва приняла решение направить в Испанию военную помощь и советников-добровольцев. На стороне республиканцев сражались также интернациональные бригады из США и других стран. В числе воинов-интернационалистов были люди, ставшие впоследствии знаменитыми — например, писатели Эрнест Хемингуэй и Джордж Оруэлл. Почти треть бойцов Интернациональной бригады им. А. Линкольна погибла в боях на испанской земле.

В 1937 г. франкисты начали наступление на Мадрид четырьмя колоннами («пятую колонну» составили их союзники внутри осажденного города. Название «пятая колонна» стало нарицательным и обозначает предательство). Около миллиона мужчин и женщин перешли границу Франции, где большинство их было интернировано.

В апреле 1937 г. германский «Легион Кондор» подверг яростной воздушной бомбардировке город Герника, в результате чего погибло более 1500 его жителей и 800 получили ранения.

Бойцы Интербригады из Германии, США и других стран

Германские корабли обстреливали побережье Испании. Западные страны отказались помочь республиканцам. В результате в январе 1939 г. пала Барселона, а вскоре и Каталония. В марте франкистами были взяты Валенсия и Мадрид. Началась вакханалия расправ. Франко посадил в тюрьмы около миллиона человек. Более 100 тыс. республиканцев покинуло Испанию и нашло убежище во Франции.

Долорес Ибаррури (1895–1989), прозванная за свои страстные выступления «Пассионарией»

С первых дней в Испании Эйтингон был в самой гуще событий. Называли его здесь Леон Котов.

Он общался с политиками, с деятелями культуры. Известный писатель Илья Оренбург, побывавший в Испании, вспоминал его как заместителя советника при республиканском правительстве. Эйтингон подружился с писателем Эрнестом Хемингуэем, со многими бойцами Интербригад, которых сплотила ненависть к фашизму.

Премьер-министр Испанской республики Ларго Кабальеро был казнён франкистами

В Испании под его началом работал Морис Коэн, будущий активный участник операции по добыванию «атомных секретов» в США после Второй мировой войны и член группы Гордона Лонсдейла в Великобритании в конце 1950-х.

В 1995 году Морису Коэну посмертно было присвоено звание Героя России.

В своих мемуарах генерал Судоплатов отмечает: «С именем Эйтингона в Испании связан ряд неизвестных эпизодов важнейших внешнеполитических акций советского руководства, осуществлённых в годы гражданской войны. Ему удалось склонить к сотрудничеству одного из основателей фашистской партии-фаланги Фердинандо де Куэста. Ему, единственному лидеру фашистов из оказавшихся в плену у республиканцев, была сохранена жизнь. Через нашего нелегала «Юзика» (Григулеви-ча) с помощью де Куэсты удалось поддерживать тайный канал в переговорах с Франко». В дальнейшем, как пишет Судоплатов, по рекомендациям Куэсты удалось выйти на ряд видных чиновников из окружения Франко и принудить их к сотрудничеству с советской разведкой. Это Эйтингон лично завербовал братьев Руанов, которые были лидерами испанских троцкистов, а также бывших анархистов Оливеро и Амундсени, членов республиканского кабинета министров, провел разведку тылов франкистов на Арагонском фронте, контролировал тайные посреднические переговоры между Хосе Эрнандесом, одним из основателей испанской коммунистической партии, и ее лидерами Долорес Ибаррури и Хосе Диасом, которые находились в Москве, и помогал наиболее важным для советской разведки лицам выехать во Францию.

Под руководством Эйтингона была проведена серия диверсионных операций, которые полностью сорвали поставки горючего для танков и грузовиков итальянского корпуса под Гвадалахарой и в результате этих диверсий он был полностью разгромлен.

Нельзя не отметить, что деятельность резидентуры НКВД в Испании проходила в исключительно сложных условиях не только потому, что была связана с боевыми действиями на фронтах братоубийственной войны. Другим осложняющим эту работу фактором была активная работа германской разведки.

Начальник абвера адмирал Канарис беседует с испанским фалангистом, получившим награду за участие в гражданской войне. Абвер развернул во время гражданской войны в Испании разведсети во всех крупных городах страны и помогал германским летчикам обнаруживать цели, которые просил поразить Франко

Адмирал Канарис, один из крупнейших разведчиков Европы, развернул в Испании густую агентурную сеть абвера — гермайской военной разведки, работавшую более эффективно из-за того, что фашисты имели в среде чиновников и интеллигенции во многих городах и идеологическую, и социальную базу.

Только в одной Барселоне, несмотря на бесконечные проверки, которые проводила контрразведка республиканцев, действовали независимо друг от друга четыре законспирированные группы немецких агентов. Одной из задач этих групп было наблюдение за советскими советниками. Но Котов-Эйтингон умудрялся всё время быть вне зоны их наблюдения.

С именем Эйтингона связан и еще один значительный эпизод гражданской войны в Испании, который можно назвать «Испанское золото».

В 1936 году высшие руководители Испанской республики, посоветовавшись с советским руководством, решили отправить на хранение в Москву почти весь золотой запас страны. По оценкам экспертов, отправляемое золото стоило примерно 517 миллионов долларов по международному курсу.

После того, как премьер-министром Испанской республики Ларго Кабальеро и Народным комиссариатом иностранных дел СССР был подписан соответствующий договор, испанское золото было погружено в Картахене на советский пароход и отправлено на военно-морскую базу в Одессу. Оттуда его перевезли в банковские хранилища. Руководил отправкой золота Эйтингон и впоследствии сбежавший в Америку резидент НКВД в Испании А. Орлов.