Пока Катон LXVI размышлял, какие срочные меры нужно принять для защиты братства от критики и нападок, которым оно подвергалось со стороны обеих христианских церквей, Святую Землю снова охватила война: весной 1097 года в Константинополе собрались четыре больших войска крестоносцев, намеревавшихся двинуться к Иерусалиму и освободить Святые места от мусульманского ига.

Группа ставрофилахов-переговорщиков снова тайно покинула город, чтобы направиться навстречу бессчетным европейским войскам под предводительством Готфрида Бульонского. Они нашли их два месяца спустя, во время осады Антиохии после одержания победы над турецкими войсками в Никее и Дорилее. Согласно летописи Катона LXVI, Готфрид Бульонский не согласился на сделанное братством предложение. Он сказал им, что главной целью этого крестового похода является именно Истинный Крест, символ которого украшает одежду всех воинов, и что он не откажется от него ни за какие мусульманские, иудейские или православные сокровища. Он также сказал им, что поскольку ставрофилахи не захотели присоединиться к римской церкви во время великой схизмы, как только он возьмет город, он объявит об их отлучении от церкви и навсегда распустит братство.

Переговорщики вернулись в Иерусалим с дурными вестями, и хранителей Креста охватило настоящее отчаяние. Катон LXVI собрал всех ставрофилахов на ассамблею, которая состоялась в храме Гроба Господня ночью 3 июля 1098 года, и объявил им о надвигающейся опасности. Он предложил спрятать реликвию и уйти в подполье, и это предложение было единодушно поддержано присутствующими. Именно в этот момент ставрофилахи прекратили свое открытое существование.

Год спустя после месяца блокады крестоносцы с помощью осадных орудий взяли Иерусалим и в буквальном смысле слова вырезали всех его жителей. На улицах было столько крови, что лошади становились на дыбы и в ужасе ржали, а солдаты не могли ходить. В разгар этой бойни Готфрид Бульонский направился в храм Гроба Господня, чтобы взять в руки Истинный Крест, но там его не было. Он приказал привести к себе всех выживших ставрофилахов, но ни одного из них не нашли. Он предал пыткам православных священников, и они наконец признались, что среди них было трое скрытых ставрофилахов: трое самых молодых монахов по имени Агапий, Илия и Феофан, которые остались в Иерусалиме, чтобы присматривать за реликвией. Готфрид запытал их до смерти, стегая плетьми, предавая огню, а затем четвертовав. Самый слабый из них, Феофан, не устоял. Когда его уже привязали за руки и за ноги к лошадям, в последний момент он выкрикнул, что тайный склеп находится под храмом. Солдаты Готфрида Бульонского приволокли его туда, и, почти бесчувственный, он кое-как указал место. Потом его бросили на улице на произвол судьбы, и судьба его была в том, чтобы умереть от ножевых ран, нанесенных неведомой рукой.

Так Истинный Крест стал важнейшей реликвией крестоносцев, и с тех пор они возили его с собой во все битвы. Перед боем его показывали солдатам, чтобы возбудить в них боевой дух, и, как говорили они, благодаря Животворящему Древу в течение ста лет никто не смог их победить. Огромное количество фрагментов Креста были отправлены в Европу в качестве подарков королям, Папам, монастырям и знатным семействам Запада. Святое Древо было разделено на куски и роздано, как куски пирога, ибо туда, куда попадала его щепа, приплывали богатства в виде паломников и верующих. Ставрофилахи созерцали этот раздел на расстоянии, не в силах помешать ему. Их досада переросла в затаенную злобу, в слепую ярость, и они поклялись во что бы то ни стало вернуть все, что останется от Честного Креста. Но в то время эта задача была неосуществима.

Как рассказывает в летописи Катон LXXII, семьдесят второй, кое-кто из братьев внедрился к крестоносцам, чтобы лучше следить за передвижениями Древа. Они боялись, как бы Крест не попал в руки мусульман во время какой-нибудь битвы или стычки, так как и арабы, и турки прекрасно знали, какое значение он имеет для латинян, и понимали, что, отняв у них Крест, они уменьшат их победы. В то самое время, около 1150 года, другие группы ставрофилахов отправились в главные христианские города Востока и Запада. Их план заключался в налаживании отношений с влиятельными и могущественными людьми, которые могли бы выступать ходатаями от имени братства и защищать его интересы или, если представится возможность, потребовать возвращения реликвии. Отправившиеся в путь со временем связались с некоторыми из множества тайных религиозных обществ и орденов, которые изобиловали в средневековой Европе, твердо основываясь на принципах христианства: от европейских тамплиеров и катаров до обществ последователей Святой Веры, «Массени дю Сен-Грааль», братства «Компаньоннаж», миннезингеров или Верных любви. Ставрофилахи связались почти со всеми ими, происходил обмен информацией и взаимное проникновение (многие ставрофилахи стали членами этих орденов и обществ, и наоборот). Они также набрали в свои ряды много выдающихся юношей, занимавших выгодные позиции в тех городах, где они осели, чтобы они возмужали под крылом у братства, а затем заняли свое место у власти, предназначенное им семейством и рождением, но для этих мальчишек роль хранителей Честного Креста была чем-то эфемерным: Святое Древо оставалось в Иерусалиме, а Иерусалим был слишком далеко. Многие из них спустя несколько лет покидали братство, и именно один из этих перебежчиков сообщил церковных властям в Милане все, что знал о ставрофилахах. Для того молодчика это предательство не имело ни малейшего значения, жизнь его не изменилась, и он никогда не вспомнил об этом эпизоде. Однако год спустя в Иерусалиме и Константинополе членов братства, включая Катона LXXV, арестовали и посадили в тюрьму, где им напомнили, что они отлучены от церкви, а их братство распущено еще сто лет назад Готфридом Бульонским, поэтому они считаются повторно впавшими в ересь и, следовательно, осуждаются на смерть. Всех их без исключения казнили.

Следующий Катон, повествующий об этих печальных событиях в начале своего рассказа, был из ставрофилахов, осевших в Антиохии. Он созвал всех своих братьев на ассамблею в этом городе в конце 1187 года, и ему пришлось начать приветствие с ужасной новости, уже переходившей из уст в уста: предводитель айюбидов Саладин разбил крестоносцев в битве при Гаттине в Галилее и, по свидетельству присутствовавших при этом ставрофилахов, вырвал из рук побежденного короля крестоносцев Ги де Лузиньяна реликвию Честного Креста. Древо Господне попало в руки мусульман.

На этой встрече в Антиохии, затянувшейся на несколько месяцев, было принято много важных решений. Кроме избрания братьев Никифора Пантевгена, Софрония из Теллы, Иоахима ал-Сандали, Дионисия из Дара и Авраама бар-Абдуна, которым предстояло проникнуть в войско Саладина, чтобы присматривать за Честным Крестом вблизи и выкрасть его, если представится возможность, была определена также необходимость тщательного отбора будущих ставрофилахов, чтобы никогда не повторилось предательство, стоившее жизни братьям из Иерусалима и Константинополя и Катону LXXV. Для этого пятнадцать братьев из Рима, Равенны, Афин, Антиохии и Александрии возьмут на себя подготовку настолько строгого процесса инициации, чтобы только действительно самые лучшие и самые преданные могли вступить в братство. К тому, кто не сможет пройти испытания, не будет проявлено ни малейшего милосердия, его рот будет закрыт навсегда. Группе из двенадцати ставрофилахов поручили найти самое потайное и безопасное место в мире, где можно спрятать реликвию, когда она будет возвращена. Как только Крест Господень вернется в руки братства, он никогда уже не выйдет из этого места, и никогда никакому осквернителю не позволено будет к нему прикоснуться. Ни прикоснуться, ни увидеть, ибо тайник должен быть воистину неприступным. Двенадцать братьев отправятся по свету искать подходящее место, а остальные ставрофилахи в это время направят все свои усилия на срочное возвращение реликвии. Более чем восьмисотлетнее существование не могло закончиться крахом.