После 1982 года испытательных полётов по программе «Истребитель спутников» не проводилось, ив 1983 году эта система была снята с эксплуатации в соответствии с договором с США об ограничении космических вооружений.
К концу 1980-х годов был создан уникальный высокоавтоматизированный боевой космический комплекс, не имевший аналогов в мире, которым были решены сложнейшие научные и технические проблемы, не потерявшие своей актуальности по сегодняшний день.
В августе 1993 года руководством страны было принято решение о снятии комплекса ИС-МУ с боевого дежурства.
Владимир Николаевич до конца своих дней переживал отстранение своей фирмы от разработки систем ИС и У.С. «Система ИС была нашим надёжным оплотом в космосе. Система УС завязывала в единое целое крылатые ракеты и их боевое применение», — говорил он.
По инициативе В.Н. Челомея постановлением правительства от 31 декабря 1961 года ОКБ-52 совместно с КБ-1 было поручено создание космической системы УС-К — раннего предупреждения о ракетном нападении. Исполнение работ по системам управления, бортовым и наземным и радиоэлектронным комплексам поручалось КБ-1. Для ПРО ближнего перехвата под руководством А.А. Расплетина был разработан комплекс С-225. В конце 1962 года был полностью завершён аванпроект. Начались стрельбовые испытания. Была полностью отработана скоростная противоракета. Образец радиолокатора С-225 как средство радиоизмерительного комплекса был развёрнут в Усть-Камчатске, где обеспечивал контроль и проводку всех ракет, стартовавших в Плесецке.
При участии В.Н. Челомея, А.А. Расплетина, А.И. Савина в НИИ-2 Министерства обороны была разработана концепция развития системы предупреждения о ракетном нападении (СПРН).
Эта система, названная УС-К, состояла из двадцати спутников, равномерно расположенных на полярной орбите высотой 3600 километров, что позволяло круглосуточно вести наблюдение не только за территорией США и их союзников, но и за акваторией Мирового океана. Установленные на спутниках инфракрасные датчики должны были обнаруживать стартовавшие ракеты. Вес спутника на орбите определялся в 1400 килограммов, но носитель должен был выводить в космос 5,6 тонны. «Лишний вес» приходился на двигательные установки, маршевые, корректирующие и стабилизирующие, позволявшие спутнику занять своё место и осуществлять манёвр в космосе.
Проведённые работы позволили решить задачу управления в полёте космическими аппаратами, направляя их в требуемые районы для получения научной и разведывательной информации, для решения оборонных задач.
Идея создания спутников для оперативной передачи детального изображения земной поверхности родилась ещё на заре космической эры. Однако в СССР к реальным проработкам таких аппаратов приступили лишь в начале 1960-х годов. Работы в области создания космических средств оперативного наблюдения предполагалось вести по двум направлениям: с помощью автоматических космических аппаратов, оснащённых телевизионной аппаратурой, и с помощью пилотируемых космических аппаратов с использованием оптических визиров и фотоаппаратуры.
Система телевизионной глобальной разведки (ТГР), как и система глобального телевизионного вещания, была предложена Н.С. Хрущёву В.Н. Челомеем в начале 1960-х годов. Хрущёву идея понравилась, он поддержал её.
В 1963 году в ОКБ-52 были развёрнуты проектные работы по созданию космической системы ТГР. Телевизионную аппаратуру для этой программы разрабатывал ВНИИ-380 Госкомитета по радиоэлектронике (ГКРЭ, Главный конструктор — И.А. Росселевич). В проекте участвовало и КБ-1 Министерства радиопромышленности (позже — ЦНИИ «Комета», Главный конструктор — А.И. Савин).
Чрезвычайно загруженные работами над различными типами ракет сотрудники ОКБ Челомея занимали достаточно пассивную позицию в работах по созданию системы ТГР, а разработанный КБ-1 в инициативном порядке эскизный проект системы одобрен не был. При этом отмечалось, что Межведомственная комиссия, в которой НИИ-4 МО представлял И.В. Мещеряков, «в условиях существовавшей в то время острой межведомственной борьбы за головную роль между Министерством общего машиностроения и Министерством радиопромышленности… не смогла занять независимую объективную позицию в оценке материалов проекта». История ВКС отмечает также, что «к причинам неудовлетворительного исхода работ по системе ТГР следует отнести и неподготовленность к такого рода работам отечественной научно-технической и производственной базы».
В октябре 1971 года было принято постановление правительства «О разработке системы телевизионной глобальной разведки на базе космических аппаратов “Тайфун”». Головной организацией по системе ТГР осталось КБ-1 Министерства радиопромышленности. По-видимому, под космическими аппаратами «Тайфун» подразумевались котировочные спутники 11Ф633 «Тайфун-1» и 11Ф634 «Тайфун-2». Эти аппараты были разработаны в КБ «Южное» (Днепропетровск). Аппарат телевизионного наблюдения на их основе получил обозначение 11Ф636 «Тайфун-ТГР». В декабре 1973 года КБ «Южное» выпустило эскизный проект на этот спутник. Однако из-за сильной загруженности работами по ракетной тематике и это КБ не смогло довести разработку до конца.
После создания в ОКБ-52 ракеты-носителя тяжёлого класса УР-500 на этапе её лётных испытаний стало возможно проведение уникальной программы исследований природы космических лучей высоких и сверхвысоких энергий. Строго говоря, эта программа была воплощена Челомеем ввиду его нежелания пускать сверхтяжёлую и дорогостоящую ракету «с болванкой». «Протон» стал единственным среди всех спутников, целиком созданным в ОКБ-52. Соответствующая научная аппаратура весом в несколько тонн для первого пуска была спешно предоставлена НИИ ядерной физики. Было изготовлено и запущено четыре спутника, названных «Протон», три первых, массой по 12,2 тонны, с массой научной аппаратуры до 4 тонн: первый — 16 июля 1965 года, второй — 2 ноября 1965 года, третий — 6 июля 1966 года. Четвёртый, массой 16 тонн при весе научной аппаратуры в 12,5 тонны, запускался уже трёхступенчатой ракетой УР-500К — 16 ноября 1968 года. Владимир Николаевич присутствовал на космодроме Байконур при стартах двухступенчатых ракет-носителей УР-500, выводивших на околоземную орбиту спутники «Протон-1» и «Протон-2».
На спутниках «Протон-1» и «Протон-2» были установлены гамма-телескопы, предназначенные для измерения параметров космического излучения в диапазоне высоких энергий. Результатом наблюдений гамма-телескопов было получение верхних пределов поверхностной яркости космического гамма-фона. Приборы для наблюдения неба в рентгеновском диапазоне энергий устанавливались на другие спутники, как правило, оптической разведки — «Космос-208», «Космос-251», «Космос-264», «Космос-428», «Космос-461». Наименование «Протон» (как несекретное) было унаследовано ракетой-носителем УР-500 от спутников этой серии. Спутники изготавливались с использованием корпусов третьей ступени ракеты-носителя УР-500К. Запуском научно-исследовательских станций «Протон» был дан старт многочисленным исследованиям ближнего и дальнего космоса.
Владимир Николаевич с большим интересом относился к результатам этих пусков. Не раз он беседовал с академиками И.Е. Таммом и П.А. Черенковым, с другими учёными. Интересовался устройством приборов, взглядами учёных на природу получаемых результатов.
Сегодня принято вспоминать, что в декабре 2011 года в соответствии с указом Президента в Российской Федерации были созданы войска Воздушно-космической обороны. В многочисленных обзорах и анализах, посвященных вопросам формирования и анализа участия этого рода войск в боевых действиях, чаще констатируется, что единого понимания построения системы ВКО России до настоящего времени не существует. Вместе с тем хотелось бы отметить, что почти никто из авторов и аналитиков, работающих в названной области, не вспомнил, что безусловным основоположником создания войск ВКО в полном смысле этого слова был академик и Генеральный конструктор В.Н. Челомей. Именно ему принадлежит честь проектирования и создания первых очевидных составляющих войск ВКО: маневрирующих в космосе аппаратов — истребителей спутников, именно он является создателем первой, принятой в штатную эксплуатацию системы противокосмической обороны, именно им были заложены основы создания глобальной космической разведки.