По кончине Макария все Епископы съехались в Москву, чтобы избрать нового Пастыря Церкви; но еще прежде того, исполняя волю Государеву, они Соборною грамотою уставили, что Митрополиты Российские должны впредь носить клобуки белые, с рясами и с херувимом, как изображаются на иконах Митрополиты Петр и Алексий, Новогородский Архиепископ Иоанн и Чудотворцы Ростовские Леонтий, Игнатий, Исаия. "Для чего, – сказано в сей грамоте, – для чего одни Святители Новогородские носят ныне белые клобуки, мы искали и не могли найти в писаниях. Да возвратится Митрополитам их древнее отличие! Да печатают также, подобно Архиепископам Новогородскому и Казанскому, все грамоты свои красным воском. Печать на одной стороне должна представлять образ Богоматери со Младенцем, а на другой руку Благословенную с именем Митрополита". Чрез несколько дней [24 февраля 1564 г.] был избран в первосвятители Инок Чудова монастыря Афанасий, бывший Благовещенский Протоиерей и Духовник Государев. По совершении Литургии Владыки, сняв с Митрополита одежду служебную, возложили на него златую икону вратную, мантию с источником и белый клобук. Афанасий стал на Святительское место, выслушал приветственную речь Царя, дал ему благословение, и громогласно молил Всевышнего, да ниспошлет здравие и победы Иоанну. Он уже не смел, кажется, говорить о добродетели!

Перемирие, данное Иоанном Сигизмунду, не мешало россиянам и Литовцам нападать друг на друга. Первые малочисленными отрядами довершали завоевание Полоцкой области. Слуга Сигизмундов, Князь Михайло Вишневецкий, с толпами Козаков и Белогородских Татар опустошал уезды Черниговские, Стародубские: Князь Иван Щербатый, Северский Воевода, разбил его наголову. Послов Сигизмундовых долго ждали в Москве: наконец они приехали, 5 Декабря 1563 года, и следуя обыкновению, требовали от нас Новагорода, Пскова кроме всех завоеваний деда, отца Иоаннова и его собственных; а Бояре наши, также следуя обыкновению, ответствовали, что мы для надежного мира должны взять у Литвы не только Киев, Волынию, Подолию, но и Вильну, которая в древние времена принадлежала России. Они говорили о неправдах, лукавстве, спеси Короля, не хотящего именовать Иоанна Царем и замышляющего быть Государем Ливонии, где еще в XI веке основан Ярославом Великим город Юрьев и где Александр Невский огнем и мечем казнил своих подданных, Немцев, за их бунт и непослушание. "Так было, – заключили Бояре словом Государя, – так было до времен великого мстителя неправдам, моего деда; до славного родителя моего, обретателя древней нашей отчины, и до меня смиренного". Хотя с обеих сторон умерили требования; хотя мы соглашались уже не говорить о Вильне, Подолии, Больший, и дружелюбно уступали Сигизмунду Курляндию, желая единственно всей Полоцкой земли, чтобы заключить перемирие на 10 или 15 лет: однако ж послы не приняли сего условия. Иоанн изустно сказал им: "Если Король не хочет давать мне Царского имени, да будет его воля! Не имею нужды в титуле: ибо всем известно, что род мой происходит от Кесаря августа; а данного Богом человек не отнимет". Такая генеалогия должна была удивить Послов: им без сомнения объяснили ее. Надобно знать, что Московские книжники сего времени может быть в угодность Иоаннову честолюбию призводили первого Князя Новогородского Рюрика от мнимого Прусса, августова брата, который будто бы, оставив Рим, сделался Владетелем Пруссии. Послы не спорили о предках Рюриковых, но не хотели утвердить за ними ни Полоцкой области, ни Ливонии и выехали из Москвы 9 января [1564 г.]. Тогда Воеводы Московские немедленно выступили, Шуйский из Полоцка, Князья Серебряные-Оболенские из Вязьмы, чтобы действовать против Литвы: Государь велел им соединиться под Оршею, идти к Минску, к Новугородку Литовскому; назначил станы, предписал все движения. Но Князь Петр Шуйский, завоеватель Дерпта, славный и доблестию и человеколюбием, как бы ослепленный роком, изъявил удивительную неосторожность: шел без всякого устройства, с толпами невооруженными; доспехи везли на санях; впереди не было стражи; никто не думал о неприятеле – а Воевода Троцкий, Николай Радзивил, с двором Королевским, с лучшими полками Литовскими, стоял близ Витебска; имел верных лазутчиков; знал все, и вдруг близ Орши, в местах лесных, тесных, напал на россиян. Не успев ни стать в ряды, ни вооружиться, они малодушно устремились в бегство, Воеводы и воины. Несчастный Шуйский заплатил жизнию за свою неосторожность. Одни пишут, что он был застрелен в голову и найден мертвый в колодезе; другие, что Литовский крестьянин изрубил его секирою. Из знатных людей пали еще два брата, Князья Симеон и Федор Палецкие. Литовцы взяли в плен Воеводу Захария Плещеева-Очина, Князя Ивана Охлябинина и несколько Детей Боярских, так что мы из двадцати тысяч воинов лишились менее двухсот человек: все другие ушли в Полоцк, оставив неприятелю в добычу обозы и пушки. Тело Шуйского с торжеством отвезли в Вильну, а пленников Российских представили больному Королю в Варшаве: он велел петь молебны и действием радости исцелился от недуга.

Впрочем сия победа не имела дальнейших счастливых следствий для Сигизмунда. Князья Оболенские стояли под Оршею: Радзивил не хотел сразиться с ними; желал единственно, чтобы они вышли из Королевских владений, и для того гонец Литовский с вестию о бедствии Шуйского нарочно был послан в Дубровну чрез такие места, где ему надлежало встретить россиян: его схватили и привели к Воеводам нашим, которые, узнав, что случилось, действительно возвратились к Смоленску, но отмстив неприятелю огнем и мечом: выжгли селения от Дубровны до Кричева; взяли в плен множество земледельцев. Месяцев пять миновало в бездействии с обеих сторон: в июле Полководец Иоаннов, Князь Юрий Токмаков, с малочисленною пехотою и конницею ходил из Невля к Озерищу в надежде завладеть сим городом. Сведав, что 12000 Литовцев идут из Витебска спасти осажденных, сей Воевода, известный мужеством, отпустил снаряд и пехоту на судах в Невль, с одною конницею встретил неприятеля и разбил его передовую дружину; но когда подошло главное войско Литовское, он должен был отступить, бесчеловечно умертвив взятых им пленников. Смоленский Воевода Бутурлин, предводительствуя Детьми Боярскими, Татарами, Мордвою, снова опустошил правый берег Днепра и вывел 4800 пленников обоего пола. Между тем Литовцы тревожили впадением область Дерптскую; а Козаки Сигизмундовы грабили купцев и Посланников Иоанновых на пути из Москвы в Тавриду. – Но скоро война сделалась важнее, по крайней мере для нас опаснее, от неожидаемой измены одного из славнейших Воевод Иоанновых.

Ужас, наведенный жестокостями Царя на всех россиян, произвел бегство многих из них в чужие земли. Князь Димитрий Вишневецкий служил примером: усердный ко славе нашего отечества, и любив Иоанна добродетельного, он не хотел подвергать себя злобному своенравию тирана: из воинского стана в южной России ушел к Сигизмунду, который принял Димитрия милостиво как злодея Иоаннова и дал ему собственного медика, чтобы излечить сего славного воина от тяжкого недуга, произведенного в нем отравою. Но Вишневецкий не думал Лить кровь единоверных россиян: тайно убеждаемый некоторыми Вельможами Молдавии изгнать недостойного их Господаря, Стефана, он с дружиною верных Козаков спешил туда искать новой славы и был жертвою обмана; никто не явился под знамена Героя: Стефан пленил Вишневецкого и послал в Константинополь, где Султан велел умертвить его. – Вслед за Вишневецким отъехали в Литву два брата, знатные сановники, Алексей и Гаврило Черкасские, без сомнения угрожаемые опалою. Бегство не всегда измена; гражданские законы не могут быть сильнее естественного: спасаться от мучителя, но горе гражданину, который за тирана мстит отечеству! Юный, бодрый Воевода, в нежном цвете лет ознаменованный славными ранами, муж битвы и совета, участник всех блестящих завоеваний Иоанновых, Герой под Тулою, под Казанью, в степях Башкирских и на полях Ливонии, некогда любимец, друг Царя, возложил на себя печать стыда и долг на историка вписать гражданина столь знаменитого в число государственных преступников. То был Князь Андрей Курбский. Доселе он имел славу заслуг, не имея ни малейшего пятна на сей славе в глазах потомства; но Царь уже не любил его как друга Адашевых: искал только случая обвинить невинного. Начальствуя в Дерпте, сей гордый Воевода сносил выговоры, разные оскорбления; слышал угрозы; наконец сведал, что ему готовится погибель. Не боясь смерти в битвах, но устрашенный казнию, Курбский спросил у жены своей, чего она желает: видеть ли его мертвого пред собою или расстаться с ним живым навеки? Великодушная с твердостию ответствовала, что жизнь супруга ей драгоценнее счастия. Заливаясь слезами, он простился с нею, благословил девятилетнего сына, ночью тайно вышел из дому, пролез через городскую стену, нашел двух оседланных коней, изготовленных его верным слугою, и благополучно достиг Вольмара, занятого Литовцами. Там Воевода Сигизмундов принял изгнанника как друга, именем Королевским обещая ему знатный сан и богатство. Первым делом Курбского было изъясниться с Иоанном: открыть душу свою, исполненную горести и негодования. В порыве сильных чувств он написал письмо к Царю: усердный слуга, единственный товарищ его, взялся доставить оное, и сдержал слово: подал запечатанную бумагу самому государю в Москве, на Красном крыльце, сказав: "от господина моего, твоего изгнанника, Князя Андрея Михайловича". Гневный Царь ударил его в ногу острым жезлом своим: кровь лилася из язвы: слуга, стоя неподвижно, безмолвствовал. Иоанн оперся на жезл и велел читать вслух письмо Курбского такого содержания.