Последний советский сезон «Динамо» начало под руководством Альтмана, но уже в апреле после разгрома в Одессе «Черноморцем» (0:3) его сменил Валерий Газзаев. Новый наставник много экспериментировал с молодежью, отсюда и нестабильная игра «Динамо», позволившая ему лишь замкнуть шестерку сильнейших. Лучшим бомбардиром чемпионата стал Игорь Колыванов (18 голов), под занавес сезона удостоенный также титула лучшего футболиста страны. Цвета сборной СССР защищали Колыванов, Александр Уваров и Андрей Чернышов.

После развала СССР настала эра чемпионатов России, сулившая московским клубам в отсутствие украинских, грузинских, армянских, более короткий путь к чемпионскому золоту. Увы, «Динамо» его до сих пор не освоило.

Отсчет своей российской истории бело-голубые начали с бронзы чемпионата 1992 года. От команды ожидали большего, но в итальянскую «Фоджу» уехал Игорь Колыванов, в «Спартак» перешел Андрей Чернышов, по ходу сезона-в киевское «Динамо» Виктор Леоненко, с германским «Карлсруэ» подписал контракт Сергей Кирьяков. Оставшихся ведущих игроков то и дело выводили из строя травмы. Валерий Газзаев, предвидя проблемы, провел успешную селекцию, но в динамовском лагере нашелся предатель, поставивший в известность о потенциальных динамовских приобретениях руководство «Спартака», который моментально сыграл на повышение ставок. В результате Никифоров с Цымбаларем надели не было-голубые, а красно-белые футболки. Но игроки, особенно молодые-Юрий Калитвинцев, Валерий Клейменов, Саркис Оганесян, Каха Цхададзе, Велли Касумов-под руководством молодого тренера росли, на глазах прибавляли в мастерстве, и «Динамо» провело в сезоне-1992 немало запоминающихся матчей. Особо следует выделить выступления команды в Кубке УЕФА против норвежского «Русенборга», приезд которого в Петровский парк завершился разгромом гостей (5:1), и победу на следующем этапе розыгрыша в Турине над «Торино» (2:1), на тот момент возглавлявшим таблицу чемпионата Италии. «Динамо» поднялось по кубковой сетке до четвертьфинала, но там уступило знаменитой лиссабонской «Бенфике». Лучшим бомбардиром чемпионата России стал Велли Касумов, показавший фантастическую результативность-16 голов в 17 матчах. По окончании сезона трое динамовских лидеров отправились в зарубежные клубы: Кобелев и Касумов-в «Бетис» (Севилья), а Цхададазе-в франкфуртский «Айнтрахт». В первом матче за возрожденную сборную России сыграли динамовцы Андрей Кобелев и Омари Тетрадзе.

В следующем чемпионате России динамовцы вновь довольствовались бронзой, уступив серебро волгоградскому «Ротору» по итогам личных встреч. После того как закончил выступления Виктор Лосев, получил тяжелую травму Игорь Скляров, у команды возникли серьезные проблемы в обороне, которые с особой силой высветило разгромное поражение на своем поле в первом матче нового розыгрыша Кубка УЕФА от германского «Айнтрахта» (0:6). Столь крупной неудаче сопутствовало немало объективных и субъективных обстоятельств. По ходу сезона десять (!) футболистов клуба перенесли операции по поводу коленного мениска-небывалый обвал травм. А перед матчем с «Айнтрахтом» выбыли из строя сразу пятеро защитников и оба вратаря, в результате в ворота пришлось встать Андрею Сметанину, только-только оправившемуся от повреждения и давно не имевшему игровой практики. На уколах вышел на поле и вернувшийся в команду Добровольский. Тем не менее главный тренер команды Валерий Газзаев взял всю вину за поражение на себя и публично на послематчевой пресс-конференции заявил, что подает в отставку. Известный специалист, возглавлявший тогда «Айнтрахт», Клаус Топмеллер, понимая, что счет не отражает соотношения сил соперников, попытался отговорить динамовского наставника, но тщетно. Газзаев остался непреклонен. А правоту немца подтвердил итог ответного матча во Франкфурте, в котором собравшее свои боевые порядки «Динамо», уже под руководством Адамаса Голодца взяло реванш у немецкого клуба (2:1). За сборную России в том сезоне играли динамовцы Игорь Скляров, Игорь Добровольский, Бахва Тедеев и Омари Тетрадзе.

В новом сезоне команду возглавил 73-летний Константин Бесков, который повторил с ней свой двойной успех советских времен-1967 и 1970 годов. Правда, на этот раз он растянул динамовские достижения на два сезона: в 1994 году вывел команду на серебряную ступень пьедестала почета чемпионата, а в 1995-м выиграл с ней Кубок России. Но составить конкуренцию бессменному чемпиону России «Спартаку» бело-голубые сумели лишь в первом круге, потерпев на старте второго два поражения подряд, они сдали позиции. В середине сезона уехал в мадридский «Атлетико» Игорь Добровольский, и Бесков вынужден был признать, что в первом круге у него была одна команда, а во втором-совершенно другая.

Большой интерес вызвали матчи «Динамо», на первом этапе Кубка УЕФА выбившего из турнира бельгийский «Серэн», с мадридским «Реалом», в составе которого выступали мастера европейского класса Канисарес, Йерро, Бутрагеньо, Редондо, Саморано, Микаэль Лаудруп. В Москве динамовцы вели в счете, однако чилийцу Саморано удалось его сравнять. И на знаменитом мадридском стадионе «Сантьяго Бернабеу» гости достойно продержались первый тайм, но, пропустив гол в начале второго, расклеились и позволили сопернику добиться крупной победы (4:0).

Лучшим бомбардиром чемпионата России стал динамовец Игорь Симутенков (21 гол), после признанный футболистом № 1 сезона в России. И он после впечатляющего успеха отправился в зарубежный клуб-итальянскую «Реджану». На чемпионате мира в США «Динамо» в сборной России представлял Омари Тетрадзе, а в других матчах ее честь защищали Юрий Ковтун, Игорь Симутенков, Дмитрий Черышев.

Кубок России 1995 года стал последним командным трофеем в карьере замечательного отечественного тренера Константина Бескова. По разным причинам в финале Кубка России не смогли принять участие сразу пять игроков основного состава. Зная об этом, руководство соперника бело-голубых волгоградского «Ротора» уже заказало зал в ресторане для торжественного чествования будущих обладателей Кубка с берегов Волги. И хотя в рядах «Динамо» на столь высоком уровне появились даже впоследствии никак не проявившие себя дублеры, основное и дополнительное время матча завершилось вничью (0:0), причем лучший бомбардир в истории чемпионатов России Олег Веретенников, получивший право на 11-метровый, попал мячом в штангу. В серии послематчевых пенальти Андрей Сметанин парировал удар Корнийца, и в ресторан поехали динамовцы. В составе команды, впервые выигравшей Кубок России, выступали: вратари Андрей Сметанин, Валерий Клейменов, защитники Сергей Некрасов, Олег Саматов, Эрик Яхимович, Юрий Ковтун, Сергей Подпалый, Равиль Сабитов, Андрей Иванов, Сергей Тимофеев, Андрей Чернышов, Сергей Шульгин, Вагиз Хидиятуллин, полузащитники Александр Точилин, Руслан Ишкинин, Денис Клюев, Игорь Некрасов, Сергей Богомолов, Александр Бородкин, Андрей Кобелев, Алексей Филиппов, нападающие Дмитрий Черышев, Алексей Куценко, Виталий Сафронов, Игорь Симутенков, Кирилл Рыбаков, Юрий Тишков. Главный тренер-Константин Бесков, начальник команды-Сергей Никулин, тренеры-Адамас Голодец, Николай Гонтарь, Алексей Скородед.

Шаги к Кубку: «Динамо» М-«Трион-Волга» (Тверь)-3:0; КАМАЗ (Набережные Челны)-2:1; «Локомотив» (Москва)-2:2, 5:4 по пенальти; «Спартак» (Москва)-1:0; «Ротор» (Волгоград)-0:0, 8:7 по пенальти.

Это был вообще сезон Сметанина. Осенью он вывел свою команду в четвертьфинал Кубка обладателей кубков, взяв три послематчевых пенальти в чешском Градец-Кралове в ответном матче с одноименным клубом. Увы, на следующем этапе бело-голубым вновь попался в соперники непроходимый для них венский «Рапид».

Чемпионат-1996 «Динамо» начало впечатляюще: 6 побед в 6 матчах, однако затем последовал срыв в Набережных Челнах (поражение-2:5 от КаМАЗа), а вскоре после очередного проигрыша, на этот раз «Спартаку», Бесков подал в отставку, завершив свою славную тренерскую карьеру. И даже столь же мощный, как и стартовый, финишный рывок бело-голубых (6 побед из 6) под руководством Адамаса Голодца не позволил им попасть в призеры, оставив на 4-м месте. За сборную России в том сезоне играли динамовцы Дмитрий Черышев и Юрий Ковтун.