Самолет WB-29 оснащался большим количеством метеорологической аппаратуры, в том числе психрометром ML-313/AM, измерителем удельной влажности ID/AMQ-2, радиоальтиметр SCR-718, радар-альтиметр AN/APN-1 и радиозонд AN/АМТ-3, сбрасываемый на парашюте. Самолеты WВ-29 использовались для взятия проб воздуха после наземных испытаний авиабомб. При этом самолет оснащался дополнительным воздушным фильтром на месте верхней задней турели.

Самолеты WB-29 применялись ВВС США до марта 1960 года.

Один B-29-96-BW (45-21800) выпустили под обозначением ЕВ-29 и использовали в программе развития самолетов с ракетными двигателями. С самолета сняли крышки бомбового отсека. Под фюзеляжем смонтировали специальную платформу для подвески самолета, а так-же дренажи аварийного сброса ракетного топлива. Самолет ЕВ-29 участвовал в испытаниях самолетов-ракет Х-1, Х-2А, Х-2В, Х-1С, Х-ГО, Х-1Е. 14 октября 1947 года ЕВ-29 поднял в воздух ракетоплан Х-1. Управлял самолет экипаж Чарльза Йегера. После отделения от самолета ракетоплан преодолел звуковой барьер.

Другим самолетом-носителем, обозначенным ЕВ-29, стал В-29-60-ВА (44-48111). Этот самолет применялся для испытаний экспериментальных истребителей «Макдоннелл ХР-85 Гоблин». Предполагалось использовать эти истребители в качестве носимых истребителей, подвешиваемых к стратегическим бомбардировщикам В-36 «Конвейр» и сбрасываемых в районе цели для прикрытия бом-бардировщиков во время бомбометания. По завершению операции истребители могли снова вернуться на бомбардировщики благодаря специальному механизму подвески. ЕВ-29 нес ХР-85 в заднем бомбовом отсеке, с которого сняли крышки. Внутри смонтировали специальную раскладную конструкцию, предназначенную для выведения истребителя из бомбоотсека и перехвата его при возвращении.

После 1954 года часть снятых с вооружения В-29 переделали в дистанционно управляемые самолеты-цели. Им присвоили обозначение QB-29.

В-29, предназначенные для дистанционного управления самолетами-целями, обозначались DB-29.

В 1949 году один B-29-БW переделали в транспортный самолет, обозначив его СВ-29К. Самолет летал до 1956 года.

Один В-29 использовался командованием стратегической авиации в качестве пассажирского, для перевозки особо важных персон. Самолету присвоили обозначение УБ-29.

14 апреля 1947 года ВМФ США получила из резерва ВВС США четыре B-29-BW (4521789, 45-21797, 45-21791, 44-87766). Самолетам присвоили серийные номера морской авиации (Bu№ 84028, 84029, 84030, 84031). В соответствии с принятой на флоте системой обозначений, самолеты стали называться P2B-1S. Бомбардировщики применялись для испытания новых систем вооружения и поиска подводных лодок. P2B-1S (Bu№ 84029) использовался в качестве носителя экспериментального ракетного самолета «Дуглас D-558-2 Скайрокет». После завершения испытаний самолет передали в NACA. Два самолета оснастили дополнительными бензобаками в бомбовых отсеках и радиолокаторами, присвоив машинам обозначение P2B-2S.

В начале 50-х годов ВВС США приступило к работам над авиационными системами раннего оповещения (airborne early warning). В июле 1951 года три В-29 приспособили для испытаний систем подобного рода. Самолет B-29-80-BW (44-87599) оснастили радаром AN/APC-2 °C с антенной под массивным диэлектрическим обтекателем каплевидной формы, установленным над передней частью фюзеляжа.

В-29, использовавшиеся для испытаний различной электроаппаратуры, обозначались как ERB-29.

Одним из самых оригинальных проектов, возникших на базе бомбардировщика В-29, был гибрид из В-29 и двух истребителей «EF-84 Тандерджет», присоединенных к бомбардировщику концами крыльев. Этот гибрид предполагалось использовать для увеличения радиуса действия истребителей. Машина разбилась во время одного из пробных полетов.

В ходе Корейской войны появился проект необычного оборонительного вооружения для В-29. В хвостовой установке предполагалось смонтировать мощный прожектор, который своим светом слепил бы пилота ночного истребителя, пытающегося атаковать самолет с задней полусферы. В начале 1953 года на базе Райт в рамках проекта «Глоу Уорм» («светлячок») в хвостовой установке бомбардировщика В-29 между пулеметами установили прожектор яркостью 500 млн свечей. Но испытания показали, что свет прожектора ослепляет и хвостового стрелка, а для истребителей, находящихся вне пределов светового луча, прожектор служит прекрасным ориентиром.

Описывая модификации бомбардировщика В-29 нельзя умолчать о его экспортном варианте, состоявшим на вооружении Королевских ВВС. Британцы в начале 50-х годов ощутили необходимость в новом бомбардировщике, который заменил бы снятые с вооружения самолеты «Авро Линкольн» до появления новых реактивных бомбардировщиков

«Инглиш Электрик Канберра». Формальное соглашение между Великобританией и США появилось 27 января 1950. года. Американцы обязывались предоставить англичанам 70 В-29, которым присвоили английские номера в блоках WF343-WF448, WF490-WF514 и WF545-WF574. Позднее Великобритания получила еще 18 машин, которым присвоили номера WW342-WW356 и WZ966-WZ968. В Королевских ВВС самолет В-29 обозначался как «Боинг Вашингтон В Мк.1».

Первые четыре «Вашингтона» прибыли на базу Мархем 22 марта 1959 года. У одного из самолетов над Атлантикой отказал один мотор, упало давление масла, и самолет совершил аварийную посадку.

В Мархеме организовали учебный центр по подготовке экипажей. Туда же прибыла передвижная учебная база ВВС США. Все предназначенные для британцев В-29 перегоняли через Атлантику экипажи 307-го бомбардировочного крыла. Первой английской частью, оснащенной бомбардировщиками «Вашингтон», стала 115-я эскадрилья, экипажи которой осваивали самолет еще в Америке. Эскадрилья вернулась в Англию в июне 1950 года. Мархеме дислоцировались 35-я, 90-я, 115-я и 207-я эскадрильи. Другой базой «Вашингтонов» стал аэродром в Конингсби, где дислоцировались 15-я, 44-я и 149-я эскадрильи. К ним в апреле 1952 года присоединилась 57-я эскадрилья. В 1953 году эскадрильи из Конингсби перешли на самолеты «Канберра». В 1954 году «Канберры» получили и эскадрильи из Мархема. Дольше всего «Вашингтоны» продержались в 192-й эскадрильи, базировавшейся в Уоттоне: с апреля 1952 года по февраль 1958 года.

Британские «Вашингтоны» участвовали во многих учениях Королевских ВВС, в том числе на полигонах, расположенных на оккупированной территории Германии. Экипажам нравились «Вашингтоны», поскольку они отличались повышенным уровнем комфорта по сравнению с машинами английского производства. Завершив службу в Королевских ВВС, самолеты вернулись в Соединенные Штаты, где их отправили на слом.

Бомбардировщик В-50, бывший прямым потомком В-29, стал последним американским винтовым бомбардировщиком. Работы над ним («модель 345-2») начались на фирме «Боинг» в 1944 году. Главным отличием самолета стали новые 28-цилиндровые двигатели «Пратт-энд-Уитни Я-4360-55 Уосп-Мейджер» типа счетверенная звезда мощностью по 3500 л.с./2610 кВт. Двигатели оснащались турбонаддувом СН-7А. Эти двигатели испытывались на самолете ХВ-44. Первоначально новый самолет называли B-29D, но позднее появилось обозначение В-50. В конструкции планера использовался новый алюминиевый сплав 75-S, который заменил применявшийся прежде 24ST. Шасси самолета усилили. В глаза также бросался киль, высота которого увеличилась на 5 футов (152 см). Киль оказался настолько высокий, что его верхушку пришлось сделать складной, иначе самолет не помещался в большинство существовавших ангаров. Оборонительное вооружение самолета размещалось в пяти турелях. Бомбовая нагрузка равнялась 20000 фунтам (9072 кг) в бомбовых отсеках плюс 8000 фунтов (3630 кг) на внешней подвеске. На практике самолет брал на внешнюю подвеску две 4000 фунтовых бомбы (1815 кг).