В-29В также оборудовали радаром AN/APQ-7 «Игл». Этот радар разработала Радиоэлектронная лаборатория Массачусетского Технологического института. В Европе радар AN/APQ-7 не получил широкого распространения. Его поставили на нескольких сотнях бомбарди-ровщиков В-17 и двух десятках В-24. Радар «Игл» имел поле зрения всего 60 гр, зато обеспечивал высокую разрешающую способность. Антенна радара «Игл» походило на небольшое крыло и монтировалось под фюзеляжем между передней и задней бомбовыми камерами. На В-29В место оператора радара перенесли из задней в переднюю гермокабину. На В-29В отсутствовал дополнительный экран (репитер) радара AN/ART-13 у места штурмана. Поскольку «Игл» требовал большей мощности, самолет оснастили новой шиной и двумя инверторами 2500VA. Радар «Игл» и оптический прицел Нордена могли применяться одновременно, для этого имелось сопрягающее устройство.

Поскольку нужда в самолетах В-29В была очень высокой, первые самолеты поступили в части еще без радара AN/ APG-15, устройства «свой-чужой», калькулятора наводчика, третьего пулемета в хвостовой огневой точке и бортовых пулеметов в хвостовой части фюзеляжа. Эти машины действовали в составе 16-й и 501 — и бомбардировочных групп 315-го крыла. Эти части достигли состояния боеготовности 1 апреля 1945 года. Еще две группы — 502-я и 331-я — приступили к боевым вылетам 1 мая. Операторы радаров «Игл» проходили подготовку на самолетах В-24, оборудованных этими радарами. После окончания войны радары «Игл» установили на всех самолетах В-29.

Еще в 1944 году планировалось после сворачивания выпуска бомбардировщиков В-17 в Сиэтле, организовать там выпуск самолетов В-29С-ВО (5000 штук). Но с завершением войны этот заказ аннулировали. Последнюю модификацию — В-29В-БК — выпускали в Рентоне. Вскоре название самолета изменили на В-50А-B ее описание находится в соответствующем разделе. Всего на всех предприятиях собрали 3627 самолетов всех основных вариантов: ХВ-29, УВ-29, В-29, В-29А и В-29В.

Условия войны на Тихом океане, в первую очередь огромные расстояния, какие приходилось преодолевать самолетам, потребовали создать дальний стратегический разведчик. Первоначально для этой цели применялись самолеты F-5 — разведывательная модификация истребителя «Локхид Р-38 Лайтнинг» — и F-7 — разведывательная модификация бомбардировщика «Консолидейтед В-24 Либерейтор». Но эти машины полностью не отвечали предъявляемым к ним требованиям. В апреле 1943 года американский комитет авиационной картографии определил, что лучшим самолетом на роль дальнего стратегического разведчика будет В-29. Разведывательная модификация этого самолета получила обозначение B-13. Первым переделанным в разведчик самолетом стал B-29A-20-BW (42-6412). Этот самолет послужил прототипом для последовавшей серии из 117 самолетов F-13A. Все F-13A построили на фирме «Боинг»: 30 на заводе в Уичите (В-29-BW), а 87 на заводе в Рентоне (В-29-BN). Четыре машины, обозначенные как TF-13A, выпустили в учебном варианте для подготовки экипажей.

Первый полет прототип F-13 совершил 4 августа 1944 года с аэродрома центра «Континенталь-Денвер», где проводилась переделка самолета. Первый F-13А отправили на Тихий океан 30 октября 1944 года. На этом ТВД самолеты F-13А использовали две части: отряд фоторазведки при XX бомбардировочном командовании (с 13 февраля 1945 года звено «С» 1-й эскадрильи фоторазведки) с базой в Шинклине, Китай, а также в 3-й эскадрилье фоторазведки с базой на аэродроме Айли-Филд, Сайпан. Первый боевой вылет на Японию совершил F-13A (42-93852, «Tokyo Rose») 1 ноября 1944 года.

Обычно экипаж F-13A состоял из 11 летчиков, выполнявших те же обязанности, что и в экипаже В-29, а также одного оператора фотооборудования и фототехника. На самолете стояло шесть фотокамер. Три камеры К-17 образовывали триметрогон — одна камера проводила вертикальную, а две диагональную съемку. Эти камеры вместе охватывали от 52 до 78 км2 в зависимости от высоты полета. Камеры К-17 заправлялись лентой длиной 150 футов (45 м). Снимки размером 9x9 дюйма (22,86x22,86 см). Две камеры К-22 стояли вертикально и использовались для проведения детализированной съемки. С высоты 6096 м (20000 футов) камеры К-22 снимали полосу шириной две мили (3,2 км). Камера К-18 также стояла вертикально, она делала менее детализированные кадры размером 9x18 дюйма (22,86x45,72 см). Дополнительно на время ночных разведывательных полетов самолет мог оборудоваться фотокамерой К-19.

Все фотокамеры монтировались в задней гермокабине. Съемка проводилась через иллюминаторы, закрытые стеклом толщиной 3/4 дюйма (1,9 см). В носовой части самолета стоял измеритель сноса В-3, обслуживаемый фотоштурманом. В 1947 году название самолетов изменили с F-13A на RB-29.

Самолеты В-29 в учебно-тренировочном варианте обозначались ТВ-29. Они оснащались дополнительными креслами для инструкторов-наблюдателей. Часть самолетов ТВ-29 была приспособлена для буксировки воздушных целей. В этой роли они активно применялись в 1951-57 гг. На ТВ-29 отсутствовали пулеметы, но бомбардировочное оборудование имелось. В бомбовых отсеках стояли бобины с буксировочным тросом, поэтому устанавливать там дополнительные бензобаки было невозможно.

Оборудование для буксировки воздушных целей состояло из электрических и гидравлических приводов бобин с тросом, роликов и трубчатых направляющих, электрогидравлических отсекателей троса, собственно воздушных целей и управляющего приборного щитка.

Первый YB-29 (41-36954) получил новую двигательную установку, состоявшую из четырех 24-цилиндровых рядных двигателей «Аллисон V-3420-11». При этом обозначение самолета изменили на ХВ-39, а также присвоили ему название «Spirit of Lincoln». Двигатель V-3420-11 был заказан военными еще в 1937 году. По сути он представлял собой спарку двух 12-цилиндровых V-1710 с общим картером и двумя коленвалами, работающими на один винт. Можно сказать, что двигатель V-3420 был W-образным.

Каждый двигатель развивал мощность 3000 л.с./2206 кВт. На испытаниях самолет развил скорость 652 км/ч на высоте 7620 м. Практический потолок составлял 10668 м, скороподъемность у земли 3962 м/мин. Потолок 9144 м (30000 футов) самолет набирал за 29,3 минуты. Максимальная дальность полета с запасом топлива 12617 л составляла 10121 км. Сухая масса самолета 34037 кг была всего на три тонны больше, чем у В-29В. Максимальная взлетная масса 47628 кг. Несмотря на то, что с новыми двигателями самолет заметно поправил свои характеристики, в серию данная модификация не пошла.

В сентябре 1943 года фирма «Пратт-энд-Уитни» предложила установить вместо штатных двигателей «Райт R-3350» свои более мощные двигатели «Пратт-энд-Уитни R-4660-33 Уосп-Мейджер» мощностью 3000 л.с./2206 кВт. В июле 1944 года был подписан контракт на пе-ределку одного В-29 под новые двигатели. Выпущенный в Рентоне B-29A-5-BN (4293845) с новыми моторами обозначили как ХВ-44. Первый полет прототип совершил в мае 1945 года. ХВ-44 не имел вооружения кроме двух пулеметов в хвосте. Сухая масса 34036 кг, максимальная взлетная масса 47628 кг. Самолет мог брать до 35204 л топлива. На испытаниях ХВ-44 развил максимальную скорость 631 км/ч. Экономическим ходом со скоростью 454 км/ч самолет имел радиус действия 3862 км. Благодаря турбонаддуву потолок составлял 10838 м. Время набора высоты 30000 футов (9144 м) при максимальной взлетной массе 35 минут.

Опыт, полученный при создании ХВ-44, позднее пригодился при создании бомбардировщиков В-50, также оснащенных двигателями R-4360.

В 1944 году исследовательский цент на базе Эглин-Филд во Флориде разработал альтернативную систему вооружения, состоявшую из обслуживаемых стрелками турелей с системой управления «Дженерал Электрик». На месте двух автоматических турелей на верхней стороне фюзеляжа установили две турели «Мартин А-3», как на В-24. Переднюю нижнюю турель заменили сферической турелью «Сперри А-2», а заднюю — убирающейся в фюзеляж турелью «Сперри А-3». В каждой из верхних и нижних турелей разместили по два 12,7-мм пулемета. Кроме того, по бортам фюзеляжа установили по одной дистанционно управляемой турели «Эммерсон 136» с одним 12,7-мм пулеметов в каждой. На месте бортовых огневых точек в гнездах типа К-6 установили еще по одному 12,7-мм пулемету. Конструкцию хвостовой огневой точки оставили без изменения.