Хотя испытания показали, что огонь непосредственно управляемых человеком турелей эффективнее огня турелей с дистанционным управлением, на практике такую систему вооружения не применяли. Иначе пришлось бы отказаться от размещения экипажа в гермокабинах. Как оказалось, решение было принято верное. В конце войны тяжелым бомбардировщикам достаточно редко приходилось вступать в бой с истребителями противника.

Для проведения бомбовых операций особого назначения использовались наружные бомбодержатели для подвески под крыльями бомб особо большого калибра. Такие бомбодержатели смонтировали на один B-29-75-BW (44-70060). Самолет получил возможность брать четыре 4000-фунтовые бомбы (1814 кг) или две бомбы «Гранд Слэм» массой по 22000 фунтов (9979 кг). Предусматривались и другие схемы бомбонагрузки. В бомбовых отсеках самолет мог нести бомбы или дополнительные бензобаки.

Бомбы «Гранд Слэм» предполагалось использовать для уничтожения особых целей на территории Японии. Но на практике В-29 с этими бомбами не летали.

Авиационная часть операции по сбросу на Японию первых атомных бомб получила кодовое название «Силверплейт». В рамках этой программы, начатой 1 декабря 1944 года,

17 бомбардировщиков В-29, выпущенных фирмой «Мартин» в Омахе, приспособили для переноса атомных бомб. Самолеты принадлежали сериям В-29-35/-40/-45/-50-МО. Модификацию самолетов проводили в соответствии с техзаданием «проект 9814S». Затем, в рамках «проекта 98228S» переделали еще 28 В-29, которые оснастили двигателями со впрыском топлива, винтами «Кертис Электрик», переконструированными бомбовыми отсеками. Пулеметное вооружение самолетов ограничили одной хвостовой огневой точкой.

Первый самолет B-29-5-BW (42-6259) модифицировали на аэродроме Райт-Филд, Огайо в декабре 1944 — январе 1945 года. Самолет получил британский бомбосброс «тип F» и бомбодержатели «тип G» для бомб массой 12000 фунтов (5443 кг). Кроме того, самолеты оснастили новой опорной рамой внутри бомбового отсека, подъемным краном С-6, усиленными створками бомбоотсека, новые соединительные коробки, а также радиоальтиметр SCR-718.

В рамках «Проекта А» создавались три типа атомных бомб:

1) «Литтл Бой» (Mk.II, «малыш») — урановая бомба. Внутри бомбы находился закрытый заглушками с двух сторон пушечный ствол, на концах которого находились половины уранового заряда. Подрыв заряда приводил к тому, что обе половины соединялись, образуя критическую массу урана-235. Бомба имела диаметр 23 дюйма (58,42 см), длину 120 дюймов (304,8 см), массу 9000 фунтов (4082 кг).

2) «Фэт Мен» модель 1222 («толстяк») — нереализованный проект плутониевой бомбы. Бомба имела низкие баллистические характеристики, а в ее конструкции предполагалось использовать более полутора тысяч болтовых соединений.

3) «Фэт Мен» модель 1561 (Мк. Ш/ Mod.0 или FM Мк. Ш/Mod.0, «толстяк») — плутониевая бомба (Р^239). Плутониевый заряд состоял из нескольких частей, которые при подрыве инициирующего заряда объединялись. Диаметр бомбы 60 дюймов (152,4 см), длина 128 дюймов (325,12 см), масса 10000 фунтов (4536 кг).

Бомба «Толстяк» была взята за образец. Было создано несколько учебных бомб, имевших те же размеры, что и «Толстяк». Макеты называли «Пампкинс» («Дыня»). Подвеска «Малыша» требовала дополнительного адаптера.

Единственной частью, получившей бомбардировщики В-29 «Силверплейт», была 393-я эскадрилья 509-й смешанной группы. Именно самолеты этой части сбросили бомбы на Хиросиму и Нагасаки в августе 1945 года.

После войны совершенствование бомбардировщиков В-29, предназначенных для переноса атомных бомб, продолжалось. На базе в Оклахома-Сити на самолеты установили радарный калькулятор МХ-344, новые кожухи двигателей. В конструкцию самолета внесли и другие изменения. В июле 1946 года на базе в Сакраменто самолеты оснастили радаром AN/APQ-13, винтами «Кертисс Электрик», двигатели с впрыском топлива и указатели расхода бензина. Самолеты также получили ряд приспособлений, облегчающих их эксплуатацию в зимних условиях. 12 мая 1947 года кодовое название «Силверплейт» заменили названием «Сэддлтри». При этом на самолетах заменили английские узлы узлами американского производства. Это были бомбодержатели U-12 и подъемный кран С-7.

26 февраля 1945 года начались работы по созданию специальной тяжелой бомбы, управляемой в полете. Бомба предназначалась для уничтожения хорошо защищенных целей: линкоров, фортов, подземных бункеров и т. п. Бомба должна была проникнуть вглубь цели и затем взорваться. Фирма «Белл Эйркрафт» создала аналог британской 12000-фунтовой (5443 кг) бомбы «Толлбой». Бомбу обозначили как VB-13 (УЛ8М-Л-1А) «Гагеоп». Длина бомбы 6,22 м, диаметр 1,37 м. Во время свободного падения бомба управлялась по радио. Система управления состояла из передатчика AN/ARW-38 в самолете-носителе и приемника AN/URV-2 в бомбе. В хвостовой части бомбы имелся позиционный огонь, который позволял бомбардиру следить за бомбой. Кроме того, самолет оснастили модифицированным бомбардировочным прицелом «Норден М».

Бомбардировщики В-29, приспособленные для переноса бомб «Тарзон» отличались от серийных машин. У них отсутствовала секция фюзеляжа между передним и задним бомбовым отсеком. Бомба целиком не помещалась в бомбоотсек, поэтому створки бомболюка были выпуклые, закрывая выступающую часть бомбы. Изменили и форму остекления носовой части фюзеляжа, унифицировав ее с остеклением на В-50.

Бомбардировщики В-29 с бомбами «Тарзон» ограниченно применялись в войне с Кореей. Три B-29-97-BW (45-21745, 45-21746 и 45-21748) пытались в марте 1951 года уничтожить мосты в рамках операции, проводимой 19-й бомбардировочной группой. Операция закончилась провалом.

В 1946 году один экземпляр B-29-BW был переделан в лабораторию для испытаний систем дистанционного управления огнем турелей. Машине присвоили обозначение ХВ -29Е.

6 экземпляров B-29-BW после войны проходили испытания на пригодность к эксплуатации в арктических условиях. Испытания проходили на Аляске. Самолеты получили обозначение B-29F.

Один В-29В-55-ВА (44-84043) превратили в летающую лабораторию по испытаниям реактивных двигателей. Испытуемый двигатель устанавливался в бомбоотсеке, а на время испытаний выдвигался вниз на специальной штанге. Самолет, который обозначили ХВ-29G, использовался при создании двигателей J35, J42, J47, J48 и J73.

Один B-29A-BN модифицировали в 1947 году для испытаний нового вооружения. Самолет получил обозначение ХВ-29Н.

Пять В-29, которые получили новые двигатели, обозначили как YB-29J. Это были В-29-55-МО (44-86398), В-29-55-МО (44-86402), B-29A-60-BN (44-62027), КВ-29М-40-МО (4427349) и ТВ-29В-60ВА (44-84061). На самолеты установили двигатели «Кертисс-Райт R-3350-79» со впрыском топлива и винтами «Кертисс Электрик С6445-В312», позволявшими быстрый переход в режим авторотации и реверса. Двигатели поставили в новые гондолы «Энди Гамп» с воздухозаборниками маслорадиаторов смещенными взад.

Оборонительное вооружение на самолете имелось только в хвостовой установке. Все модифицированные самолеты (исключая КВ-29М) оснастили бомбардировочным радаром AN/APQ-13 и навигационным радаром AN/APN-4. В свою очередь КВ-29М оснастили радарами AN/ APN-B и AN/APN-68.

Два модифицированных YB-29J (44-86398 и 44-86402) позднее были переделаны в летающие заправщики, оснащенные жестким топливопроводом (flying boom). Они получили нестандартное обозначение RB-29J.

YB-29J 44-84061 «Dreamboat» поставил несколько мировых рекордов. 19 ноября 1945 года полковник Билл Ирвин совершил на «Дримботе» перелет с острова Гуам в Вашингтон протяженностью 13190 км. Машина провела в воздухе 35 ч 3 мин. 11 декабря 1945 года «Дримбот» перелетел из Бербанка, Калифорния во Флойд-Беннет-Филд, Нью-Йорк. Маршрут протяженностью 3948 км самолет преодолел за 5 ч 27 мин, показав среднюю скорость 724 км/ч, побив тем самым рекорд, поставленный… истребителем «Р-51 Мустанг» (609 км/ч). В ноябре 1945 года после модификаций, проведенных в Оклахома-Сити, самолет (теперь называющийся «PACUSAN Dreamboat») с экипажем полковника Ирвина совершил перелет из Гонолулу, Гавайи в Каир, Египет. Маршрут проходил через Северный полюс. 16090 км самолет преодолел за 39 ч 36 мин.