Дополнительно некоторые члены экипажа располагали ручными фотокамерами К-20. Одна лента позволяла делать 50 снимков размером 4x5 дюймов (10,16x12,7 см).

Самолет В-29 имел два бомбовых отсека: передний и задний, — разделенные центропланом. Внутри отсеков находились вертикальные стойки с замками для бомб. Кроме бомб разной массы к стойкам можно было крепить дополнительные бензобаки или грузовые контейнеры.

Первоначально самолеты оснащались электрическим приводом створок бомболюков. На подлете к цели включались электромоторы, которые плавно распахивали створки. На открытие створок уходило довольно много времени, что давало возможность противнику со-риентироваться в ситуации. Кроме того, открывающиеся створки создавали большое сопротивление воздушному потоку и вызывали ощутимые вибрации. Поэтому было решено заменить электрический механизм пневматическим. Пневматический привод распахивал створки за не-сколько секунд. Но, с другой стороны, пневматический привод представлял большую опасность на земле, так как резко распахивающиеся створки люка могли причинить стоящему под ними человеку тяжелые травмы. Поэтому повсеместной практикой стало держать створки бомболюков на земле зафиксированными в распахнутом состоянии.

Самолеты В-29 могли брать бомбы следующих типов и массы:

Стандартные фугасные бомбы общего назначения (General Purpose High Explosive). Масса 100, 250, 500,1000, 2000 и 4000 фунтов (45, 113, 227, 454, 907 и 1814 кг). Действительная масса бомб была на 20–30 фунтов (9-14 кг) больше, так как масса запалов и стабилизаторов не учитывалась.

Зажигательные бомбы (Incendiary). Стандартно зажигательные бомбы объединялись в кассеты (clusters), которые сбрасывались целиком, а над землей рассыпались, образуя кучное поражение цели множеством небольших бомб. ВВС США применяли два типа зажигательных бомб: М52 массой 2 фунта (0,9 кг) и М50 массой 4 фунта (1,8 кг). Бомбы имели шестигранное сечение. Корпус бомбы изготавливался из магниевого сплава с наваренным к нему стальным стабилизатором. Внутри бомбы находился подрывной заряд и зажигательная смесь. Бомбы М50 дополнительно оснащалась предохранителем. Бомбы М52 и М50 горели в течение 6–8 минут, давая пламя температурой до 12607С. Обычно самолеты В-29 использовали кассеты М17 массой 500 фунтов (227 кг), содержавшие по 110 бомб М50.

Широко также применялись кассеты М19 массой 228 фунтов (103 кг), вмещавшие 38 зажигательных бомб М69 массой 6 фунтов (3 кг). Эти бомбы начиняли напалмом. Радиус поражения бомбы М69 достигал 45 м. Зажигательные бомбы составляли по массе более трети всех бомб, сброшенных на Японию.

Использовались и отдельные тяжелые зажигательные бомбы. Основным типом такой бомбы была бомба М47А2 массой 100 фунтов (45 кг). Тонкостенный корпус бомбы имел длину 49 дюймов (124,5 см) и диаметр 8 дюймов (20,3 см). Масса корпуса 26 фунтов (11,8 кг). Бомба начинялась напалмом, представлявшим собой смесь бензина, сырого латекса, каустической соды и кокосового масла. Существовала модификация бомбы, начиненная 93 фунтами (42 кг) белого фосфора (М47А1), но на Тихоокеанском ТВД эта бомба использовалась ограниченно.

Самой тяжелой зажигательной бомбой была бомба М76 массой 500 фунтов (227 кг) — так называемая Pyrotechnic Gel Bomb. Бомба начинялась смесью из нефти, солярки, бензина, порошка магния и селитры. Пожар, вызванный бомбой М76, потушить было почти невозможно. В Европе бомбы М76 применялись ограниченно, зато в массовом порядке сбрасывались на Японию.

Осколочные бомбы использовались для поражения живой силы на открытой территории. Обычно кассеты с осколочными бомбами добавляли к основному боекомплекту из фугасных или зажигательных бомб. Разрывы осколочных бомб не давали тушить зажигалки и вызванные ими пожары. Чаще всего использовались бомбы М81 массой 260 фунтов (118 кг) и кассеты Ml (на 6 осколочных бомб М41 по 20 фунтов/9 кг) и М26 (также с бомбами М41).

Морские мины массой 1000 или 2000 фунтов (454 или 907 кг). Обычно самолет брал 12000 или 14000 фунтов (5443 или 6350 кг) мин. Мины оснащались взрывателями разных типов: магнитными, акустическими, ударно-акустическими и НЧ-акустическими. Мины на парашютах сбрасывались с высоты 8000 футов (2400 м).

Стандартная бомбовая нагрузка самолета В-29 колебалась в пределах от 8000 до 20000 фунтов (3628–9072 кг).

Самолет оснащался оптическим бомбовым прицелом типа «Норден М». Эти прицелы на протяжении почти всей войны считались секретными. Они имели сложное устройство, позволявшее учитывать баллистику авиабомбы с учетом различных поправок. Сброс бомб происходил автоматически, в момент времени, определенный прицелом. Прицел сопрягался с автопилотом, что позволяло бомбардиру брать на себя управление самолетом во время бомбометания.

Оборонительное вооружение самолета В-29 в период Второй Мировой войны было очень мощным. Конструкторы исходили из предположения, что дальний бомбардировщик будет действовать без истребителей сопровождения, поэтому ему придется самостоятельно отражать атаки истребителей противника. Пулеметное вооружение В-29 не оставляло мертвых зон вокруг самолета. Проблема заключалась в другом — необходимо было разместить стрелков в гермокабинах, что исключало возможность использовать на самолете классические турели, обслуживаемые изнутри стрелком.

Выход удалось найти, оснастив самолет дистанционно управляемыми турелями. Система управления турелями, разработанная компанией «Дженерал Электрик», использовала небольшие электромоторы, наводящие пулеметы турели по показаниям прицела, установленного в гермокабине.

Самолет нес четыре турели: две на верхней и две на нижней стороне фюзеляжа. Еще одна пулеметная установка помещалась в хвосте. Передними башенками управлял бомбардир со своего места. Бортовые стрелки обслуживали заднюю нижнюю турель. Стрелок, занимавший центральный огневой пост, обслуживал верхнюю заднюю турель. Хвостовой стрелок обслуживал хвостовую установку.

С одного огневого поста можно было управлять и другими турелями. Например, стрелок с центрального поста мог брать на себя управление передней верхней турелью. Бортовые стрелки могли также управлять передней нижней турелью и хвостовой установкой. Кроме того, они могли вести неприцельный огонь из любой турели в случае угрозы по борту. Хвостовой стрелок мог также обслуживать верхнюю и нижнюю задние турели. Всего предусматривались 24 комбинации в управлении турелями.

Стрелки наводили на цель прицельное устройство. Автоматическая система выставляла необходимые поправки на параллакс, силу и направление ветра, силу гравитации и разворачивала турель. Спуск пулеметов также осуществлялся дистанционно. Система дистанционного управления огнем представляла новое слово в авиации. Можно даже сказать, что она опередила свое время.

Турели оснащались блокираторами, не дававшими возможности вести огонь через свой самолет. Стволы пулеметов поднимались или опускались в тот момент, когда на линии огня появлялись крылья, винты, башенка центрального огневого поста и т. п. Поскольку киль был слишком большим, чтобы его можно было обогнуть, пулеметы просто отключались в тот момент, когда турель разворачивалась в сторону киля. При взлете и посадке передняя нижняя турель разворачивалась стволами назад, иначе невозможно было выпустить переднюю стойку шасси. В свою очередь, для бомбометания эту турель приходилось разворачивать пулеметами вперед, иначе не открывался передний бомболюк. При взлете и посадке пулеметы задней нижней турели отворачивались назад и поднимались до упора вверх, чтобы не зацепить ими за землю.

Первоначально в турелях стояло по два 12,7-мм пулемета. Поскольку как японские, так и немецкие истребители активно практиковали лобовую атаку, в верхней передней турели число пулеметов довели до четырех. Использовалась стандартная четырехпулеметная турель, разработанная для ночного истребителя «Нортроп Р-61 Блэк Видоу». Адаптацию турели к В-29 провела фирма «Эмерсон Электрик Мануфакчуринг Компани». Первоначально боекомплект составлял 500 выстрелов на ствол, затем его увеличили до 1000 выстрелов на ствол, а ближе к концу войны снова сократили до 500 выстрелов на ствол.