При прохождении эскадрой датских проливов сохранялась повышенная боеготовность, ожидались атаки японских миноносцев, которые могли действовать от берегов союзной им Англии. В ночь на 9 октября в Северном море произошел Гулльский инцидент — корабли эскадры обстреляли английских рыбаков, приняв их за японские истребители. В 0.55 броненосец "Суворов" открыл огонь, его поддержали другие корабли эскадры. Лишь в 01.05 стрельба прекратилась. В результате один рыболовный бот был потоплен, пять ботов повреждено, двое рыбаков были убиты, шесть ранено. Пять снарядов попало в крейсер "Аврора", ранив двух человек. Состоялось разбирательство инцидента международной комиссией адмиралов в Гааге. Пострадавшим рыбакам русское правительство выплатило 65 тыс. ф. ст.
Необходимо отметить, что почти каждую неделю корабли эскадры грузили уголь, с расчетом всегда иметь его полный запас. Об этом Рожественским был даже издан специальный приказ № 138 от 27 октября. Углем засыпали жилые палубы, кают-компании кораблей, помещения торпедных аппаратов, проходы, бани, сушилки. На палубах кораблей размещались целые кучи угля, в мешках и так. Погрузки производились силами экипажа и очень сильно изматывали моряков. Участник похода написал об этом: "Никакое донесение, никакое самое яркое описание не в состоянии изобразить всю тяжесть обстановки переходов второй эскадры. Первый раз в истории флотов всего мира все видели большую эскадру, которая, не имея морских баз, ни угольных станций, состоя из судов всевозможных типов, возрастов и требований, отважилась двинуться в такой далекий путь… Весь переход от Танжера до Мадагаскара был беспрерывной угольной операцией. Погрузка угля обратилась в спорт, грузили на призы. Окончив погрузку угля, отряд тотчас выходил в море и следовал дальше".
Было принято решение разделить эскадру — корабли с небольшой осадкой и транспорты направить через Средиземное и Красное моря под командованием контр-адмирала Д. Г. Фелькерзама. 12 ноября корабли прошли Суэцкий канал. 6 декабря отряд вышел в Индийский океан, ведя миноносцы на буксире. 15 декабря корабли прибыли в Носи-бе на Мадагаскаре.
Пять броненосцев ("Суворов", "Александр III", "Бородино", "Орел" и "Ослябя") с большой осадкой и три крейсера ("Аврора", "Адмирал Нахимов" и "Дмитрий Донской") совершили переход вокруг Африки за 55 дней. Они останавливались для заправки углем, водой и припасами в Дакаре, Габуне, Грейт-фиш-бее, Ангрра-Пеквене. 19 ноября пересекли экватор. Успешно был пройден мыс Доброй Надежды, а при входе в Индийский океан корабли попали в сильный шторм, высота волн достигала 12 метров (при длине 105 метров). Преодолев все эти трудности, 16 декабря корабли бросили якорь у Мадагаскара, рядом с небольшим островом Святой Марии.
19 декабря Морское Министерство сообщило, что для усиления 2-й эскадры будет послан отряд Небогатова, и Рожественскому необходимо изменить маршрут движения. 25 декабря последовал приказ дождаться на Мадагаскаре отряд капитана'1 ранга Л. Ф. Добротворского. Исправив повреждения, получив указания командования и погрузив уголь, русские корабли перешли в Носи-бе, где уже находился отряд Фелькерзама и стали ждать остальные корабли. 28 декабря к эскадре присоединился вспомогательный крейсер "Урал". Стоянка эскадры на Мадагаскаре продлилась до 3 марта 1905 года. Экипажи грузили уголь, воду и продовольствие, ремонтировали механизмы и корпуса кораблей. Корабли совершали выходы в море на артиллерийские и торпедные стрельбы, маневры, минные постановки. Во время стоянки на Мадагаскаре были получены известия о падении Порт-Артура и о полном уничтожении 1-й Тихоокеанской эскадры. Эти новости и продолжительное (два с половиной месяца) бездействие отрицательно сказались на моральном духе офицеров и матросов эскадры.
1 февраля к эскадре присоединились корабли догоняющего отряда капитана 1-го ранга Добротворского. Поскольку не все корабли, включенные в состав эскадры, успевали войти в строи до ее выхода в море, их включили в состав этого отряда. В него вошли крейсеры "Олег", "Изумруд", вспомогательные крейсеры "Рион", "Днепр" и миноносцы "Грозный", "Громкий", "Резвый", "Пронзительный" и "Прозорливый". 3 ноября Догоняющий отряд вышел в море. На переходе до Танжера корабли сопровождало учебное судно "Океан", которое позднее вернулось на Балтику. Далее корабли отряда разделились на три группы, которые шли самостоятельно. В первую груп- ' пу вошли "Олег" и "Изумруд", во вторую "Днепр", "Громкий" и "Грозный". Эти корабли дошли до Носи-бе благополучно. Иначе обстояло дело с третьей группой, в которую включили "Рион", "Резвый", "Прозорливый" и "Пронзительный". На миноносцах постоянно происходили поломки, и корабли совершали длительные стоянки в портах. 15 декабря все группы встретились в Суде, где стояли до 26 декабря. 29 декабря корабли прошли Суэцкий канал. С 6 по 19 января стоянка в Джибути, где на ремонт был оставлен "Резвый". 20 января отряд, лишившийся трех миноносцев, вышел в Носи-бе.
В Санкт-Петербурге было принято решение о продолжении похода и 3 марта 2-я Тихоокеанская эскадра покинула Носи-бе и направилась к берегам Индокитая, где предстояла встреча с отрядом Небогатова. Теперь эскадре предстояло самостоятельно прорываться во Владивосток, а не в Порт-Артур, и встретившись в одиночку с японским флотом, в генеральном сражении решить судьбу войны на море. Рожественский писал: "Первая эскадра, имевшая перед войной 30 боевых судов разных рангов и 28 миноносцев, оказалась недостаточной для овладения морем. Второй эскадре, имеющей 20 боевых судов и только 9 миноносцев, задача овладения морем теперь не по силам… С присоединением Небогатова, силы также не будут достаточны для овладения морем. Прибавляя 4 плохих боевых судна, Небогатов прибавит и 8 транспортов, защита которых свяжет движение эскадры".
Переход от Мадагаскара до Камранга занял 28 дней. Миноносцы практически весь этот путь прошли на буксирах. 1 апреля корабли вошли в бухту Камрань. Однако французское правительство потребовало покинуть бухту. 9 апреля, закончив погрузку угля, воды и припасов, из бухты ушли все боевые корабли и четыре дня маневрировали в море. В бухте оставались лишь транспорты под охраной крейсера II ранга "Алмаз". 13 апреля эскадра перешла в бухту Ван-Фонг, в 40 милях севернее Камрани, где стала ожидать отряд Небогатова. 26 апреля эскадра вышла в море и в 15.00 в 20 милях от бухты Ван-Фонг соединилась с отрядом Небогатова.
Решение о создании 3-й Тихоокеанской эскадры было принято в ноябре 1904 года, когда большая часть кораблей 1-й Тихоокеанской эскадры была уничтожена, и надежд на ее помощь в борьбе с японцами оставалось все меньше. В этих условиях возникала необходимость срочно усилить 2-ю Тихоокеанскую эскадру. Предполагалось отправить на Дальний Восток броненосцы "Слава", "Император Николай 1", "Император Александр II", броненосцы береговой обороны "Адмирал Ушаков", "Адмирал Сенявин", "Генерал-адмирал Апраксин", крейсеры "Владимир Мономах", "Память Азова", "Адмирал Корнилов" и более десятка миноносцев. Но часть кораблей так и не успели достроить, некоторые корабли оказались слишком старыми и их решили оставить на Балтике. В результате для усиления был отправлен лишь отряд контр-адмирала Небогатова. В его состав вошли — броненосец "Император Николай I", броненосцы береговой обороны "Адмирал Ушаков", "Адмирал Сенявин", "Генерал-адмирал Апраксин" и крейсер "Владимир Мономах". Корабли спешно подготовили к предстоящему походу: установили новое вооружение, дальномеры и прожекторы, улучшили защиту от, осколков. К февралю 1905 года подготовка кораблей отряда была завершена. 3 февраля отряд вышел из Либавы, 12 февраля корабли прошли Ла-Манш. 12 марта прошли Суэцкий канал. После стоянки в Джибути (20–24 марта) успешно прошли Индийский океан, 19 апреля вошли в Малаккский пролив и 24 апреля встретились с эскадрой Рожественского. Отряд прошел 12 000 миль за 83 дня.
