Позиции "Союза" особенно укрепились после того, как редактором "Церковно–общественного вестника" стал профессор Петр. Духовной академии Б. В. Титлинов, превративший этот журнал в рупор модернистских идей. На Соборе 1917–18 годов Титлинов и его единомышленники выступили против восстановления Патриаршества. 1 января 1918 года в газете "Знамя Христа" священник А. Введенский писал, что после избрания Патриарха в Церкви можно оставаться лишь для того, чтобы уничтожить Патриаршество изнутри.

После прекращения деятельности "Союза демократического духовенства и мирян" в 1919 г. священник Иоанн Егоров создает в Петербурге новую модернистскую группировку под названием "Религия в сочетании с жизнью". В своей приходской церкви он затевает самочинные нововведения: выносит Святой Престол из алтаря на середину храма; принимается за исправление богослужебных последований, пытается перевести богослужение на современный русский язык, учит о рукоположении собственным вдохновением. Священник А. Боярский в Колпине под Петербургом организует еще одну обновленческую группировка "Друзей церковной реформации". В 1921 году священник Александр Введенский сколотил "Петербургскую группу прогрессивного духовенства".

В среде епископата обновленцы нашли себе опору в лице заштатного епископа Антонина (Грановского), который совершал богослужения в московских храмах с соблазнительными новшествами, произвольно изменял чинопоследования, переделывал тексты молитв. В Пензе низложенный за распутство бывший епископ Владимир Путята объединил вокруг себя откровенно раскольническое сборище под названием "Народная церковь".

Давая отпор антиканоническим модернистским посягательствам, Патриарх Тихон 4 ноября 1921 года обратился к пастве с особым посланием, в котором подчеркивал недопустимость богослужебных нововведений: "Божественная красота нашего истинно назидательного в своем содержании и благодатно действенного церковного богослужения, как оно создано веками апостольской верности, молитвенного горения, подвижнического труда и святоотеческой мудрости и запечатлено Церковью в чинопоследованиях, правилах и уставе, должна сохраниться в Святой Православной Русской Церкви неприкосновенно как величайшее и священнейшее ее достояние…"

Крайним выражением болезненных процессов, происходивших в среде духовенства, явились случаи открытого ренегатства. Так, в журнале "Революция и Церковь" напечатано было заявление бывшего диакона: "Я снимаю с себя дарованный Николаем Романовым сан диакона и желаю быть честным гражданином РСФСР. Церковные законы и молитвы составлены под диктовку царей и капитала. Долой милитаризм, царей, капитал и попов! Да здравствует диктатура пролетариата!" Правда, надо отметить, что подобные декларации были явлением исключительно редким.

Серьезным потрясением церковной жизни явилось повсеместное вскрытие мощей святых угодников Божиих. 1 (14) февраля 1919 года Наркомат юстиции издал постановление об организованном вскрытии мощей. Вскрытие проводили специальные комиссии в присутствии священнослужителей, составлялись протоколы. Если в результате вскрытия обнаруживалось, что мощи сохранились не в целости, то это обстоятельство в целях атеистической пропаганды выдавалось за сознательный обман и подделку. И некоторые из православных людей, превратно представляющие церковное учение о святых мощах, верили этому.

4 (17) февраля Патриарх Тихон разослал епархиальных архиереям указ об устранении поводов к соблазну верующих: "Благочестивое усердие верующих, — говорилось в указе, — окружая их останки благоговейным усердием, соорудило и для таковых честных мощей (речь идет о мощах, сохранившихся лишь частично в нетленном виде. — В. Ц.) драгоценные раки и оправы, иногда по подобию человеческого тела, располагая в них, в подобающих облачениях, кости праведников и другие частицы святых их мощей… Считая необходимым по обстоятельствам времени устранить всякий повод к глумлению и соблазну (в том, что доселе не вызывало соблазна и было лишь благочестивым народным обычаем), поручено Вашему Высокопреосвященству… с архипастырской заботливостью и рассуждением устранить всякие поводы к соблазну в отношении святых мощей во всех случаях, когда и где это признано будет вами необходимым и возможным".

Но исполнение этого указа для многих архиереев оказалось затруднительным и даже рискованным делом. Попытка освидетельствовать мощи перед их публичным вскрытием подчас служила основанием для судебного разбирательства.

1 ноября 1920 года в Новгороде перед ревтрибуналом предстал епископ Хутынский Алексий (Симанский) вместе с архимандритами Никодимом и Анастасием, игуменами Гавриилом и Митрофаном, протоиереем Стояновым, иеродиаконом Иоанникием. Подсудимые обвинялись в тайном освидетельствовании мощей, почивавших в Софийском соборе, перед их официальным вскрытием. Епископ Алексий виновным себя не признал, заявив: "Освидетельствование мощей считаю делом исключительно церковным и отчет в этом могу дать только своим собратьям–епископам". Трибунал приговорил его к 5 годам заключения, других обвиняемых — к 2 и 3 годам, но ввиду близкой победы в гражданской войне все осужденные были амнистированы.

В том же 1920 году Московский трибунал судил видных пастырей и церковно–общественных деятелей: игумена Иону (Сторожева), протоиерея Николая Цветкова, Председателя Совета объединенных приходов А. Д. Самарина, бывшего обер–прокурора Синода, членов совета: Рачинского, Н. Д. Кузнецова. Они обвинялись в распространении клеветнических слухов об оскорбительном для верующих поведении участников вскрытия мощей преподобного Саввы Сторожевского, в частности в том, что Н. Д. Кузнецов подал в Совнарком жалобу: "Грубость и издевательство членов комиссии по вскрытию мощей дошли до того, что один из членов комиссии несколько раз плюнул на череп Саввы, останки коего составляют святыню русского народа". А. Д. Самарин и Н. Д. Кузнецов были приговорены к расстрелу, но, как сказано в приговоре, "ввиду победоносного завершения борьбы с интервентами" суд "заменил смертную казнь заключением в концентрационный лагерь впредь до победы мирового пролетариата над мировым империализмом". Другие обвиняемые получили разные сроки тюремного заключения.

В 1919 — 1920 годах вскрыты были мощи святого Митрофана Воронежского, преподобного Макария Калязинскою, преподобного Евфимия Суздальского, святителя Питирима Тамбовского, преподобного Нила Столобенского, святого Иоасафа Белгородского. Всего до осени 1920 года было учинено 63 публичных вскрытия.

Мощи преподобного Сергия Радонежского были вскрыты 11 апреля 1919 года. В канун вскрытия, совершенного в ночное время, перед воротами Лавры собралась толпа богомольцев, молебны преподобному пелись всю ночь. Наутро народ впустили в Лавру. Перед ракой с мощами святого сияло пламя свечей. В течение трех дней тысячи богомольцев подходили вереницей к раке и прикладывались к обнаженным мощам преподобного.

4 (17) декабря 1920 года состоялось вскрытие мощей преподобного Серафима Саровского. До недавних пор мощи преподобного находились в безвестности, в 1991 году они были обретены.

На исходе гражданской войны в крайне затруднительном положении оказались священнослужители, находившиеся на территориях, занятых белыми армиями, и после поражения белых не сумевшие или не пожелавшие эмигрировать. Многие из них были осуждены за совершение молебных пений о победе белого оружия. В 1920 году в заключении скончался Омский архиепископ Сильвестр (Ольшанский), возглавлявший при Колчаке Сибирское временное высшее церковное управление.

Сознавая всю тяжесть ситуации, стремясь уберечь пастырей Русской Церкви от печальных последствий их вовлеченности в политическую борьбу, Святейший Патриарх еще в 1919 году, в день памяти преподобного Сергия Радонежского 25 сентября (8 октября) обратился к архипастырям Русской Православной Церкви с посланием, в ко тором призывал их отказаться от всяких политических выступлений: