Поставленный в начале войны на Киевскую кафедру, митрополит Николай, оставшись в Москве, одновременно замещал Главу Русской Церкви по управлению Московской епархией. Постоянные поездки для богослужения и проповедей в прифронтовую полосу, организация сбора средств на нужды фронта, обследование разрушенных храмов на освобожденных территориях, участие в деятельности Чрезвычайной Государственной Комиссии по расследованию немецко–фашистских злодеяний снискали ему всенародную популярность.
В послевоенные годы митрополит Николай посетил страны Европы и Ближнего Востока. Русские люди в зарубежье принимали его с редкой теплотой и сердечностью, как посланца утраченной Родины. Один из церковных деятелей эмиграции, мирянин, так писал о неизгладимом впечатлении, которое оставила в нем беседа с архипастырем из Москвы, состоявшаяся в Лондоне: "Особенно его светло–голубые глаза, глубоко проникавшие в душу собеседника, поразили нас. В нем чувствовалось огромное внутреннее напряжение человека, взявшего на себя трудный подвиг и несущего его, не сгибаясь под его непомерной тяжестью…" Благодаря его встрече с русскими эмигрантскими общинами, многие священнослужители и миряне, отделившиеся от Матери–Церкви, вернулись под омофор Московского Патриарха. "Благодаря его умелому, сердечному, усердному, наконец, духовно–мудрому ведению дела примирения, — писал Патриарх Алексий I, — воссиял мир там, где долгие годы царило греховное разделение и даже вражда".
Когда 4 апреля 1946 года был образован Отдел внешних церковных сношений, его первым Председателем стал митрополит Николай. Митрополит Николай также редактировал "Журнал Московской Патриархии", писал статьи для него, произносил проповеди, в которых умел найти путь к сердцам и богословски просвещенных слушателей, и светски образованных, и благочестивых простых людей. Уволенный на покой за год до смерти, митрополит Николай скончался 13 декабря 1961 года в Боткинской больнице. Погребен он в крипте Смоленской церкви Троице–Сергиевой Лавры.
В послевоенные годы были открыты тысячи новых приходов во всех епархиях, в особенности в Белоруссии и на Украине. В 1946 году Русская Православная Церковь имела 10544, а в 1949 году уже 14477 приходов. Церкви были переполнены тогда молящимся народом, особенно женщинами, потерявшими близких: мужей, сыновей, кормильцев, — исстрадавшимися от непомерно тяжелой жизни, от многолетних духовных лишений. В Церкви эти страдалицы искали и находили утешение.
Великой радостью для православного народа явилось возобновление богослужений в Троице–Сергиевой Лавре. 21 апреля 1946 года благовест лаврских колоколов возвестил о возрождении древней святыни Руси, и снова тысячи богомольцев во всей страны потянулись к целебоносным мощам преподобного Сергия.
Возрождались духовные школы. Открылись Московская и Ленинградская духовные академии, семинарское образование было возобновлено, помимо Троице–Сергиевой Лавры и Ленинграда, в Киеве и Одессе, в Луцке, в Жировицком монастыре, в Саратове и Ставрополе. Ежегодно совершались сотни священнических рукоположений. Важнейшей задачей Патриарха и Синода было замещение архиерейских кафедр.
В послевоенные годы состоялись десятки архиерейских хиротоний. Так, в 1945 году во епископа Воронежского был посвящен Иосиф (Орехов), впоследствии митрополит. В 1946 году во епископа Ташкентского был хиротонисан ученик и почитатель Патриарха Сергий Гурий (Егоров), позже занимавший Ленинградскую кафедру. В 1950 году на Таллиннскую кафедру был посвящен Роман (Танг). В 1953 году на Ташкентскую кафедру хиротонисали Ермогена (Голубева), на Костромскую — Иоанна (Разумова), бывшего келейника Патриарха Сергия; Михаила (Чуба) - во епископа Лужского.
Великая Отечественная война вызвала глубокие перемены в умонастроении русской эмиграции: большая часть ее в победе нашей страны увидела победу русского оружия; массовое открытие церквей внушало надежду на то, что Россия становится на органичный для нее путь исторического развития, становится самой собой. Патриотизм и ностальгия побудили многих эмигрантов вернуться на Родину; среди репатриантов были и священники, и архиереи. В 1947 году из Соединенных Штатов вернулся митрополит Вениамин (Федченков), назначенный сразу на Рижскую кафедру; из Америки вернулись также епископы Федор (Текучев), Антоний (Васильев) и Алексий (Пантелеев), из Европы — митрополит Серафим (Лукьянов), архиепископ Иоанн (Лавриненко), из Китая — митрополит Нестор (Анисимов), архиепископ Виктор (Святин), архиепископ Ювеналий (Килин), архиепископ Никандр (Викторов), архиепископ Димитрий (Вознесенский). Некоторые из репатриантов, в частности митрополит Нестор (Анисимов), подверглись репрессиям.
К 1949 году епископат Русской Церкви насчитывал уже 74 архиерея, занимавших кафедры в пределах нашей страны. Среди них — Патриарх Алексий, митрополиты: Крутицкий — Николай, Киевский — Иоанн, Ленинградский — Григорий, Рижский — Вениамин (Федченков), Новосибирский — Варфоломей (Городцев); 21 архиепископ, в том числе один викарный, 40 епархиальных и 7 викарных епископов.
Смерть И. В. Сталина в 1953 году вызвала глубокие перемены в жизни Советской страны, которые были названы оттепелью. Эти перемены не обошли стороной и Русскую Православную Церковь. Из лагерей, в которых томились миллионы узников, начали выпускать невинно осужденных, вначале по амнистии, потом большинство осужденных — по реабилитации. В слове, сказанном в московском храме святого Илии Пророка в праздник Иконы Божией Матери "Нечаянная радость" в 1956 году, митрополит Николай прикровенно коснулся волновавшей тогда людей радостной темы возвращения из лагерей людей, уже оплаканных близкими, наравне с покойниками: "Нечаянная радость — это неожиданная радость, — сказал святитель. — Пропал без вести человек, годы о нем не слышал никто, близкие считают его погибшим — и вдруг он дает о себе весть или является сам. Опять милость Божия! Нечаянная радость!"
Освобождены были и священнослужители — те, кто оставался в узах с еще довоенных времен, и те, кто был арестован после войны — либо за то, что во время войны, находясь на занятой врагом территории, совершал богослужения по разрешению оккупационных властей, либо как "повторник", либо по клеветническим доносам. Среди выпущенных на волю священнослужителей были и архиереи: митрополит Мануил (Лемешевский), арестованный в четвертый раз в 1948 году и выпущенный на волю в 1955 году, камчатский миссионер митрополит Нестор (Анисимов), арестованный сразу же после своего возвращения из Китая на Родину, епископ Вениамин (Новицкий), проведший в заключении 10 послевоенных лет; епископ Афанасий (Сахаров), который, по его собственным словам, в общей сложности провел "в узах и горьких работах" 254 месяца.
Благотворные перемены в жизни страны внушали надежды на дальнейшую нормализацию отношений между Церковью и Советским государством. И некоторые события оправдали эти надежды. В 1956 году Православной Церкви были переданы мощи святого Никиты Новгородского. В 1957 году возобновилось богослужение в Троицком соборе Александро–Невской Лавры. В середине 50–х годов был значительно увеличен прием во всех существовавших тогда 8 духовных семинариях Русской Церкви. Большим событием церковной жизни явилось предпринятое в 1956 году, впервые после восстановления Патриаршества, издание Библии на русском языке. В том же году вышел отдельным изданием Новый Завет.
В 50–е годы продолжало расти число молящихся в православных храмах. Городские храмы были переполнены. В воскресные и праздничные дни число причастников доходило до нескольких сот, в Великий пост в московских храмах причащалось по 15 — 20 тысяч человек. Каждое воскресенье совершалось до полусотни крещений. Правда, решительное большинство среди прихожан составляли женщины, не только пожилые, но и те, чья молодость пришлась на тяжелые предвоенные, военные и послевоенные годы. Среди верующих преобладали люди малообразованные, но связь с Церковью сохраняла и часть старой интеллигенции. Новая интеллигенция, получившая образование в советских вузах, в 50–е годы, почти вся была отчуждена от Церкви.
